Гибридная сборка генома De Novo для генерации полных геномов мочевых бактерий с использованием технологий короткого и длинного считывания секвенирования
Гибридная сборка генома De Novo для генерации полных геномов мочевых бактерий с использованием технологий короткого и длинного считывания секвенирования
Этот протокол детализирует комплексный подход к культивированию, секвенированию и сборке гибридного генома мочевых бактерий de novo. Он обеспечивает воспроизводимую процедуру для генерации полных, круговых последовательностей генома, полезных для изучения как хромосомных, так и внехромосомных генетических элементов, способствующих колонизации мочи, патогенезу и распространению устойчивости к противомикробным препаратам.
Sharon, B. M., Hulyalkar, N. V., Nguyen, V. H., Zimmern, P. E., Palmer, K. L., De Nisco, N. J. Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies. J. Vis. Exp. (174), e62872, doi:10.3791/62872 (2021).