Journal
/
Biochemistry
/
Modelando um site ativo enzimático usando freeware de visualização molecular
JoVE Journal
Biochemistry
Author Produced
This content is Free Access.
JoVE Journal Biochemistry
Modeling an Enzyme Active Site using Molecular Visualization Freeware

Modelando um site ativo enzimático usando freeware de visualização molecular

DOI:
10.3791/63170-v

•

14:37 min

•

December 25, 2021

•

, , , , ,
1The University of Texas at Austin, 2Mount Mary University, 3College of St. Benedict/St. John’s University, 4Wabash College

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 01:42Protocol: UCSF ChimeraX
  • 03:14Results: UCSF ChimeraX
  • 03:33iCN3D Protocol
  • 06:38Results: iCN3D
  • 07:02Protocol: Jmol
  • 09:47Results: Jmol
  • 10:08Protocol: PyMOL
  • 12:56Results: PyMOL
  • 14:01Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Uma habilidade fundamental na modelagem biomolecular é exibir e anotar locais ativos em proteínas. Esta técnica é demonstrada usando quatro programas gratuitos populares para visualização macromolecular: iCn3D, Jmol, PyMOL e UCSF QuimeraX.

Tags

Molecular VisualizationEnzyme Active SiteGlucokinasePDBID 3FGULigandsSubstrate AnalogCatalytic ComplexBinding InteractionsUCSF ChimeraXMolecular ModelingBiological MacromoleculesVisualization Software

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Mapear o sítio de ligação de um Aptamer no ATP Usando MicroScale termoforese

Ensaio de Competição Oligopeptídica para Determinação de Sítio de Fosforilação

Mutagenesis local-dirigido para In Vitro e In Vivo experimentos exemplificados com interações de RNA em Escherichia Coli

Visualização fluorescente da Mango-Tagged RNA em géis de poliacrilamida através de um método de pós-coloração

Expressão, purificação, cristalização e ensaios enzimáticos de proteínas contendo domínio de Fumarilacetoacetato de hidrolase

Avaliação de interações proteína-proteína usando uma técnica de digestão na membrana

Caracterização no nível molecular usando abordagens bioquímicas robustas de uma nova proteína quinase

Análise celular única de alelos ativos transcricionralmente por peixe de molécula única

Site Lysine Acetilation specific de Histones para Reconstituição Nucleososome usando Expansão do Código Genético em Escherichia coli

Visualização Simultânea da Dinâmica dos Microtúbulos Cruzados e Únicos In Vitro pela Microscopia TIRF

Read Article