Dit artikel beschrijft een methode cardiovasculaire weefselmonsters voor MS analyse mogelijk maakt (1) de analyse van ECM eiwitsamenstelling, (2) het identificeren van glycosyleringsplaatsen, en (3) de samenstelling karakterisering van glycan vormen moeten worden bereid. Deze methodologie kan worden toegepast, met kleine modificaties, voor de studie van de ECM in andere weefsels.
Fibrose is een kenmerk van vele hart- en vaatziekten, geassocieerd met de secretie verergerd en afzetting van extracellulaire matrix (ECM). Met behulp van proteomics, hebben we eerder geïdentificeerd meer dan 150 ECM en ECM-geassocieerde eiwitten in cardiovasculaire weefsels. Met name zijn veel ECM eiwitten geglycosyleerd. Deze posttranslationele modificatie invloed eiwitvouwing, oplosbaarheid, binding en degradatie. We hebben een sequentiële extractie en verrijking werkwijze voor ECM proteïnen die compatibel is met de volgende vloeistof chromatografie tandem massaspectrometrie (LC-MS / MS) analyse van intacte glycopeptiden is ontwikkeld. De strategie is gebaseerd op achtereenvolgende incubaties met NaCl, SDS weefsel ontcelling en guanidinehydrochloride voor het oplosbaar maken van ECM eiwitten. Recente ontwikkelingen in LC-MS / MS fragmentatie werkwijzen omvatten, zoals combinaties van hogere energie collision dissociatie (HCD) en elektronoverdracht dissociatie (ETD), die het mogelijk makende samenstelling directe analyse van glycopeptiden van ECM eiwitten. In dit document beschrijven we een methode om de ECM uit weefselmonsters te bereiden. De werkwijze maakt niet alleen proteïneprofilering maar ook de evaluatie en karakterisering van glycosylering door MS analyse.
Fibrosis is een kenmerk van vele ziekten. Fibroblasten prolifereren en differentiëren tot zeer synthetische fenotypen die zijn geassocieerd met de verergerd secretie van extracellulaire matrix (ECM) 1. Overmatige ECM afzetting kan blijven, zelfs na de eerste schade heeft afgenomen, wat leidt tot functionele beperking. Via proteoom, hebben we eerder geïdentificeerd meer dan 150 ECM en ECM-geassocieerde eiwitten in hartweefsel 2, 3. Ze zijn niet alleen structurele eiwitten, maar ook matricellulaire eiwitten en proteases die bijdragen aan de continue verbouwing en dynamische aanpassing van het hart. Met name zijn veel ECM eiwitten geglycosyleerd 4. Deze post-translationele modificatie (PTM) bij de bereiding suikerresiduen bepaalde aminozuurposities, en raakt eiwitvouwing, oplosbaarheid, binding en degradatie 5 </sup>.
Er zijn twee belangrijke glycosylering soorten die voorkomen in zoogdieren. (1) N-glycosylering plaatsvindt bij het stikstofatoom carboxamido asparagine residuen (Asn) in de consensussequentie Asn-Xaa-Thr / Ser, waarbij Xaa elk aminozuur behalve proline. (2) in O-glycosylatie, suikerresten hechten aan serine- en threonine-residuen (Ser, Thr) of, in veel mindere mate, hydroxyproline en hydroxylysine. Terwijl O-glycosylering kan op diverse proteïnegroepen, N-glycosylering beperkt tot gesecreteerde eiwitten of extracellulaire domeinen van membraaneiwitten 5. Dit maakt N-glycosylering een aantrekkelijk doelwit bij het bestuderen van de ECM.
Proteomics zet een nieuwe standaard voor de analyse van eiwit veranderingen bij de ziekte. Tot nu toe zijn de meeste proteomics studies gericht op intracellulaire eiwitten 6. Dit is voornamelijk te wijten aan de volgende redenen. Ten eerste, overvloedige intracellulaire eiwitten bemoeilijken de identificatiecatie van schaarse ECM componenten. Dit is met name belangrijk in hartweefsel, waarbij mitochondriale en myofilament eiwitten voor een groot deel van het proteïnegehalte 7. Ten tweede, integraal ECM eiwitten zijn sterk verknoopt en moeilijk te lossen. Tenslotte de aanwezigheid van overvloedige PTMs (bijvoorbeeld glycosylatie) verandert de moleculaire massa, lading en elektroforetische eigenschappen van peptiden, die zowel de scheiding en identificatie van vloeistofchromatografie tandem massaspectrometrie (LC-MS / MS). In de afgelopen jaren, hebben we ontwikkeld en verbeterd een sequentiële extractie en verrijking methode voor het ECM-eiwitten die compatibel zijn met latere analyse massaspectrometrie (MS) is. De strategie is gebaseerd op opeenvolgende incubaties.
De eerste stap wordt uitgevoerd met NaCl, een ionische buffer die de extractie van ECM-geassocieerde losjes gebonden ECM proteïnen, evenals nieuw gesynthetiseerde ECM eiwitten vergemakkelijkt. Het is wasmiddel zonder, niet-denaturerend, niet verstorend van celmembranen en vatbaar voor verdere biochemische assays 8. Vervolgens wordt ontcelling bereikt met natriumdodecylsulfaat (SDS). Bij deze stap een lage SDS-concentratie zorgt membraan destabilisatie en het vrijkomen van intracellulaire eiwitten, terwijl het voorkomen van verstoring van de meer oplosbare niet-integrale ECM componenten. Tenslotte worden ECM proteïnen geëxtraheerd met guanidinehydrochloride buffer (GuHCl). GuHCl is effectief bij het extraheren van sterk verknoopte proteïnen en proteoglycanen uit weefsels zoals pezen 9, 10 kraakbeen, vaten 11, 12, 13 en het hart 2, 3. We pasten deze biochemische fractionering, in combinatie met LC-MS / MS, om ECM remodeling in hart- en vaatziekten 2 te verkennen <sup>, 3, 11, 12, 13, 14. Recente ontwikkelingen in MS omvatten nieuwe fragmentatiemethoden, zoals combinaties van hogere energie collision dissociatie (HCD) en elektronoverdracht dissociatie (ETD), die tegen de rechtstreekse analyse van intacte glycopeptiden 3, 15.
Hier beschrijven we een methode ECM bereiden MS analyse dat analyse mogelijk maakt van eiwitsamenstelling, de identificatie van glycosylatieplaatsen en de karakterisering van glycan vormen. In vergelijking met eerdere analyses van ECM glycosylering 16 Deze methode maakt de directe beoordeling van compositionele veranderingen in glycosyleringsprofielen een plaatsspecifieke wijze met behulp van MS. We hebben deze methode toegepast op cardiovasculaire weefsels. Het kan echter alzodanig zijn aangebracht, met geringe modificaties, voor de studie van de ECM in andere weefselmonsters en kan ongekende inzichten in ECM biologie leveren.
Deze proteomics protocol is geoptimaliseerd in de afgelopen jaren in ons laboratorium. Hier gebruikten we hartweefsel, maar slechts kleine aanpassingen kan nodig zijn voor de toepassing ervan op andere weefsels. Bijvoorbeeld de extractie protocol moet de cellulariteit van het weefsel rekening houden. Hartweefsel is zeer cellulaire opzichte van vaatweefsel. Bij gebruik van vaatweefsel, kan de SDS-concentratie lager (dwz 0,08%) en de cellen ontdoen korter (dus 4 h) 11, 12, 13. Het gebruik van deglycosylatie enzymen is cruciaal voor LC-MS / MS analyse van ECM samenstelling. Echter, incubatietijden worden aangepast voor verschillende soorten weefsel. Bijvoorbeeld, heparinase II bepaalde verlengde incubatietijden bij 25 ° C bij gebruik van monsters zoals huid, die rijk basaalmembraaneiwitten (bv agrine, perlecan) (data niet getoond). Direct glycopeptide analyse kan worden uitgevoerd op geconditioneerde media van cellen in kweek 15. Verrijkingsstappen is niet vereist voor de analyse van deze vereenvoudigde subproteome. Soortgelijke GuHCl extracten, extracten NaCl ook geschikt voor glycoproteoomanalyses analyse met kleine modificaties. Andere extractie protocollen voor verrijking van ECM eiwitten kunnen worden aangepast aan ECM glycopeptiden 19, 20 te karakteriseren.
Glycosylering is de meest complexe PTM 5. Indirecte identificatie van glycopeptiden wordt bereikt door de detectie van gedeamideerde Asn met geïntegreerde 18 O een NXT / S sequon. Gedeamideerd Asn op andere posities kan valse positieven geven. Evenzo moet N-glycosylering worden gezien in de context van eiwit ontologieën: intracellulaire eiwitten die een NXT / S sequon niet geglycosyleerd, maar kunnen leiden tot valse positieven. Aangezien de huidige zoekoplossingh algoritmen niet mogelijk voor het screenen van PTMs op vooraf vastgestelde sequenties (dwz Asn bij NXT / S) wordt handmatig filteren van de data vereist. Identificatie van de aanwezigheid / afwezigheid van glycosylering op deze posities kan worden vergeleken tussen ziekten en controlemonsters. Er is geen enzym overeen met PNGase F O-deglycosylatie (dwz een mass shift op threonine of serine). Daarom is de identificatie van O-glycosylatie beperkt tot directe glycopeptide analyse. Direct glycopeptide analyse wordt gebruikt om gegevens over de samenstelling van suikers aan eiwitten verbonden te verkrijgen, maar heeft geen structurele informatie van de glycan te verschaffen. Bovendien is de glycaansamenstelling het resultaat van glycan synthese en verwerking na uitscheiding.
Ons 3 stappen extractiemethode voor ECM proteïnen ( "Engels Quickstep") 6 is toegelaten karakteriseren van de ECM in diverse cardiovasculaire weefsels. Fractionering van het weefselin verschillende fragmenten is nodig om een vereenvoudigde ECM proteoom verkrijgen elders 6 besproken. Intracellulaire eiwitten anders bijdraagt aan een overmatige dynamische bereik van eiwit abundantie in de extracten die geïdentificeerd minder overvloedig ECM eiwitten belemmeren. Bovendien intracellulaire eiwitten dragen O-glycosyleringen 5 die ECM glycopeptiden verrijking en daaropvolgende MS analyse zou bemoeilijken. Andere auteurs toegepaste vergelijkbaar extractie methodologieën te karakteriseren bijvoorbeeld long- 21 en kraakbeenweefsels 10, maar hebben ze niet de analyse van glycosylering streven. Eerdere analyse van glycosylatie gericht op de identificatie van slechts glycosites, vereist verwijdering van het glycan van de eiwitkern, en kan O-glycosylering 22, 23 niet beoordelen. Lectine arrays en chemische verrijking zijn voor de beoordeling van glycan types op biologische monsters op basis van hun bindingsspecificiteit, maar deze technieken kunnen niet glycan types toe te wijzen aan specifieke eiwitten 24 noch kunnen zij beoordelen glycosyleringsplaatsen.
Aanvankelijk gebruikten we gelelektroforese vóór LC-MS / MS van ECM eiwitten. Hoewel gelscheiding bruikbaar bij het verkrijgen vereenvoudigde eiwitfracties ontvankelijk voor LC-MS / MS analyse uiterlijk instrumenten zodat een hogere scansnelheden. Zo kan de elektroforetische scheidingsstap wordt weggelaten. Dit verschaft een extra voordeel zo groot ECM proteïnen, die worden vastgehouden op de top van de gel, efficiënter geanalyseerd. Echter, informatie over de Mw van de intacte eiwitten verloren. Het verdampen voorafgaand aan PNGase F deglycosylering waarborgt volledige verwijdering van vaste H2O valse negatieven te minimaliseren. Suikerresten (dwz variabele glycan gewichten) interfereren met de scheiding door LC en beschadigen daaropvolgende peptidenidentificatie door MS / MS. Apeen deglycosylatie-protocol wordt ook aanbevolen voor proteomics analyse van ECM eiwitten niet gericht op glycosylering.
Proteomics kan ongekende inzichten in de ECM te bieden. Beyond structurele steun, glycanen aan de ECM essentieel voor gastheer-pathogeen interactie, cel-cel communicatie en de immuunrespons 25, dat wil zeggen transplantaatafstoting na orgaantransplantatie. Glycoproteoomanalyses zal een essentieel instrument in glycobiology zijn.
The authors have nothing to disclose.
JBB is een Career Establishment Fellow in het King's British Heart Foundation Centre. MM is een Senior Fellow van de British Heart Foundation (FS / 13/2/29892). De studie werd ondersteund door een uitmuntende initiatief (Competence Centers for Excellent Technologies – COMET) van de Oostenrijkse Research Promotion Agency FFG: "Research Center of Excellence in Vascular Aging – Tirol, VASCage" (K-Project nummer 843.536) en de NIHR Biomedical Research Center gevestigd in de National Health service Foundation Trust Guy's en St. Thomas' en King's College in Londen in samenwerking met King's College Hospital.
A. Chemicals | |||
Acetonitrile, MS-grade (ACN, C2H3N) | Thermo Scientific | 51101 | 5.2-5.8, 6.2, 7.11, Supp 2, 3, 4 |
Cocktail of proteinase inhibitors | Sigma-Aldrich | P8340 | 1.3, 1.4.1, 1.5.1, 1.6.1 |
Disodium phosphate (Na2H2PO4) | Sigma-Aldrich | S7907 | 3.1 |
Dithiotreitol (DTT, C4H10O2S2) | Sigma-Aldrich | D0632 | 4.3 |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA, C10H16N2O8) | Sigma-Aldrich | E9884 | 1.3, 1.4.1, 1.5.1, 1.6.1 |
Ethanol (C2H6O) | VWR | 437433T | 2.2.1 |
Guanidine hydrochloride (GuHCl, CH6ClN3) | Sigma-Aldrich | G3272 | 1.6.1 |
Glycerol (C3H8O3) | Acros organics | 158920025 | Suppl 1.1 |
H2O LC-MS Cromasolv | Sigma-Aldrich | 39253-1L-R | Throughout the protocol |
H218O | Taiyo Nippon Sanso | FO3-0027 | 3.5 |
Hydroxylamine (HA, H3NO) | Sigma-Aldrich | 467804 | 6.4 |
Iodoacetamide (IAA, C2H4INO) | Sigma-Aldrich | A3221 | 4.4 |
Phosphate-buffered Saline (PBS), 10X | Lonza | 51226 | 1.3 |
Sodium acetate (C2H3NaO2) | Sigma-Aldrich | S7545 | 1.6.1 |
Sodium chloride (NaCl) | Sigma-Aldrich | S9888 | 1.4.1, 3.2 |
Sodium dodecyl sulfate (SDS, NaC12H25SO4) | Sigma-Aldrich | 466143 | 1.5.1 |
Triethylammonium bicarbonate (TEAB, C7H17NO3) | Sigma-Aldrich | 11268 | 4.7, 6.1 |
Trifluoroacetic acid (TFA, C2HF3O2) | Sigma-Aldrich | T62200 | 4.8, 5.2-5.8, 7.11, Supp 2, 3 |
Thiourea (CH4N2S) | Sigma-Aldrich | T8656 | 4.2 |
Tris-hydrochloride (Tris-HCl, NH11C4O3[HCl]) | Sigma-Aldrich | T3253 | 1.4.1, Suppl 1. |
Urea (CH4N2O) | Sigma-Aldrich | U1250 | 4.2 |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
B. Enzymes | |||
α2-3,6,8,9-Neuraminidase (Sialidase) | EDM Millipore | 362280 (KP0012) | 3.1 |
β1,4-Galactosidase | EDM Millipore | 362280 (KP0004) | 3.1 |
β-N-Acetylglucosaminidase | EDM Millipore | 362280 (KP0013) | 3.1 |
Chondroitinase ABC | Sigma-Aldrich | C3667 | 3.1 |
Endo-α-N-acetylgalactosaminidase (O-glycosidase) | EDM Millipore | 362280 (KP0011) | 3.1 |
Heparinase II | Sigma-Aldrich | H6512 | 3.1 |
Keratanase | Sigma-Aldrich | G6920 | 3.1 |
PNGase-F (N-Glycosidase F) | EDM Millipore | 362280 (KP0001) | 3.5 |
Trypsin | Thermo Scientific | 90057 | 4.7 |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
C. Reagent kits | |||
30 kDa MWCO spin filters | Amicon, Millipore | 10256744 | 5.9, Suppl 2 |
Macro SpinColumn C-18, 96-Well Plate | Harvard Apparatus | 74-5657 | 5.1 |
NuPAGE Novex BisTris Acrylamide Gels | Thermo-Scientific | NP0322PK2 | Suppl 1 |
Pierce BCA Protein Assay Kit | Thermo Scientific | 23227 | 2.1.3 |
ProteoExtract Glycopeptide Enrichment Kit | Merk Millipore | 72103 | 7 |
Tandem mass tag 0 (TMT0) | Thermo Scientific | 900067 | 6.2, 6.3 |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
D. Equipment and software | |||
Acclaim PepMap100 C18 Trap, 5mm x 300µm, 5µm, 100Å | Thermo Scientific | 160454 | Suppl 3, 4 |
Acclaim PepMap100 C18, 50cm x 75µm, 3µm, 100Å | Thermo Scientific | 164570 | Suppl 3 |
Byonic Search Engine | Protein Metrics | Version 2.9.30 | Suppl 5 |
Dionex UltiMate 3000 RSLCnano | Thermo Scientific | n/a | Suppl 3, 4 |
EASY-Spray Ion Source | Thermo Scientific | ES081 | Suppl 4 |
EASY-Spray PepMap RSLC C18, 50cm x 75µm, 2μm, 100Å | Thermo Scientific | ES803 | Suppl 4 |
Mascot Search Engine | Matrix Science | Version 2.3.01 | Suppl 3 |
Orbitrap Fusion Lumos Tribrid Mass Spectrometer | Thermo Scientific | IQLAAEGAAPFADBMBHQ | Suppl 4 |
Proteome Discoverer Software | Thermo Scientific | Version 2.1.1.21 | Suppl 3, 5 |
Picoview Nanospray Source | New Objective | 550 | Suppl 3 |
Q Exactive HF Mass Spectrometer | Thermo Scientific | IQLAAEGAAPFALGMBFZ | Suppl 3 |
Savant SpeedVac Concentrator | Thermo Scientific | SPD131DDA | 2.2.2, 3.4, 4.6, 5.7, 6.5, 7.11 |
Scaffold Software | Proteome Software | Version 4.3.2 | Suppl 3 |