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Caracterización de una cepa patógena de Escherichia coli derivada de granjas de Oreochromis spp.
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Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing
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Caracterización de una cepa patógena de Escherichia coli derivada de granjas de Oreochromis spp.

español

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09:44 min

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December 23, 2022

DOI:

10.3791/64404-v

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10.3791/64404-v

•

09:44 min
December 23, 2022

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1Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, 2Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Summary

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La viabilidad de las estrategias de secuenciación del genoma completo (WGS) utilizando instrumentos de sobremesa ha simplificado la interrogación del genoma de cada microbio de relevancia para la salud pública en un entorno de laboratorio. Se describe una adaptación metodológica del flujo de trabajo para WGS bacteriano y también se presenta una tubería bioinformática para el análisis.

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Whole-genome SequencingWGSAntimicrobial ResistancePathogenic Escherichia ColiOreochromis Spp. FarmsNext-generation SequencingDNA ExtractionTagmentationIndexingPCRMagnetic Bead Purification

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Magaña-Lizárraga, J. A., Gómez-Gil, B., Enciso-Ibarra, J., Báez-Flores, M. E. Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing. J. Vis. Exp. (190), e64404, doi:10.3791/64404 (2022).

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