Summary

Isolamento de gotículas de gordura para análise quantitativa Espectrometria de Massa

Published: April 17, 2017
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Summary

gotículas lipídicas são organelos importantes para a replicação de vários agentes patogénicos, incluindo o vírus da hepatite C (HCV). Descreve-se um método para isolar gotículas lipídicas para a espectrometria de massa quantitativa de proteínas associadas; ele pode ser utilizado sob uma variedade de condições, tais como infecção por vírus, stress ambiental, ou tratamento com droga.

Abstract

gotículas lipídicas são vitais para a replicação de uma variedade de diferentes agentes patogénicos, mais proeminentemente o vírus da hepatite C (VHC), tal como o local putativo de morfogese do viri. análise do proteoma de gotículas de gordura quantitativo pode ser usado para identificar proteínas que se localizam a ou são deslocadas a partir de gotículas lipídicas em condições, tais como infecções por vírus. Aqui, descrevemos um protocolo que tem sido utilizado com sucesso para caracterizar as alterações no proteoma de gotículas de gordura após a infecção com HCV. Usamos Stable Isótopos Etiquetagem com Aminoácidos em cultura celular (SILAC) e, assim, identificar o proteoma completa de uma população de células com aminoácidos "pesadas" para quantificar as proteínas por espectrometria de massa. Para o isolamento de gotículas de gordura, as duas populações de células (isto é, / "leves" aminoácidos infectados com HCV e / aminoácidos não infectadas de controlo "pesadas") são misturados 1: 1 e lisadas mecanicamente em tampão hipotónico. Após a remoção dos núcleos e de células debris por centrifugação a baixa velocidade, as proteínas associadas a gotícula de lípido são enriquecidos por dois passos de ultracentrifugação subsequentes seguidos de três passos de lavagem em tampão isotónico. A pureza das fracções de gotículas lipídicas é analisada por transferência de western com anticorpos que reconhecem diferentes compartimentos subcelulares. proteínas associadas a gotícula de lípido são então separados por electroforese em gel de SDS-poliacrilamida (SDS-PAGE) seguida por manchamento de Coomassie. Após digestão tríptica, os péptidos são quantificados por espectrometria de massa de cromatografia de ionização por electrospray-tandem líquido (LC-ESI-MS / MS). Usando este método, identificamos proteínas recrutados para gotículas lipídicas após infecção HCV que possam representar fatores do hospedeiro pró ou anti-virais. O nosso método pode ser aplicado a uma variedade de diferentes células e condições de cultura, tais como a infecção com agentes patogénicos, o stress ambiental, ou tratamento com droga.

Introduction

Gotículas lipídicas são altamente citoplasmáticos (e nucleares) organelos celulares dinâmicas compostas por um núcleo de lípidos neutros (triglicéridos (TG) e éster de colesterol (EC)) fechado por uma monocamada de fosfolípidos com proteínas incorporadas 1. Todos os tipos de células produzem gotículas lipídicas, mas que variam em tamanho, composição lipídica, e decoração proteína. gotículas lipídicas cumprir diversas funções, incluindo a servir como reservatórios de energia e precursores de membrana ou como depósitos de proteínas. Além disso, através da absorção de lípidos, que protegem as células de lipotoxicidade, lípidos de libertação como moléculas de sinalização, e estão envolvidas na degradação da proteína e respostas a stress do retículo endoplasmático (ER) 2. Como tal, uma série de proteínas ligar-se a gotículas de lípidos e regular a sua geração, degradação, tráfego e interacção com outros organelos. Entre elas estão a família de proteínas de ligação perilipin gotícula de lípido bona fide (PLIN1-5)f "> 3.

Lipid gota biogénese provável começa no ER, em que as enzimas ER-residente catalisar a síntese de lípidos neutros que se acumulam no interior da bicamada da membrana, formando uma lente de lípidos neutros, um processo que foi recentemente visualizado bem em levedura 4. Membrana de dobragem e os níveis de ácido e diacilglicerol fosfatídicos elevadas são depois pensado para atrair as proteínas envolvidas na biossíntese de fosfolípido, como a síntese simultânea dos lípidos neutros e dos fosfolípidos do núcleo de blindagem é necessário para a geração de gotículas de gordura 5. Enzimas que albergam domínios transmembranares que residem no ER catalisar este processo. Expansão de grandes gotículas lipídicas requer a actividade de uma classe diferente de enzimas de síntese de lípidos que abrigam uma hélice anfipática e pode, assim, viajam do RE para gotículas lipídicas. A mobilização de lípidos de gotículas lipídicas ocorre através da activação local do triglicéridese diacilglicerol e lipases da lipase de triglicéridos adiposo (ATGL) e sensível a hormonas lipase (HSL) ou por diferentes vias autofágicos, tais como macro e microlipophagy ou autofagia 6 chaperona-mediada. Gotículas lipídicas interagir com outros organelos celulares, tais como as mitocôndrias (para beta-oxidação e a síntese de lípidos) e ER (para a síntese de lípidos e o tráfico de proteína), mas também com os lisossomas, endossomas, e os vacúolos induzidas por bactérias intracelulares 7. Com efeito bactérias, vírus, parasitas e mesmo alvo gotículas lipídicas para replicação e persistência, entre os quais o HCV 8.

Infecção pelo HCV é uma das principais causas de morbidade relacionada com o fígado e mortalidade no mundo, respondendo por cerca de 0,5 milhões de mortes por ano 9. O verdadeiro número de infecções por HCV é desconhecida, mas as estimativas recentes sugerem que 130 – 150 milhões de pessoas estão cronicamente infectadas. Sem vaccine existe, mas os antivirais de actuao directa recentemente aprovados aumentar dramaticamente a resposta terapêutica em comparação com a terapia à base de interferão padrão. No entanto, em todo o mundo, o tratamento de pacientes provavelmente será restrito devido aos custos extremamente elevados das novas terapias. Cerca de metade de todos os indivíduos cronicamente infectados com VHC desenvolvem a doença de fígado gordo (esteatose), uma condição caracterizada pela acumulação excessiva de gotículas lipídicas em hepatócitos. De forma intrigante, gotículas lipídicas também surgiu como organelos celulares vitais para a replicação do HCV, putativamente servir como locais de montagem virais 10, 11.

Em células infectadas com HCV, a proteína do núcleo virai e NS5A localizar de gotículas lipídicas em um processo de que depende a biossíntese de triglicéridos, como inibidores de diacilglicerol aciltransferase-1 (DGAT1) prejudicar o tráfico de gotículas lipídicas e subsequente produção de partículas de HCV 12 </sup>, 13, 14, 15. Além disso, as mutações nos domínios de ligação de gotículas lipídicas de qualquer núcleo ou NS5A suprimir montagem de VHC 16, 17. Núcleo e, em seguida, NS5A recrutar todas as outras proteínas virais, bem como complexos de replicação do ARN viral, para as membranas estreitamente associadas com lípidos gotas 16. É necessária uma acção concertada de todas as proteínas virais para a produção bem sucedida de progenitura viral infecciosa 10, 11. As proteínas estruturais são parte dos viriões, e as proteínas não estruturais promovem as interacções proteína-proteína necessárias para este processo. Curiosamente, o bona fide lípido-proteína de ligação de gotículas PLIN3 / TIP47 é necessário para a replicação do ARN de HCV e a libertação de viriões de 18, 19 <sup>, 20. Apesar destes avanços recentes, os detalhes mecanísticos, especialmente das interacções vírus-hospedeiro durante as fases tardias da replicao do HCV, permanece mal definida, e a função precisa das gotículas lipídicas é desconhecido.

Aqui, descrevemos um método para isolar gotículas lipídicas para a espectrometria de massa quantitativa de proteínas associadas. Utilizando este método, foram encontradas alterações profundas no proteoma gotícula de lípido, durante a infecção pelo HCV e identificado anexina A3 como uma proteína hospedeira que co-fracciona com gotículas lipídicas e é necessário para a maturação de HCV eficiente 21.

Protocol

1. Preparação de Meios para Stable Isótopos Etiquetagem com Aminoácidos em cultura celular (SILAC) NOTA: Aqui, a quantificao Kit SILAC Proteína – DMEM suplementado com 50 mg de 13 C 6 L-Arginina-HCl foi utilizado para rotulagem SILAC. O dialisado Soro Fetal de Vitelo (FCS) é fornecido com o Kit de Quantificao SILAC proteína. Remover 50 mL de cada frasco de meio DMEM e adicionar 50 ml de FCS dialisado. Dissolve-se 50 mg de 13 C <sub…

Representative Results

gotículas lipídicas são vitais para a infecção por HCV, como os locais putativos de montagem do virião, mas os mecanismos moleculares da morfogénese e saída de viriões são em grande parte desconhecida. Para identificar os factores de dependência hospedeiro novos envolvidos neste processo, foi realizada a análise do proteoma de gotículas de gordura quantitativa de células infectadas com HCV 21 (Figura 1A). Foi estabelecido um protocol…

Discussion

Aqui, descrevemos um protocolo para isolar gotículas lipídicas para análise quantitativa do proteoma gotícula de lípido para comparar o enriquecimento e empobrecimento de proteínas associadas com gotículas lipídicas sob diversas condições de cultura, tais como infecções virais. Como um método alternativo, a análise do proteoma pode ser realizada com quantificações, livre de marcador com base no total de intensidades de pico. Este método não tem nenhuma limitação da gama dinâmica e evita problemas me…

Divulgaciones

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos R. Bartenschlager (Universidade de Heidelberg) para as construções JC1, CM Rice (Universidade Rockefeller) para as células Huh7.5, J. McLauchlan (Virologia Unidade Medical Research Council) para o JFH1 construir, T. Wakita (Instituto Nacional de Doenças infecciosas, Japão) para o JFH1 e B. Webster e WC Greene (Instituto Gladstone de Virologia e Imunologia) para as construções repórter HCVcc. Este trabalho foi apoiado por fundos da DFG (HE 6889 / 01/02 (EH), INST 337 / 15-1 2013, e INST 337 / 16-1 2013 (SH)). O Instituto Heinrich Pette, do Instituto Leibniz para Experimental Virologia é apoiado pela Cidade Livre e Hanseática de Hamburgo e do Ministério Federal da Saúde. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito.

Materials

SILAC Protein Quantitation Kit – DMEM Thermo Fisher 89983 
13C6 L-Arginine-HCl 50 mg Thermo Fisher 88210 
Roti-Load 1 Roth GmbH K929.1
Roti-Blue 5x-Concentrate Roth GmbH A152.2 
10x SDS-Tris-Glycine – Buffer  Geyer Th. GmbH & Co.KG  A1415,0250 
GlutaMAX (100x) Life Technologies GmbH  350500038 
Penicillin/Streptomycin Solution for Cell Culture Sigma-Aldrich Chemie GmbH  P4333-100ml 
PBS 1x Dulbeccos Phosphate Buffered Saline Sigma-Aldrich Chemie GmbH  D8537 
Trypsin-EDTA Sigma-Aldrich Chemie GmbH  T3924-100ML 
Sodium Chloride BioChemica AppliChem GmbH A1149,1000
Tris Ultrapure   AppliChem GmbH A1086,5000A 
EDTA BioChemica AppliChem GmbH A1103,0250
Protease Inhibitor Cocktail 5ml Sigma-Aldrich Chemie GmbH  P8340-5ML 
D(+)-Sucrose BioChemica AppliChem GmbH A3935,1000
Hydrochloric acid 37% pure Ph. Eur., NF AppliChem GmbH A0625
DC Protein Assay  Bio-Rad Laboratoris GmbH  500-0116 
Glycerol AppliChem GmbH 151339
SDS Ultrapure AppliChem GmbH A1112
Bromophenol blue AppliChem GmbH A2331
β-Mercaptoethanol  AppliChem GmbH A4338
Blasticidin Invivogen ant-bl-1 
Potassium Chloride  AppliChem GmbH A1039
Phenylmethanesulfonyl Fluoride  AppliChem GmbH A0999
Potassium Phosphate Monobasic Sigma-Aldrich Chemie GmbH  221309
Dipotassium Hydrogenphosphate Sigma-Aldrich Chemie GmbH  P3786 
DTT  AppliChem GmbH A2948
NP-40 AppliChem A1694
TWEEN 20 AppliChem A4974
Nonfat dried milk powder AppliChem A0830
Anti-ADFP/ ADRP  abcam ab52355
M6PRB1/TIP47 100µg  abcam ab47639
Calreticulin, pAb 200 µg Enzo Life Science GmbH  ADI-SPA-600-F 
Anti-ß-Tubulin  Sigma-Aldrich Chemie GmbH  T6074 200µl  
Ethanol absolute Geyer Th. GmbH & Co.KG  A3678,0250  
Anti-MnSOD Enzo Life Science GmbH  ADI-SOD-110-F
Anti-mouse HRP Thermo Fisher Pierce 32430
Anti-rabbit HRP Thermo Fisher  Pierce 32460
Amersham Hyperfilm ECL GE Healthcare 28906836
Lumi-Light Western Blotting Substrate Sigma-Aldrich Chemie GmbH  12015196001
96 Well Cell Culture Plate Greiner Bio-One GmbH  655 180 
Terumo Syringe 1 ml Terumo SS-01T
Filtropur BT 50, 500 ml, 0.45 µm  SARSTEDT  83.1823.100 
Mini-PROTEAN TGX Precast Gels, Any kD resolving gel Bio-Rad Laboratoris GmbH  456-9034 
6 Well Cell Culture Plate Greiner Bio-One GmbH  657160 
Dishes Nunclon 150/20  Fisher Scientific GmbH  10098720 – 168381 
Cell Scraper neoLab Migge GmbH  C-8120 
Tube, 50 ml Greiner Bio-One GmbH  227261 
SafeSeal Tube RNase-free  SARSTEDT  72.706.400 
Ultra Clear Centrifuge Tubes 11 x 60 mm Beckman Coulter GmbH  344062 
Suction Needles Transcodent 6482
Biosphere Fil. Tip 1000  SARSTEDT  70.762.211 
Biosphere Fil. Tip 200 SARSTEDT  70.760.211 
Biosphere Fil. Tip 10 SARSTEDT  70.1130.210 
Dounce Tissue Grinder Fisher Scientific GmbH  11883722
Pestles For Dounce All-Glass Tissue Grinders Fisher Scientific GmbH  10389444
Orbitrap Fusion
Branson Sonifier 450
Thermomixer comfort, with Thermoblock 1.5 ml Eppendorf 5355 000.127
Mini-PROTEAN Tetra Cell, Mini Trans-Blot Module, and PowerPac Basic Power Supply,  BioRad 165-8033
Mini-PROTEAN 3 Multi-Casting Chamber BioRad 165-4110
PowerPac HC Power Supply Biorad 164-5052
Centrifuge  Eppendorf 5424R
Centrifuge  Eppendorf 5424
Optima L-90K Beckman Coulter GmbH  365670
SW 60 Ti Rotor Beckman Coulter GmbH  335649
Infinite M1000 PRO Tecan

Referencias

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Rösch, K., Kwiatkowski, M., Schlüter, H., Herker, E. Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis. J. Vis. Exp. (122), e55585, doi:10.3791/55585 (2017).

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