غالبا ما ترتبط الميكروبات المعوية ، بما في ذلك البكتيريا خارج الخلية ومسببات الأمراض داخل الخلايا مثل فيروس أورساي والميكروسبوريديا (الفطريات) ، بالديدان الخيطية الخيطية البرية Caenorhabditis . تقدم هذه المقالة بروتوكولا للكشف عن الميكروبات التي تستعمر و / أو تصيب الديدان الخيطية C. elegans وقياسها ، ولقياس حمل مسببات الأمراض بعد العدوى الخاضعة للرقابة في المختبر.