Journal
/
Biochemistry
/
Моделирование активного сайта фермента с помощью бесплатного программного обеспечения для молекулярной визуализации
JoVE Journal
Biochemistry
Author Produced
This content is Free Access.
JoVE Journal Biochemistry
Modeling an Enzyme Active Site using Molecular Visualization Freeware
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Моделирование активного сайта фермента с помощью бесплатного программного обеспечения для молекулярной визуализации

DOI:
10.3791/63170-v

•

14:37 min

•

December 25, 2021

•

, , , , ,
1The University of Texas at Austin, 2Mount Mary University, 3College of St. Benedict/St. John’s University, 4Wabash College

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 01:42Protocol: UCSF ChimeraX
  • 03:14Results: UCSF ChimeraX
  • 03:33iCN3D Protocol
  • 06:38Results: iCN3D
  • 07:02Protocol: Jmol
  • 09:47Results: Jmol
  • 10:08Protocol: PyMOL
  • 12:56Results: PyMOL
  • 14:01Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Ключевым навыком в биомолекулярном моделировании является отображение и аннотирование активных сайтов в белках. Эта техника демонстрируется с помощью четырех популярных бесплатных программ для макромолекулярной визуализации: iCn3D, Jmol, PyMOL и UCSF ChimeraX.

Tags

Molecular VisualizationEnzyme Active SiteGlucokinasePDBID 3FGULigandsSubstrate AnalogCatalytic ComplexBinding InteractionsUCSF ChimeraXMolecular ModelingBiological MacromoleculesVisualization Software

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Картирование участок связывания аптамер на АТФ Использование Microscale Термофорез

Определение конкуренции на олигопептидах для определения местонахождения фосфорилирования

Сайт Направленный мутагенез для In Vitro и In Vivo экспериментов примером взаимодействия РНК в Escherichia Coli

Флуоресцентная визуализация Манго помечены РНК в полиакриламида гели с помощью пост-стоиносидный метод

Выражение, очищение, кристаллизация и ферментные анализы Fumarylacetoacetate Hydrolase Домен-содержащих белков

Оценка взаимодействия белкови-белков с использованием метода пищеварения On-Membrane

Характеристика на молекулярном уровне с использованием надежных биохимических подходов нового белка киназы

Одноклеточный анализ транскрипционно активных аллелей одной молекулой FISH

Сайт Конкретные лизин ацетиляции гистонов для нуклеосомы Восстановление с использованием генетического расширения кода в Escherichia coli

Одновременная визуализация динамики сшитых и одиночных микротрубочек in vitro методом TIRF-микроскопии

Read Article