כאן, הפרוטוקול מתאר כיצד לבצע תיוג כפול immunofluorescence באמצעות נוגדנים ראשוניים שגדלו באותו מין כדי לחקור אינטראקציות מארח-פתוגן. כמו כן, הוא יכול לכלול את הנוגדן השלישי ממארח אחר בפרוטוקול זה. גישה זו יכולה להתבצע בכל סוג תא ופתוגנים.