Summary

تحليل سوبيركومبلكسس من سلسلة النقل الإلكترون الميتوكوندريا مع الكهربائي الأصلي، في هلام فحوصات، والكهرباء

Published: June 01, 2017
doi:

Summary

يصف هذا البروتوكول فصل المجمعات الوظيفية سلسلة النقل الإلكترون الميتوكوندريا (سك) الرابع و سوبيركومبليكسس منها باستخدام الكهربائي الأصلي للكشف عن معلومات حول تجميعها وهيكلها. يمكن أن يتعرض هلام الأم إلى إمونوبلوتينغ، في هلام المقايسات، وتنقية عن طريق إليكترولوتيون لمزيد من وصف المجمعات الفردية.

Abstract

سلسلة نقل الإلكترون الميتوكوندريا (إتك) يحول الطاقة المستمدة من انهيار أنواع الوقود المختلفة في العملة الحيوية الحيوية للخلية، أتب. ويتكون إتك من 5 مجمعات بروتينية ضخمة، والتي تتجمع أيضا في سوبيركومبلكسيس تسمى ريسبراسوميس (سي، C-إي، و C-إيف) والسينثاسومات (كف) التي تزيد من كفاءة نقل الإلكترون وإنتاج أتب. وقد استخدمت أساليب مختلفة لأكثر من 50 عاما لقياس وظيفة إتك، ولكن هذه البروتوكولات لا توفر معلومات عن تجميع المجمعات الفردية و سوبيركومبلكسس. يصف هذا البروتوكول تقنية هلام الأصلي بولي أكريلاميد هلام الكهربائي (بادج)، وهي الطريقة التي تم تعديلها منذ أكثر من 20 عاما لدراسة إتك بنية معقدة. يسمح الكهربائي الكهربائي فصل المجمعات إتك في أشكالها النشطة، ويمكن بعد ذلك دراسة هذه المجمعات باستخدام إمونوبلوتينغ، في هلام المقايسات (إيغا)، وتنقية عن طريق إليكترلوتيون. من خلال الجمع بين إعادةوالطبقات من هلام الأم الصفحة مع تلك المقايسات الميتوكوندريا الأخرى، فمن الممكن الحصول على صورة كومبلتر من نشاط إتك، والتجمع الديناميكي والتفكيك، وكيف ينظم هذا الهيكل الميتوكوندريا وظيفة. وسيناقش هذا العمل أيضا القيود المفروضة على هذه التقنيات. وباختصار، فإن تقنية الأصلي بادج، تليها إمونوبلوتينغ، إيغا، والكهربائية، المعروضة أدناه، هو وسيلة قوية للتحقيق في وظائف وتكوين الميتوكوندريا الخ سوبيركومبلكسس.

Introduction

الطاقة الميتوكوندريا في شكل أتب ليست ضرورية فقط لبقاء الخلية، ولكن أيضا لتنظيم موت الخلايا. ويتطلب توليد أتب بواسطة الفسفرة المؤكسدة سلسلة نقل إلكترون وظيفية (إتك؛ سك-I إلى إيف) وميتوكوندريا أتب سينثاس (سك-V). وقد أظهرت الدراسات الحديثة أن يتم تنظيم هذه المجمعات البروتين الكبيرة في سوبيركومبلكسس، ودعا ريسبراسوميس و سينثاسوميس 1 ، 2 . ومن الصعب تحليل التجمع، والديناميات، وتنظيم الأنشطة من هذه المجمعات الضخمة والسوبركومبلكس. في حين قياسات استهلاك الأوكسجين التي اتخذت مع قطب الأكسجين وانزيم المقايسات التي أجريت باستخدام مقياس الطيف يمكن أن تعطي معلومات قيمة عن النشاط معقدة إتك، هذه المقايسات لا يمكن أن توفر معلومات بشأن وجود وحجم وتكوين وحدات فرعية من البروتين معقدة أو سوبيركومبلكسس المعنية. ومع ذلك، فإن تطوير الأزرق وواضح الأصلي (BN و ن، على التوالي) وقد خلقت الصفحة 3 أداة قوية للكشف عن معلومات هامة حول تكوين معقدة والتجميع / التفكيك وعن التنظيم الديناميكي للمنظمة سوبرامولكولار من هذه المجمعات التنفسية الحيوية تحت الظروف الفسيولوجية والمرضية 4 .

ويبدو أن تجميع هذه المجمعات في سوبيركومبلكسس أعلى ترتيب لتنظيم هيكل الميتوكوندريا وظيفة 5 . على سبيل المثال، التجمع ريسبراسوم يزيد من كفاءة نقل الإلكترون وتوليد قوة الدافع البروتون عبر الغشاء الداخلي الميتوكوندريا 5 . وبالإضافة إلى ذلك، فإن تجميع سينثاسوميس ليس فقط يزيد من كفاءة إنتاج أتب ونقل معادلات الطاقة في السيتوبلازم 2 ، ولكنه أيضا قوالب الغشاء الداخلي الميتوكوندريا في كريستي أنبوبي 6 ، </ سوب> 7 . الدراسات من التجمع سوبيركومبلكس خلال التطور القلبي في الأجنة الماوس تظهر أن جيل من سوبيركومبلكسس التي تحتوي على سك-I في القلب يبدأ في حوالي يوم الجنينية 13.5 8 . وقد أظهرت أخرى أن كمية من سكس-I-سوبيركومبلكسس التي تحتوي على نقصان في القلب بسبب الشيخوخة أو نقص التروية / إصابات ضخه 9 ، 10 أو قد تلعب دورا في تطور الأمراض العصبية 11 .

يصف هذا البروتوكول طرق هلام الأم الصفحة التي يمكن استخدامها للتحقيق في التجمع والنشاط من المجمعات إتك و سوبيركومبلكسس. ويمكن تقييم الوزن الجزيئي التقريبي لل سوبيركومبلكسس الميتوكوندريا عن طريق فصل المجمعات البروتين في المواد الهلامية بولي أكريلاميد ن أو بن. ن صفحة كما يسمح لتصور النشاط الأنزيمي من جميع المجمعات الميتوكوندريا مباشرة في هلام (في هلام المقايسات.إيغا) 12 . هذا العمل يدل على نشاط ريسبراسوميس من خلال تسليط الضوء على قدرة سك-I لأكسدة ناد من خلال إيغا ووجود سينثاسوميس بسبب النشاط أتب-هدروليزينغ من سك-V من قبل إيغا. ويمكن أيضا أن تظهر المجمعات متعددة و سوبيركومبلكسس التي تحتوي على سك-I و سك-V عن طريق نقل البروتينات على الأغشية النتروسليلوز وأداء إمونوبلوتينغ. ميزة هذا النهج هو أن بن أو ن صفحة عموما يفصل المجمعات البروتين على أساس حجمها الفسيولوجية وتكوينها؛ نقل إلى غشاء يحافظ على هذا النمط من العصابات. تحليل المجمعات البروتين في بن أو ن صفحة يمكن أيضا أن يتم باستخدام 2D-بادج (انظر فيالا وآخرون 13 لمظاهرة) أو عن طريق السكروز كثافة الطرد المركزي 14 ، 15 . لمزيد من تحليل فرقة محددة، فإنه يمكن استئصاله من بن صفحة، والبروتينات من هذا البروتين يمكن أن يكون بوريفيد عن طريق إلكترويلوتينغ لهم في ظل الظروف المحلية. يمكن إجراء إلكترلوشن المحلية في غضون ساعات قليلة، والتي يمكن أن تحدث فرقا كبيرا في الانتشار السلبي (كما هو مستخدم في المرجع 16) من البروتينات من هلام في المخزن المؤقت المحيطة بها.

وباختصار، تصف هذه الأساليب العديد من النهج التي تسمح لتوصيف المزيد من سوبيركومبلكسس عالية الوزن الجزيئي من الأغشية الميتوكوندريا.

Protocol

أجريت جميع التجارب باستخدام قلوب من الفئران C57BL / 6N (نوع البرية). تم تخدير الفئران مع كو 2 قبل خلع عنق الرحم، وأجريت جميع الإجراءات بما يتفق بدقة مع شعبة الطب المخبري للحيوان في جامعة روتشستر وامتثالا لقانون الدولة، والنظام الاتحادي، وسياسة المعاهد الوطنية للصحة…

Representative Results

لتصور سوبيركومبلكسس الميتوكوندريا، تم استخدام الميتوكوندريا المعزولة حديثا من الفئران 17 ، 18 . الميتوكوندريا سوبيركومبلكسس حساسة لدورات متكررة من التجمد والذوبان، مما يؤدي إلى تفككهم، على الرغم من أن هذا قد يكون مق?…

Discussion

و إتك وظيفية ضروري لتوليد أتب الميتوكوندريا. مجمعات إتك قادرة على تشكيل نوعين من سوبيركومبليكسس: ريسبراسوميس (سك-I، -III، و- إيف) 1 و سينثاسوميس (سك-V) 2 . التجمع من كل مجمع مطلوب ل إتك سليمة، في حين يعتقد أن تنظيم إتك في سوبيركومبلكسس لزيادة كفاءة ?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

وأيد هذا العمل من المنح المقدمة من مؤسسة مؤسس جمعية القلب الأمريكية [12GRNT12060233] ومركز أبحاث الأطفال القوي في جامعة روتشستر.

Materials

Protean II mini-gel chamber Biorad 1658004 Complete set to pour and run mini-gel electrophoresis
Protean XL maxi-gel Biorad 1653189 Complete set to pour and run maxi-gel electrophoresis
Gradient maker, Hoefer SG15 VWR 95044-704 Pouring mini-gel gradients
Gradient maker, maxi-gel VWR GM-100 Pouring maxi-gel gradients
Transfer kit Biorad 1703930 Complete set to wet transfer of proteins onto membranes
Electroeluter model 422 Biorad 1652976 Electroelution of proteins from native or SDS PAGES
Glass plates Biorad 1653308 Short plates
Glass plates Biorad 1653312 Spacer plates
Glass plates Biorad 1651823 Inner plates
Glass plates Biorad 1651824 Outer Plates
Power supply Biorad 1645070 Power supply suitable for native electrophoresis
ECL-Western  Thermo Scientific 32209 Chemolumniscense substrate
SuperSignal-West Dura Thermo Scientific 34075 Enhanced chemolumniscense substrate
Film/autoradiography film GE Health care 28906845 Documentation of Western blots
Film processor CP1000 Agfa NC0872640
Canon Power Shot 640  Canon NA Taking photos to document gels, membranes and blots.
Canon Power Shot 640 Camera hood  Canon shielding camera for photos being taken on a light table
Acrylamide/bisacrylamide Biorad 1610148 40% pre-mixed solution
Glycine Sigma G7403
SDS (sodium dodecyl sulfate) Invitrogen 15525-017
Tris-base Sigma T1503 Buffer
Tricine Sigma T0377
Sodium deoxychelate Sigma D66750 Detergent
EDTA Sigma E5134
Sucrose Sigma S9378
MOPS Sigma M1254 Buffer
Imidazole Sigma I15513 Buffer
Lauryl maltoside Sigma D4641 Detergent
Coomassie G250 Biorad 161-0406
Aminohexanoic acid Sigma O7260
Native  molecular weight kit GE Health care  17-0445-01 High molecular weight calibraition kit for native electrophoresis.
Name Company Catalog Number Comments
NADH Sigma N4505
Nitroblue tetrazolium Sigma N6639
Tris HCL Sigma T3253
ATP   Sigma A2383
Name Company Catalog Number Comments
Lead(II) nitrate (Pb(NO3)2): Sigma 228621
Oligomycin Sigma O4876
Name Company Catalog Number Comments
Ponceau S Sigma P3504
anti-ATP5A Abcam ab14748 antibody to ATP synthase subunit ATP5A
anti-NDUFB6 Abcam ab110244 antibody to Cx-1 subunit NDUFB6
anti-VDAC Calbiochem 529534 antibody to VDAC
ECL HRP linked antibody GE Health Care NA931V secondary antibody to ATP5A, NDUFB6 and VDAC
Blocking reagent Biorad 170-6404
BSA
sodium chloride Sigma S9888
potassium chloride Sigma P9541
EGTA Sigma E3889
Name Company Catalog Number Comments
Silver staining Kit Invitrogen LC6070

References

  1. Lenaz, G., Genova, M. L. Supramolecular organisation of the mitochondrial respiratory chain: a new challenge for the mechanism and control of oxidative phosphorylation. Adv Exp Med Biol. 748, 107-144 (2012).
  2. Saks, V., et al. Intracellular Energetic Units regulate metabolism in cardiac cells. J Mol Cell Cardiol. 52 (2), 419-436 (2012).
  3. Schagger, H., Cramer, W. A., von Jagow, G. Analysis of molecular masses and oligomeric states of protein complexes by blue native electrophoresis and isolation of membrane protein complexes by two-dimensional native electrophoresis. Anal Biochem. 217 (2), 220-230 (1994).
  4. Wittig, I., Schagger, H. Native electrophoretic techniques to identify protein-protein interactions. Proteomics. 9 (23), 5214-5223 (2009).
  5. Genova, M. L., Lenaz, G. Functional role of mitochondrial respiratory supercomplexes. Biochim Biophys Acta. 1837 (4), 427-443 (2014).
  6. Hahn, A., et al. Structure of a Complete ATP Synthase Dimer Reveals the Molecular Basis of Inner Mitochondrial Membrane Morphology. Molecular cell. 63 (3), 445-456 (2016).
  7. Strauss, M., Hofhaus, G., Schroder, R. R., Kuhlbrandt, W. Dimer ribbons of ATP synthase shape the inner mitochondrial membrane. EMBO J. 27 (7), 1154-1160 (2008).
  8. Beutner, G., Eliseev, R. A., Porter, G. A. Initiation of electron transport chain activity in the embryonic heart coincides with the activation of mitochondrial complex 1 and the formation of supercomplexes. PloS one. 9 (11), e113330 (2014).
  9. Genova, M. L., Lenaz, G. The Interplay Between Respiratory Supercomplexes and ROS in Aging. Antioxid Redox Signal. 23 (3), 208-238 (2015).
  10. Rosca, M. G., et al. Cardiac mitochondria in heart failure: decrease in respirasomes and oxidative phosphorylation. Cardiovasc Res. 80 (1), 30-39 (2008).
  11. Kuter, K., et al. Adaptation within mitochondrial oxidative phosphorylation supercomplexes and membrane viscosity during degeneration of dopaminergic neurons in an animal model of early Parkinson’s disease. Biochim Biophys Acta. 1862 (4), 741-753 (2016).
  12. Wittig, I., Karas, M., Schagger, H. High resolution clear native electrophoresis for in-gel functional assays and fluorescence studies of membrane protein complexes. Mol Cell Proteomics. 6 (7), 1215-1225 (2007).
  13. Fiala, G. J., Schamel, W. W., Blumenthal, B. Blue native polyacrylamide gel electrophoresis (BN-PAGE) for analysis of multiprotein complexes from cellular lysates. J Vis Exp. (48), (2011).
  14. Acin-Perez, R., Fernandez-Silva, P., Peleato, M. L., Perez-Martos, A., Enriquez, J. A. Respiratory active mitochondrial supercomplexes. Molecular cell. 32 (4), 529-539 (2008).
  15. Dudkina, N. V., Eubel, H., Keegstra, W., Boekema, E. J., Braun, H. P. Structure of a mitochondrial supercomplex formed by respiratory-chain complexes I and III. Proc Nat Acad Sci USA. 102 (9), 3225-3229 (2005).
  16. Giorgio, V., et al. Dimers of mitochondrial ATP synthase form the permeability transition pore. Proc Nat Acad Sci USA. 110 (15), 5887-5892 (2013).
  17. Beutner, G., Sharma, V. K., Giovannucci, D. R., Yule, D. I., Sheu, S. S. Identification of a ryanodine receptor in rat heart mitochondria. J Biol Chem. 276 (24), 21482-21488 (2001).
  18. Rehncrona, S., Mela, L., Siesjo, B. K. Recovery of brain mitochondrial function in the rat after complete and incomplete cerebral ischemia. Stroke. 10 (4), 437-446 (1979).
  19. Schagger, H. Blue-native gels to isolate protein complexes from mitochondria. Methods Cell Biol. 65, 231-244 (2001).
  20. Althoff, T., Mills, D. J., Popot, J. L., Kuhlbrandt, W. Arrangement of electron transport chain components in bovine mitochondrial supercomplex I1III2IV1. EMBO J. 30 (22), 4652-4664 (2011).
  21. Schafer, E., et al. Architecture of active mammalian respiratory chain supercomplexes. J Biol Chem. 281 (22), 15370-15375 (2006).
  22. Wittig, I., Schagger, H. Supramolecular organization of ATP synthase and respiratory chain in mitochondrial membranes. Biochim Biophys Acta. 1787 (6), 672-680 (2009).
  23. Davies, K. M., et al. Macromolecular organization of ATP synthase and complex I in whole mitochondria. Proc Nat Acad Sci USA. 108 (34), 14121-14126 (2011).
  24. Lapuente-Brun, E., et al. Supercomplex assembly determines electron flux in the mitochondrial electron transport chain. Science. 340 (6140), 1567-1570 (2013).
  25. Antonioli, P., Bachi, A., Fasoli, E., Righetti, P. G. Efficient removal of DNA from proteomic samples prior to two-dimensional map analysis. J Chromatogr A. 1216 (17), 3606-3612 (2009).
  26. Wittig, I., Carrozzo, R., Santorelli, F. M., Schagger, H. Functional assays in high-resolution clear native gels to quantify mitochondrial complexes in human biopsies and cell lines. Electrophoresis. 28 (21), 3811-3820 (2007).
  27. Glancy, B., Balaban, R. S. Protein composition and function of red and white skeletal muscle mitochondria. Am J Physiol Cell Physiol. 300 (6), C1280-C1290 (2011).
  28. Wittig, I., Beckhaus, T., Wumaier, Z., Karas, M., Schagger, H. Mass estimation of native proteins by blue native electrophoresis: principles and practical hints. Mol Cell Proteomics. 9 (10), 2149-2161 (2010).
  29. Alavian, K. N., et al. An uncoupling channel within the c-subunit ring of the F1FO ATP synthase is the mitochondrial permeability transition pore. Proc Nat Acad Sci USA. 111 (29), 10580-10585 (2014).
  30. Chance, B., Williams, G. R. Respiratory enzymes in oxidative phosphorylation. IV. The respiratory chain. J Biol Chem. 217 (1), 429-438 (1955).
  31. Zickermann, V., et al. Structural biology. Mechanistic insight from the crystal structure of mitochondrial complex I. Science. 347 (6217), 44-49 (2015).
  32. Zhu, J., Vinothkumar, K. R., Hirst, J. Structure of mammalian respiratory complex I. Nature. 536 (7616), 354-358 (2016).

Play Video

Cite This Article
Beutner, G., Porter Jr., G. A. Analyzing Supercomplexes of the Mitochondrial Electron Transport Chain with Native Electrophoresis, In-gel Assays, and Electroelution. J. Vis. Exp. (124), e55738, doi:10.3791/55738 (2017).

View Video