Summary

Aislamiento gotas de lípidos para el análisis cuantitativo de Espectrometría de Masas

Published: April 17, 2017
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Summary

gotitas de lípidos son orgánulos importantes para la replicación de varios patógenos, incluyendo el virus de la hepatitis C (VHC). Se describe un método para aislar las gotas de lípidos para la espectrometría de masas cuantitativa de proteínas asociadas; se puede utilizar bajo una variedad de condiciones, tales como infección por el virus, el estrés ambiental, o tratamiento con fármacos.

Abstract

gotitas de lípidos son vitales para la replicación de una variedad de diferentes agentes patógenos, lo más prominente el virus de la hepatitis C (HCV), como el sitio putativo de la morfogénesis del virión. el análisis del proteoma gotas de lípidos cuantitativa se puede utilizar para identificar las proteínas que se localizan en o desplazadas de gotitas de lípidos bajo condiciones tales como las infecciones de virus. A continuación, se describe un protocolo que ha sido utilizado con éxito para caracterizar los cambios en el proteoma gotas de lípidos después de la infección por el VHC. Utilizamos isótopos estables Etiquetado con Aminoácidos en cultivo celular (SILAC) y por lo tanto etiquetar el proteoma completo de una población de células con aminoácidos "pesados" para cuantificar las proteínas por espectrometría de masas. Para el aislamiento de gotitas de lípidos, las dos poblaciones de células (es decir, aminoácidos infectados por el VHC / "luz" y ácidos no infectadas de control / "pesados" amino) se mezclan 1: 1 y se lisaron mecánicamente en tampón hipotónico. Después de retirar los núcleos y células debris por centrifugación a baja velocidad, las proteínas de gotitas asociada a lípidos se enriquecen mediante dos etapas de ultracentrifugación posteriores seguido de tres etapas de lavado en tampón isotónico. La pureza de las fracciones de gotas de lípidos se analizó por transferencia de Western con anticuerpos que reconocen diferentes compartimentos subcelulares. proteínas de gotitas asociada a lípidos se separan luego mediante electroforesis en gel de SDS-poliacrilamida (SDS-PAGE) seguido de tinción con Coomassie. Después de digestión tríptica, los péptidos se cuantifican mediante espectrometría de masas de cromatografía de ionización por electrospray en tándem líquido (LC-ESI-MS / MS). Usando este método, se identificaron proteínas reclutados a gotitas de lípidos tras la infección HCV que podrían representar factores del huésped pro- o antivirales. Nuestro método se puede aplicar a una variedad de diferentes células y condiciones de cultivo, tales como la infección con patógenos, estrés ambiental, o tratamiento con fármacos.

Introduction

Gotitas de lípidos son altamente orgánulos celulares citoplasmáticos (y nucleares) dinámicas compuestas de un núcleo de lípidos neutros (triglicéridos (TG) y de éster de colesterol (CE)) cerrado por una monocapa de fosfolípidos con proteínas incrustadas 1. Todos los tipos de células producen gotitas de lípidos, pero que varían en tamaño, composición lipídica, y la decoración de la proteína. gotitas de lípidos cumplen diversas funciones, incluyendo servir como depósitos de energía y precursores de membrana o como depósitos de proteínas. Además, a través de la absorción de lípidos, que protegen las células de la lipotoxicidad, lípidos de liberación como moléculas de señalización, y están involucrados en la degradación de proteínas y las respuestas al estrés de retículo endoplásmico (ER) 2. Como tal, una gran cantidad de proteínas se unen a las gotas de lípidos y gobernar su generación, la degradación, la trata, y la interacción con otros organelos. Entre ellos se encuentran la familia de proteínas de unión perilipina gotas de lípidos de buena fe (PLIN1-5)f "> 3.

Lipid gotita biogénesis probable comienza en el ER, donde las enzimas ER-residente catalizan la síntesis de lípidos neutros que se acumulan dentro de la bicapa de la membrana, formando una lente de lípidos neutros, un proceso que recientemente se visualizó muy bien en la levadura 4. Membrana de flexión y los niveles elevados de ácido y diacilglicerol fosfatídicos son entonces pensaron para atraer a las proteínas implicadas en la biosíntesis de fosfolípidos, como la síntesis simultánea de los lípidos neutros de núcleo y los fosfolípidos de blindaje que se requiere para la generación de gotas de lípidos 5. Las enzimas que albergan dominios transmembrana que residen en el ER catalizan este proceso. Expansión a grandes gotas de lípidos requiere la actividad de una clase diferente de enzimas lípidos sintetizar que albergan una hélice anfipática y por lo tanto puede viajar desde el ER a gotitas de lípidos. La movilización de lípidos de gotitas de lípidos se produce a través de la activación local del triglicéridoE y diacilglicerol lipasa lipasas adiposo triglicéridos (ATGL) y lipasa sensible a hormonas (HSL) o por diferentes vías autofágicas, tales como macro- y microlipophagy o autofagia 6 chaperona-mediadas. Gotitas de lípidos interactúan con otros orgánulos celulares, tales como las mitocondrias (por beta-oxidación y la síntesis de lípidos) y ER (para la síntesis de lípidos y el tráfico de proteínas), pero también con los lisosomas, endosomas, y las vacuolas inducidos por bacterias intracelulares 7. De hecho bacterias, virus, e incluso parásitos diana gotitas de lípidos para la replicación y la persistencia, entre ellos HCV 8.

Infección por el VHC es una de las principales causas de morbilidad relacionada con el hígado y mortalidad en todo el mundo, lo que representa aproximadamente 0,5 millones de muertes al año 9. El número real de infecciones por VHC es desconocida, pero las estimaciones recientes sugieren que 130 – 150 millones de personas están infectadas crónicamente. sin vaccine existe, pero los antivirales de acción directa-aprobados recientemente aumentar de forma espectacular las respuestas terapéuticas en comparación con la terapia estándar con interferón. Sin embargo, en todo el mundo, el tratamiento de los pacientes probablemente será restringido debido a los costos extremadamente altos de las nuevas terapias. Alrededor de la mitad de todos los individuos infectados crónicamente con VHC desarrollan enfermedad de hígado graso (esteatosis), una condición caracterizada por la acumulación excesiva de gotitas de lípidos en los hepatocitos. Curiosamente, gotitas de lípidos también surgieron orgánulos celulares como vitales para la replicación del VHC, que sirve putativamente como sitios de ensamblaje viral 10, 11.

En las células infectadas con el VHC, el núcleo de la proteína viral y NS5A localizar a gotitas de lípidos en un proceso que depende de la biosíntesis de triglicéridos, como inhibidores de la diacilglicerol aciltransferasa-1 (DGAT1) poner en peligro el tráfico a gotas de lípidos y producción de partículas posterior HCV 12 </sup>, 13, 14, 15. Además, las mutaciones en los dominios de unión de gotitas de lípidos de cualquiera de núcleo o NS5A suprimen ensamblaje del VHC 16, 17. Core y NS5A reclutan entonces todas las otras proteínas virales, así como los complejos de replicación de ARN viral, a las membranas estrechamente asociados con lípidos gotitas 16. Se requiere una acción concertada de todas las proteínas virales para la producción exitosa de la progenie viral infecciosa 10, 11. Las proteínas estructurales son parte de los viriones, y las proteínas no estructurales promueven las interacciones proteína-proteína necesarios para este proceso. Curiosamente, se requiere la bona fide la unión a lípidos gotita-PLIN3 proteína / TIP47 tanto para la replicación del ARN del VHC y la liberación de viriones de 18, 19 <sup> 20. A pesar de estos avances recientes, los detalles mecanísticos, especialmente de las interacciones virus-huésped durante las últimas etapas de la replicación del VHC, permanecen mal definido, y la función precisa de las gotitas de lípidos es desconocida.

A continuación, describimos un método para aislar las gotitas de lípidos para la espectrometría de masas cuantitativa de proteínas asociadas. Usando este método, hemos encontrado cambios profundos en el proteoma gotas de lípidos durante la infección por VHC y identificado anexina A3 como una proteína de acogida que la co-fracciona con gotitas de lípidos y es necesario para la maduración HCV eficiente 21.

Protocol

1. Preparación de los medios de comunicación para isótopos estables Etiquetado con Aminoácidos en cultivo celular (SILAC) NOTA: Aquí, la proteína SILAC cuantificación Kit – DMEM suplementado con 50 mg de 13 C 6 L-Arginina-HCl fue utilizado para el etiquetado de SILAC. El dializado suero de ternero fetal (FCS) se proporciona con el kit de cuantificación de proteínas SILAC. Eliminar 50 ml de cada botella de medio DMEM y añadir 50 ml de FCS dializado. …

Representative Results

gotitas de lípidos son vitales para la infección por HCV como los sitios putativos de ensamblaje del virión, pero los mecanismos moleculares de la morfogénesis y la salida de los viriones son en gran parte desconocidos. Para identificar nuevos factores de dependencia de acogida que participen en ese proceso, se realizó el análisis del proteoma gotas de lípidos cuantitativa de células infectados por el VHC 21 (Figura 1A). Hemos establecido …

Discussion

Aquí, se describe un protocolo para aislar gotitas de lípidos para el análisis de gotas de lípidos proteoma cuantitativo para comparar el enriquecimiento y agotamiento de proteínas asociadas con gotitas de lípidos bajo diversas condiciones de cultivo, tales como infecciones virales. Como un método alternativo, el análisis del proteoma se puede realizar con cuantificaciones libre de etiqueta basado en intensidades total de los picos. Este método no tiene ninguna limitación de la gama dinámica y evita problemas…

Divulgaciones

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos a R. Bartenschlager (Universidad de Heidelberg) para las construcciones JC1, CM Arroz (Universidad de Rockefeller) para las células Huh7.5, J. McLauchlan (Unidad de Virología del Medical Research Council) para la construcción, T. Wakita (Instituto Nacional de JFH1 Enfermedades Infecciosas, Japón) para la JFH1, y B. Webster y WC Greene (Instituto Gladstone de Virología e Inmunología) para las construcciones de reportero HCVcc. Este trabajo fue apoyado por fondos de la DFG (HE 6889 / 2-1 (EH), INST 337 / 15-1 2013, y INST 337 / 16-1 2013 (HS)). El Instituto Heinrich Pette, Instituto Leibniz de Virología Experimental es apoyado por la Ciudad Libre y Hanseática de Hamburgo y el Ministerio Federal de Salud. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito.

Materials

SILAC Protein Quantitation Kit – DMEM Thermo Fisher 89983 
13C6 L-Arginine-HCl 50 mg Thermo Fisher 88210 
Roti-Load 1 Roth GmbH K929.1
Roti-Blue 5x-Concentrate Roth GmbH A152.2 
10x SDS-Tris-Glycine – Buffer  Geyer Th. GmbH & Co.KG  A1415,0250 
GlutaMAX (100x) Life Technologies GmbH  350500038 
Penicillin/Streptomycin Solution for Cell Culture Sigma-Aldrich Chemie GmbH  P4333-100ml 
PBS 1x Dulbeccos Phosphate Buffered Saline Sigma-Aldrich Chemie GmbH  D8537 
Trypsin-EDTA Sigma-Aldrich Chemie GmbH  T3924-100ML 
Sodium Chloride BioChemica AppliChem GmbH A1149,1000
Tris Ultrapure   AppliChem GmbH A1086,5000A 
EDTA BioChemica AppliChem GmbH A1103,0250
Protease Inhibitor Cocktail 5ml Sigma-Aldrich Chemie GmbH  P8340-5ML 
D(+)-Sucrose BioChemica AppliChem GmbH A3935,1000
Hydrochloric acid 37% pure Ph. Eur., NF AppliChem GmbH A0625
DC Protein Assay  Bio-Rad Laboratoris GmbH  500-0116 
Glycerol AppliChem GmbH 151339
SDS Ultrapure AppliChem GmbH A1112
Bromophenol blue AppliChem GmbH A2331
β-Mercaptoethanol  AppliChem GmbH A4338
Blasticidin Invivogen ant-bl-1 
Potassium Chloride  AppliChem GmbH A1039
Phenylmethanesulfonyl Fluoride  AppliChem GmbH A0999
Potassium Phosphate Monobasic Sigma-Aldrich Chemie GmbH  221309
Dipotassium Hydrogenphosphate Sigma-Aldrich Chemie GmbH  P3786 
DTT  AppliChem GmbH A2948
NP-40 AppliChem A1694
TWEEN 20 AppliChem A4974
Nonfat dried milk powder AppliChem A0830
Anti-ADFP/ ADRP  abcam ab52355
M6PRB1/TIP47 100µg  abcam ab47639
Calreticulin, pAb 200 µg Enzo Life Science GmbH  ADI-SPA-600-F 
Anti-ß-Tubulin  Sigma-Aldrich Chemie GmbH  T6074 200µl  
Ethanol absolute Geyer Th. GmbH & Co.KG  A3678,0250  
Anti-MnSOD Enzo Life Science GmbH  ADI-SOD-110-F
Anti-mouse HRP Thermo Fisher Pierce 32430
Anti-rabbit HRP Thermo Fisher  Pierce 32460
Amersham Hyperfilm ECL GE Healthcare 28906836
Lumi-Light Western Blotting Substrate Sigma-Aldrich Chemie GmbH  12015196001
96 Well Cell Culture Plate Greiner Bio-One GmbH  655 180 
Terumo Syringe 1 ml Terumo SS-01T
Filtropur BT 50, 500 ml, 0.45 µm  SARSTEDT  83.1823.100 
Mini-PROTEAN TGX Precast Gels, Any kD resolving gel Bio-Rad Laboratoris GmbH  456-9034 
6 Well Cell Culture Plate Greiner Bio-One GmbH  657160 
Dishes Nunclon 150/20  Fisher Scientific GmbH  10098720 – 168381 
Cell Scraper neoLab Migge GmbH  C-8120 
Tube, 50 ml Greiner Bio-One GmbH  227261 
SafeSeal Tube RNase-free  SARSTEDT  72.706.400 
Ultra Clear Centrifuge Tubes 11 x 60 mm Beckman Coulter GmbH  344062 
Suction Needles Transcodent 6482
Biosphere Fil. Tip 1000  SARSTEDT  70.762.211 
Biosphere Fil. Tip 200 SARSTEDT  70.760.211 
Biosphere Fil. Tip 10 SARSTEDT  70.1130.210 
Dounce Tissue Grinder Fisher Scientific GmbH  11883722
Pestles For Dounce All-Glass Tissue Grinders Fisher Scientific GmbH  10389444
Orbitrap Fusion
Branson Sonifier 450
Thermomixer comfort, with Thermoblock 1.5 ml Eppendorf 5355 000.127
Mini-PROTEAN Tetra Cell, Mini Trans-Blot Module, and PowerPac Basic Power Supply,  BioRad 165-8033
Mini-PROTEAN 3 Multi-Casting Chamber BioRad 165-4110
PowerPac HC Power Supply Biorad 164-5052
Centrifuge  Eppendorf 5424R
Centrifuge  Eppendorf 5424
Optima L-90K Beckman Coulter GmbH  365670
SW 60 Ti Rotor Beckman Coulter GmbH  335649
Infinite M1000 PRO Tecan

Referencias

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Citar este artículo
Rösch, K., Kwiatkowski, M., Schlüter, H., Herker, E. Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis. J. Vis. Exp. (122), e55585, doi:10.3791/55585 (2017).

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