Summary

MS2-تقارب تنقية مقرونة تسلسل الحمض النووي الريبي في البكتيريا إيجابية الغرام

Published: February 23, 2021
doi:

Summary

وقد تم تطوير تكنولوجيا MAPS للتدقيق في الهدف من الحمض النووي الريبي التنظيمية محددة في الجسم الحي. يتم وضع علامة على الحمض النووي الريبي من الفائدة مع aptamer MS2 تمكين تنقية مشتركة من شركائها الجيش الملكي النيبالي وتحديدها عن طريق تسلسل الجيش الملكي النيبالي. هذا البروتوكول المعدل مناسب بشكل خاص للبكتيريا إيجابية الغرام.

Abstract

على الرغم من أن الحمض النووي الريبي التنظيمي الصغير منتشر على نطاق واسع بين مجال الحياة البكتيري ، إلا أن وظائف العديد منها لا تزال سيئة الخصائص بشكل ملحوظ بسبب صعوبة تحديد أهدافها من الحمض النووي الريبي. هنا ، وصفنا بروتوكولا معدلا لتنقية MS2-Affinity إلى جانب تقنية تسلسل الحمض النووي الريبي (MAPS) ، بهدف الكشف عن جميع شركاء الحمض النووي الريبي من الحمض النووي الريبي المحدد في الجسم الحي. على نطاق واسع ، يتم دمج MS2 aptamer إلى أقصى 5 ‘من الحمض النووي الريبي من الفائدة. ثم يتم التعبير عن هذا البناء في الجسم الحي ، مما يسمح ل MS2-sRNA بالتفاعل مع شركائها الخلويين. بعد الحصاد البكتيري ، يتم الخلايا ميكانيكيا. يتم تحميل استخراج الخام في عمود الكروماتوغرافيا القائمة على الأميلوز المغلفة سابقا مع البروتين MS2 تنصهر على البروتين ملزمة maltose. وهذا يتيح التقاط محددة من MS2-sRNA والتفاعل RNAs. بعد التحلل، يتم تحديد الحمض النووي الريبي المنقى من خلال تسلسل الحمض النووي الريبي عالي الإنتاجية والتحليل المعلوماتي الحيوي اللاحق. وقد تم تنفيذ البروتوكول التالي في المكورات العنقودية العنقودية المسببة للأمراض البشرية إيجابية الغرام، وهو، من حيث المبدأ، قابلة للانقل إلى أي بكتيريا إيجابية الغرام. وخلاصة القول ، تشكل تكنولوجيا MAPS طريقة فعالة لاستكشاف الشبكة التنظيمية ل sRNA معين بعمق ، وتقدم لقطة من الهدف بأكمله. ومع ذلك، من المهم أن نضع في اعتبارنا أن الأهداف المفترضة التي حددتها الخرائط لا تزال بحاجة إلى التحقق من صحتها من خلال نهج تجريبية تكميلية.

Introduction

وقد تم تحديد المئات، وربما حتى الآلاف من الرنانات التنظيمية الصغيرة (sRNAs) في معظم الجينوم البكتيري، ولكن وظائف الغالبية العظمى منهم لا تزال غير مطهرة. عموما، SRNAs هي جزيئات قصيرة غير الترميز، ولعب أدوار رئيسية في علم وظائف الأعضاء البكتيرية والتكيف مع البيئات المتقلبة1،2،3. والواقع أن هذه الجزيئات الكبيرة هي في قلب العديد من الشبكات التنظيمية المعقدة، مما يؤثر على المسارات الأيضية، والاستجابات الإجهادية، ولكن أيضا فيوعة ومقاومة المضادات الحيوية. منطقيا، يتم تشغيل توليفها من قبل محفزات بيئة محددة (على سبيل المثال، المجاعة الغذائية، والأكسدة أو ضغوط الغشاء). وتنظم معظم الرنانات المريبة متعددة الأهداف على مستوى ما بعد النسخ من خلال الاقتران القاعدي القصير وغير المتجاور. وعادة ما تمنع بدء الترجمة من خلال التنافس مع الريبوسومات لمناطق بدء الترجمة4. تشكيل sRNA:mRNA دوبلس أيضا غالبا ما يؤدي إلى تدهور نشط من مرنا الهدف عن طريق تجنيد RNases محددة.

إن توصيف هدف الحمض النووي الريبي (أي المجموعة الكاملة من الحمض النووي الريبي المستهدف) يسمح بتحديد المسارات الأيضية التي يتدخل فيها والإشارة المحتملة التي يستجيب لها. وبالتالي، يمكن الاستدلال على وظائف الحمض النووي الريبي محددة عموما من targetome لها. لهذا الغرض، وقد وضعت عدة في أدوات التنبؤ سيليكو مثل IntaRNA وCopraRNA5،6،7. وهي تعتمد بشكل خاص على تكامل التسلسل، واقتران الطاقة وإمكانية الوصول إلى موقع التفاعل المحتمل لتحديد شركاء الحمض النووي الريبي المفترضين. ومع ذلك ، فإن خوارزميات التنبؤ لا تدمج جميع العوامل التي تؤثر على الاقتران الأساسي في الجسم الحي مثل مشاركة مرافقي الحمض النووي الريبي8 الذين يفضلون التفاعلات دون المستوى الأمثل أو التعبير المشترك لكلا الشريكين. ونظرا للقيود المتأصلة في هذه الأدوات، فإن المعدل الإيجابي الزائف لأدوات التنبؤ لا يزال مرتفعا. وتستند معظم النهج التجريبية على نطاق واسع على تنقية مشتركة من الأزواج sRNA:mRNA التفاعل مع بروتين ملزم الحمض النووي الريبي الموسومة (RBP)6,9. على سبيل المثال، التفاعل RNA عن طريق الربط والتسلسل (RIL-seq) طريقة تحديد الدوبلس الجيش الملكي النيبالي شارك في تنقيتها مع مرافقين الجيش الملكي النيبالي مثل Hfq و ProQ في الإشريكية القولونية10،11. تم تطبيق تقنية مماثلة تسمى UV-Crosslinking، ربط وتسلسل الهجينة (CLASH) على RNase E- وHFQ المرتبطة sRNAs في E. coli12،13. على الرغم من الأدوار الموصوفة جيدا من Hfq و ProQ في تنظيم SRNA بوساطة في البكتيريا المتعددة8،14،15، يبدو أن التنظيم القائم على الحمض النووي الريبي هو مرافق الحمض النووي الريبي المستقل في العديد من الكائنات الحية مثل S. aureus16،17،18. حتى لو كان تنقية الدوبلس الحمض النووي الريبي بالاشتراك مع RNases ممكن كما يتضح من ووترز وزملاء العمل13، وهذا لا يزال صعبا كما RNases تؤدي إلى تدهورها السريع. وبالتالي ، فإن تنقية MS2-Affinity إلى جانب نهج تسلسل الحمض النووي الريبي (MAPS)19،20 يشكل بديلا صلبا في مثل هذه الكائنات الحية.

على عكس الأساليب المذكورة أعلاه ، يستخدم MAPS حمضRNA محدد كطعم لالتقاط جميع الحمض النووي الريبي المتفاعل وبالتالي لا يعتمد على مشاركة RBP. يتم تصوير العملية بأكملها في الشكل 1. باختصار، يتم وضع علامة على الحمض النووي الريبي في 5 ‘مع APTAMER RNA MS2 التي يتم التعرف عليها على وجه التحديد من قبل بروتين معطف MS2. يتم دمج هذا البروتين مع البروتين ملزمة مالتوس (MBP) أن شلت على راتنج اميلوز. لذلك ، يتم الاحتفاظ MS2 – SRNA وشركائها الجيش الملكي النيبالي على العمود الكروماتوغرافي تقارب. بعد elution مع مالتوز، يتم تحديد الحمض النووي الريبي المنقى باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبي عالية الإنتاجية تليها التحليل المعلوماتية الحيوية(الشكل 2). ترسم تقنية MAPS في نهاية المطاف خريطة تفاعلية لجميع التفاعلات المحتملة التي تحدث في الجسم الحي.

تم تنفيذ تكنولوجيا MAPS في الأصل في البكتيريا غير المسببة للأمراض الغرام السلبية E. القولونية21. ومن اللافت للنظر أن MAPS ساعدت في تحديد جزء مشتق من الحمض النووي الريبي يتفاعل على وجه التحديد مع كل من RyhB وRybB sRNAs ويمنع أي ضوضاء نسخية من الحمض النووي الريبي لتنظيم أهداف الحمض النووي الريبي في ظروف غير محفزة. بعد ذلك، تم تطبيق MAPS بنجاح على غيرها من E. coli sRNAs مثل DsrA22، RprA23، CyaR23 و GcvB24 (الجدول 1). وبالإضافة إلى تأكيد الأهداف المعروفة سابقا، وسعت الخرائط الهدف من هذه الرنانات المعروفة. في الآونة الأخيرة، وقد تم تنفيذ MAPS في السالمونيلا تيفيموريوم وكشفت أن SraL SRNA يربط إلى رو مرنا، والترميز لعامل إنهاء النسخ25. من خلال هذا الاقتران، SraL يحمي رو مرنا من إنهاء النسخ المبكر الناجم عن رو نفسها. ومن المثير للاهتمام أن هذه التكنولوجيا لا تقتصر على الحمض النووي الريبي ويمكن تطبيقها على أي نوع من الحمض النووي الريبي الخلوي كما يتضح من استخدام جزء مشتق من الحمض النووي الريبي26 ومنطقة غير مترجمة من 5’untranslated من مرنا22 (الجدول 1).

وقد تم تكييف طريقة MAPS أيضا إلى البكتيريا المسببة للأمراض إيجابية الغرام S. أوريوس19. على وجه التحديد ، تم تعديل بروتوكول التحلل على نطاق واسع لكسر الخلايا بكفاءة بسبب جدار خلية أكثر سمكا من البكتيريا السلبية الغرام والحفاظ على سلامة الحمض النووي الريبي. هذا البروتوكول تكييفها كشف بالفعل interactome من RsaA27، RsaI28 و RsaC29. أعطى هذا النهج رؤى حول الدور الحاسم لهذه الرنانات في الآليات التنظيمية لخصائص سطح الخلية ، وامتصاص الجلوكوز ، والاستجابات للإجهاد التأكسدي.

وقد وصف مؤخرا البروتوكول الذي تم تطويره وتنفيذه في الإشريكية القولونية في عام 2015 بتفصيل كبير30. هنا، ونحن نقدم بروتوكول MAPS المعدلة، والتي هي مناسبة بشكل خاص لدراسة الشبكات التنظيمية الحمض النووي الريبي في البكتيريا إيجابية غرام (جدار الخلية سمكا) سواء كانت غير مسببة للأمراض أو المسببة للأمراض (احتياطات السلامة).

Protocol

1. المخازن المؤقتة ووسائل الإعلام بالنسبة لتجارب MAPS، قم بإعداد المخازن المؤقتة والوسائط التالية:- العازلة A (150 MM KCl، 20 mM تريس-HCl pH 8، 1 م م MgCl2 و 1 MM DTT)- المخزن المؤقت E (250 mM KCl، 20 mM Tris-HCl pH 8، 12 mM maltose، 0.1٪ تريتون، 1 مللي متر ملغكل2 و 1 mM DTT)- مخزن تحميل الحمض النووي الريبي …

Representative Results

النتائج التمثيلية تنشأ من دراسة RsaC targetome في S. أوريوس29. RsaC هو غير تقليدية 1116 NT طويلة SRNA. نهاية 5 ‘يحتوي على عدة مناطق متكررة في حين أن نهاية 3 ‘(544 NT) مستقلة هيكليا ويحتوي على جميع مواقع التفاعل المتوقعة مع أهدافها مرنا. يتم تحريض التعبير عن هذا الحمض النووي الريبي عندما المنغني…

Discussion

بروتوكول معدل للبكتيريا إيجابية الغرام
تم تطوير البروتوكول الأولي لل MAPS لدراسة تفاعل الحمض النووي الريبي في الكائن الحي النموذجي E. coli20،30. هنا، ونحن نصف بروتوكول المعدلة التي هي مناسبة لتوصيف الشبكات التنظيمية التي تعتمد على الحمض النووي ا?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

وقد دعم هذا العمل “وكالة الأنباء الوطنية للريتشرش” (ANR، غرانت ANR-16-CE11-0007-01، RIBOSTAPH، و ANR-18-CE12-0025-04، كونوكو، للعلاقات العامة). كما تم نشره في إطار labEx NetRNA ANR-10-LABX-0036 و ANR-17-EURE-0023 (للعلاقات العامة) ، كتمويل من الدولة التي تديرها ANR كجزء من الاستثمارات للبرنامج المستقبلي. تم دعم DL من قبل برنامج أبحاث وابتكار أفق 2020 التابع للاتحاد الأوروبي بموجب اتفاقية منحة ماري سكلودوسكا كوري رقم 753137-SaRNAReg. وقد تم دعم العمل في مختبر E. Massé من خلال المنح التشغيلية من المعاهد الكندية للبحوث الصحية (CIHR) ، ومجلس أبحاث العلوم الطبيعية والهندسة الكندي (NSERC) ، والمعاهد الوطنية للصحة NIH فريق منحة R01 GM092830-06A1.

Materials

1.5 mL microcentrifuge tube Sarstedt 72.690.001
15 mL centrifuge tubes Falcon 352070
2 mL microcentrifuge tube Starstedt 72.691
2100 Bioanalyzer Instrument Agilent G2939BA RNA quantity and quality
250 mL culture flask Dominique Dutscher 2515074 Bacterial cultures
50 mL centrifuge tubes Falcon 352051 Culture centrifugation
Absolute ethanol VWR Chemicals 20821.321 RNA extraction and purification
Allegra X-12R Centrifuge Beckman Coulter Bacterial pelleting
Ampicilin (amp) Sigma-Aldrich A9518-5G Growth medium
Amylose resin New England BioLabs E8021S MS2-affinity purification
Anti-dioxigenin AP Fab fragment Sigma Aldrich 11093274910 Northern blot assays
Autoradiography cassette ThermoFisher Scientific 50-212-726 Northern blot assays
BamHI ThermoFisher Scientific ER0051 Plasmid construction
BHI (Brain Heart Infusion) Broth Sigma-Aldrich 53286 Growth medium
Blocking reagent Sigma Aldrich 11096176001 Northern blot assays
CDP-Star Sigma Aldrich 11759051001 Northern blot assays (substrate)
Centrifuge 5415 R Eppendorf RNA extraction and purification
Chloroform Dominique Dutscher 508320-CER RNA extraction and purification
DIG-RNA labelling mix Sigma-Aldrich 11277073910 Northern blot assays
DNase I Roche 4716728001 DNase treatment
Erythromycin (ery) Sigma-Aldrich Fluka 45673 Growth medium
FastPrep device MP Biomedicals 116004500 Mechanical lysis
Guanidium Thiocyanate Sigma-Aldrich G9277-250G Northern blot assays
Hybridization Hoven Hybrigene Techne FHB4DD Northern blot assays
Hybridization tubes Techne FHB16 Northern blot assays
Isoamyl alcohol Fisher Scientific A/6960/08 RNA extraction and purification
LB (Lysogeny Broth) Sigma-Aldrich L3022 Growth medium
Lysing Matrix B Bulk MP Biomedicals 6540-428 Mechanical lysis
MicroPulser Electroporator BioRad 1652100 Plasmid construction
Milli-Q water device Millipore Z00QSV0WW Ultrapure water
NanoDrop spectrophotometer ThermoFisher Scientific RNA/DNA quantity and quality
Nitrocellulose membrane Dominique Dutsher 10600002 Northern blot assays
Phembact Neutre PHEM Technologies BAC03-5-11205 Cleaning and decontamination
Phenol Carl Roth 38.2 RNA extraction and purification
Phusion High-Fidelity DNA Polymerase New England Biolabs M0530 Plasmid construction
pMBP-MS2 Addgene 65104 MS2-MBP production
Poly-Prep chromatography column BioRad 7311550 MS2-affinity purification
PstI ThermoFisher Scientific ER0615 Plasmid construction
Qubit 3 Fluorometer Invitrogen 15387293 RNA quantity
RNAPro Solution MP Biomedicals 6055050 Mechanical lysis
ScriptSeq Complete Kit Illumina BB1224 Preparation of cDNA librairies
Spectrophotometer Genesys 20 ThermoFisher Scientific 11972278 Bacterial cultures
SpeedVac Savant vacuum device ThermoFisher Scientific DNA120 RNA extraction and purification
Stratalinker UV Crosslinker 1800 Stratagene 400672 Northern blot assays
T4 DNA ligase ThermoFisher Scientific EL0014 Plasmid construction
TBE (Tris-Borate-EDTA) Euromedex ET020-C Northern blot assays
ThermalCycler T100 BioRad 1861096 Plasmid construction
Tween 20 Sigma Aldrich P9416-100ML Northern blot assays
X-ray film processor hu.q HQ-350XT Northern blot assays
X-ray films Super RX-N FujiFilm 4741019318 Northern blot assays

References

  1. Carrier, M. C., Lalaouna, D., Masse, E. Broadening the Definition of Bacterial Small RNAs: Characteristics and Mechanisms of Action. Annual Review of Microbiology. 72, 141-161 (2018).
  2. Hör, J., Matera, G., Vogel, J., Gottesman, S., Storz, G. Trans-Acting Small RNAs and Their Effects on Gene Expression in Escherichia coli and Salmonella enterica. EcoSal Plus. 9 (1), (2020).
  3. Desgranges, E., Marzi, S., Moreau, K., Romby, P., Caldelari, I. Noncoding RNA. Microbiology Spectrum. 7 (2), (2019).
  4. Adams, P. P., Storz, G. Prevalence of small base-pairing RNAs derived from diverse genomic loci. Biochimica et Biophysica Acta – Gene Regulatory Mechanisms. 1863 (7), 194524 (2020).
  5. Pain, A., et al. An assessment of bacterial small RNA target prediction programs. RNA Biology. 12 (5), 509-513 (2015).
  6. Desgranges, E., Caldelari, I., Marzi, S., Lalaouna, D. Navigation through the twists and turns of RNA sequencing technologies: Application to bacterial regulatory RNAs. Biochimica et Biophysica Acta – Gene Regulatory Mechanisms. , 194506 (2020).
  7. Wright, P. R., et al. CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains. Nucleic Acids Research. 42, 119-123 (2014).
  8. Smirnov, A., Schneider, C., Hor, J., Vogel, J. Discovery of new RNA classes and global RNA-binding proteins. Current Opinion in Microbiology. 39, 152-160 (2017).
  9. Saliba, A. E., Santos, S., Vogel, J. New RNA-seq approaches for the study of bacterial pathogens. Current Opinion in Microbiology. 35, 78-87 (2017).
  10. Melamed, S., Adams, P. P., Zhang, A., Zhang, H., Storz, G. RNA-RNA Interactomes of ProQ and Hfq Reveal Overlapping and Competing Roles. Molecular Cell. 77 (2), 411-425 (2020).
  11. Melamed, S., et al. Global Mapping of Small RNA-Target Interactions in Bacteria. Molecular Cell. 63 (5), 884-897 (2016).
  12. Iosub, I. A., et al. Hfq CLASH uncovers sRNA-target interaction networks linked to nutrient availability adaptation. Elife. 9, (2020).
  13. Waters, S. A., et al. Small RNA interactome of pathogenic E. revealed through crosslinking of RNase E. The EMBO Journal. 36 (3), 374-387 (2017).
  14. Dos Santos, R. F., Arraiano, C. M., Andrade, J. M. New molecular interactions broaden the functions of the RNA chaperone Hfq. Current Genetics. , (2019).
  15. Kavita, K., de Mets, F., Gottesman, S. New aspects of RNA-based regulation by Hfq and its partner sRNAs. Current Opinion in Microbiology. 42, 53-61 (2018).
  16. Bohn, C., Rigoulay, C., Bouloc, P. No detectable effect of RNA-binding protein Hfq absence in Staphylococcus aureus. BMC Microbiology. 7, 10 (2007).
  17. Jousselin, A., Metzinger, L., Felden, B. On the facultative requirement of the bacterial RNA chaperone, Hfq. Trends in Microbiology. 17 (9), 399-405 (2009).
  18. Olejniczak, M., Storz, G. ProQ/FinO-domain proteins: another ubiquitous family of RNA matchmakers. Molecular Microbiology. 104 (6), 905-915 (2017).
  19. Lalaouna, D., Desgranges, E., Caldelari, I., Marzi, S. Chapter Sixteen – MS2-Affinity Purification Coupled With RNA Sequencing Approach in the Human Pathogen Staphylococcus aureus. Methods in Enzymology. 612, 393-411 (2018).
  20. Lalaouna, D., Prevost, K., Eyraud, A., Masse, E. Identification of unknown RNA partners using MAPS. Methods. 117, 28-34 (2017).
  21. Lalaouna, D., et al. A 3′ external transcribed spacer in a tRNA transcript acts as a sponge for small RNAs to prevent transcriptional noise. Molecular Cell. 58 (3), 393-405 (2015).
  22. Lalaouna, D., Morissette, A., Carrier, M. C., Masse, E. DsrA regulatory RNA represses both hns and rbsD mRNAs through distinct mechanisms in Escherichia coli. Molecular Microbiology. 98 (2), 357-369 (2015).
  23. Lalaouna, D., Prevost, K., Laliberte, G., Houe, V., Masse, E. Contrasting silencing mechanisms of the same target mRNA by two regulatory RNAs in Escherichia coli. Nucleic Acids Research. 46 (5), 2600-2612 (2018).
  24. Lalaouna, D., Eyraud, A., Devinck, A., Prevost, K., Masse, E. GcvB small RNA uses two distinct seed regions to regulate an extensive targetome. Molecular Microbiology. 111 (2), 473-486 (2019).
  25. Silva, I. J., et al. SraL sRNA interaction regulates the terminator by preventing premature transcription termination of rho mRNA. Proceedings of the National Academy of Sciences. 116 (8), 3042-3051 (2019).
  26. Lalaouna, D., Masse, E. Identification of sRNA interacting with a transcript of interest using MS2-affinity purification coupled with RNA sequencing (MAPS) technology. Genomics Data. 5, 136-138 (2015).
  27. Tomasini, A., et al. The RNA targetome of Staphylococcus aureus non-coding RNA RsaA: impact on cell surface properties and defense mechanisms. Nucleic Acids Research. 45 (11), 6746-6760 (2017).
  28. Bronesky, D., et al. A multifaceted small RNA modulates gene expression upon glucose limitation in Staphylococcus aureus. The EMBO Journal. 38 (6), (2019).
  29. Lalaouna, D., et al. RsaC sRNA modulates the oxidative stress response of Staphylococcus aureus during manganese starvation. Nucleic Acids Research. 47 (1), 9871-9887 (2019).
  30. Carrier, M. C., Laliberte, G., Masse, E. Identification of New Bacterial Small RNA Targets Using MS2 Affinity Purification Coupled to RNA Sequencing. Methods in Molecular Biology. 1737, 77-88 (2018).
  31. Garibyan, L., Avashia, N. Polymerase chain reaction. Journal of Investigative Dermatology. 133 (3), 1-4 (2013).
  32. Revie, D., Smith, D. W., Yee, T. W. Kinetic analysis for optimization of DNA ligation reactions. Nucleic Acids Research. 16 (21), 10301-10321 (1988).
  33. Seidman, C. E., Struhl, K., Sheen, J., Jessen, T. Introduction of plasmid DNA into cells. Current Protocols in Molecular Biology. , (2001).
  34. Sanger, F., Coulson, A. R., Barrell, B. G., Smith, A. J. H., Roe, B. A. Cloning in single-stranded bacteriophage as an aid to rapid DNA sequencing. Journal of Molecular Biology. 143 (2), 161-178 (1980).
  35. Grosser, M. R., Richardson, A. R. Method for Preparation and Electroporation of S. aureus and S. epidermidis. Methods in Molecular Biology. 1373, 51-57 (2016).
  36. Krumlauf, R. Northern blot analysis. Methods in Molecular Biology. 58, 113-128 (1996).
  37. Koontz, L. Agarose gel electrophoresis. Methods in Enzymology. 529, 35-45 (2013).
  38. Afgan, E., et al. The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update. Nucleic Acids Reseaerch. 44, 3-10 (2016).
  39. Jagodnik, J., Brosse, A., Le Lam, T. N., Chiaruttini, C., Guillier, M. Mechanistic study of base-pairing small regulatory RNAs in bacteria. Methods. 117, 67-76 (2017).
  40. Mann, M., Wright, P. R., Backofen, R. IntaRNA 2.0: enhanced and customizable prediction of RNA-RNA interactions. Nucleic Acids Res. 45, 435-439 (2017).
  41. Georg, J., et al. The power of cooperation: Experimental and computational approaches in the functional characterization of bacterial sRNAs. Molecular Microbiology. 113 (3), 603-612 (2020).

Play Video

Cite This Article
Mercier, N., Prévost, K., Massé, E., Romby, P., Caldelari, I., Lalaouna, D. MS2-Affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria. J. Vis. Exp. (168), e61731, doi:10.3791/61731 (2021).

View Video