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AMEBaS: Extração Automática da Linha Média e Subtração de Fundo de Time-Lapses de Fluorescência Ratiométrica de Células Individuais Polarizadas
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JoVE Journal Developmental Biology
AMEBaS: Automatic Midline Extraction and Background Subtraction of Ratiometric Fluorescence Time-Lapses of Polarized Single Cells

AMEBaS: Extração Automática da Linha Média e Subtração de Fundo de Time-Lapses de Fluorescência Ratiométrica de Células Individuais Polarizadas

português

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06:03 min

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June 23, 2023

DOI:

10.3791/64857-v

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10.3791/64857-v

•

06:03 min
June 23, 2023

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1Institute of Mathematics and Statistics,University of São Paulo, 2Center for Mathematics, Computing and Cognition,Federal University of ABC, 3Department of Botany, Institute of Biosciences,University of São Paulo, 4Cell Biology and Molecular Genetics Department,University of Maryland, 5Department of Biosciences,University of Milan, 6Department of Physics,Politecnico di Milano

Summary

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Os métodos atuais para analisar a dinâmica intracelular de células isoladas polarizadas são frequentemente manuais e carecem de padronização. Este manuscrito introduz um novo pipeline de análise de imagens para automatizar a extração da linha média de células polarizadas simples e quantificar o comportamento espaço-temporal de lapsos de tempo em uma interface on-line amigável.

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AMEBaSMidline ExtractionBackground SubtractionRatiometric FluorescenceTime-lapsePolarized Single CellsAutomationCell SegmentationCell Midline TracingSkeletonizationLinear ExtrapolationInterpolation

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Badain, R., Damineli, D. S. C., Portes, M. T., Feijó, J., Buratti, S., Tortora, G., Neves de Oliveira, H., Cesar Jr, R. M. AMEBaS: Automatic Midline Extraction and Background Subtraction of Ratiometric Fluorescence Time-Lapses of Polarized Single Cells. J. Vis. Exp. (196), e64857, doi:10.3791/64857 (2023).

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