בתאים איקריוטים, שני אברונים, פרוקסיזומים ומיטוכונדריה, הם האתרים העיקריים לניצול חמצן. ראשית, הפרוקסיזומים מכילים עד 50 אנזימים שונים בתוך קרומם היחיד, מה שמאפשר תהליכים ביוסינתטיים ומפרקים, כגון המרת חומצות שומן ארוכות-שרשרת לאלו הבעלות שרשרת בינונית, והסרת מי חמצן הנוצרים כתוצאה מכך. תוצר לוואי מזיק זה יכול לשמש גם לפירוק חומרים כגון אלכוהול.מהסיבה הזו, פרוקסיזומים מרוכזים בכבד ובכליות כדי לטהר את הדם. התוצר הסופי של חמצון בטא הוא אצטיל קואנזים A, שיכול להיכנס למיטוכונדריה יחד עם פירובט מפחמימות, כדי ליצור ATP דרך מעגל חומצת הלימון וזרחון חמצוני. המיטוכונדריון הוא אברון תחום בקרום כפול.מעגל חומצת הלימון מתרחש במטריקס הנוזלי, וזרחון חמצוני משתמש בתצמידי שרשראות מעבר האלקטרונים שנמצאים על הקרום הפנימי שמקופל פעמים רבות כדי ליצור מבנים המכונים קריסטות. מיטוכונדריה נמצאים בכל התאים האיקריוטים, למעט תאי דם אדומים, ונמצאים במספרים גדולים יותר ברקמות בעלות דרישות אנרגיה גבוהות, כגון שרירים וכבד.