في الخلايا الحقيقية للنواة اثنين من العضيات بيروكسيسومات والميتوكوندريا هي المواقع الرئيسية لاستخدام الأوكسجين. أولا تحتوي البيروكسيسومات على مايصل إلى50من الإنزيمات مختلفة داخل الغشاء الواحد بهم الذي يسمح لوظائف التخليق الحيوي والإحيائي مثل تحويل الأحماض الدهنية طويلة السلسلة لتلك المتوسطة السلسلة وإزالة بيروكسيد الهيدروجين الناتج. يمكن أيضًا استخدام هذا المنتج الثانوي الضار لتحطيم مواد مثل الكحول.لهذا السبب تتركز البيروكسيسومات في الكبد والكلى لإزالة السموم من الدم. المنتج النهائي لأكسدة بيتا هو الأسيتيل-CoA التي يمكن أن تدخل الميتوكوندريا جنبا إلى جنب مع البيروفات من الكربوهيدرات لتوليد ATP عبر دورة حمض الستريك في الفسفرة المؤكسدة. الميتوكوندريون عبارة عن غشاء مزدوج ملزم.دورة حامض الستريك تحدث في مصفوفة السوائل والتأكسد الفسفرة يستخدم مجمعات سلسلة نقل الإلكترون الموجودة على الغشاء الداخلي ألا وهي مطوية عدة مرات لتشكيل هياكل تسمى cristae. تم العثور على الميتوكوندريا في جميع الخلايا حقيقية النواة باستثناء خلايا الدم الحمراء وموجودة بأعداد أكبر في الأنسجة مع متطلبات الطاقة العالية مثل العضلات والكبد.