Characterization of a Pathogenic <em>Escherichia coli</em> Strain Derived from <em>Oreochromis</em> spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Jos&#233; Antonio Maga&#241;a-Liz&#225;rraga; Bruno G&#243;mez-Gil; Julissa Enciso-Ibarra; Mar&#237;a Elena B&#225;ez-Flores

doi:10.3791/64404

/

Karakterisering van een pathogene Escherichia coli-stam afgeleid van Oreochromis spp. Boerderijen met behulp van whole-genome sequencing

JoVE Journal
Genetics
Author Produced

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Genetics

Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Karakterisering van een pathogene Escherichia coli-stam afgeleid van Oreochromis spp. Boerderijen met behulp van whole-genome sequencing

DOI:

10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

José Antonio Magaña-Lizárraga, Bruno Gómez-Gil, Julissa Enciso-Ibarra, María Elena Báez-Flores

¹Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, ²Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Chapters

00:04Introduction
01:32DNA Library Preparation
04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
07:05Sequence Data Analysis
08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
09:15Conclusion

Summary

Automatic Translation

De haalbaarheid van whole-genome sequencing (WGS) strategieën met behulp van benchtop instrumenten heeft de genoomondervraging van elke microbe van volksgezondheidsrelevantie in een laboratoriumomgeving vereenvoudigd. Een methodologische aanpassing van de workflow voor bacteriële WGS wordt beschreven en een bioinformatica pijplijn voor analyse wordt ook gepresenteerd.

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Detectie van Copy Number Wijzigingen met behulp van Single Cell Sequencing

Bepaling van de optimale chromosomale locatie (s) voor een DNA Element in Escherichia coli met behulp van een nieuwe benadering van Transposon-gemedieerde

Generatie van een gen-verstoord Streptococcus mutans stam zonder Gene klonen

Zeldzame gebeurtenis detectie met behulp van fout-gecorrigeerd DNA en RNA Sequencing

Ultralow Input genoom Sequencing bibliotheek bereiding op basis van een enkel exemplaar van de Tardigrade

Versterking van in de buurt van Full-length HIV-1 Proviruses voor Next-Generation Sequencing

High-throughput identificatie van regelgevende gensequenties met behulp van Next-generation Sequencing van circulaire chromosoom conformatie Capture (4C-seq)