Summary

Misurazione<em> In Vitro</em> Integrazione di attività del virus HIV-1 preintegrazione Complessi

Published: February 22, 2017
doi:

Summary

This report describes an in vitro assay for measuring the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) preintegration complex (PIC)-associated integration activity in the cytoplasmic extracts of acutely infected cells. The integration of PIC-associated HIV-1 DNA into heterologous target DNA is quantified by using a nested real-time polymerase chain reaction strategy.

Abstract

proteine ​​HIV-1 busta impegnano recettori cognate sulla superficie delle cellule bersaglio, che porta a fusione della membrana virale delle cellule seguita dal rilascio del nucleo capside virale (CA) nel citoplasma. Successivamente, il virale trascrittasi inversa (RT), come parte di un complesso omonimo nucleoproteina definito il trascrizione inversa Complex (RTC), converte il virale genoma RNA a singolo filamento in una copia di DNA a doppio filamento (vDNA). Questo porta alla biogenesi di un altro complesso nucleoproteina, chiamato il complesso di pre-integrazione (PIC), composto dal vDNA e proteine ​​del virus associati e fattori dell'ospite. L'integrasi virale PIC-associato (IN) orchestra l'integrazione della vDNA nel DNA cromosomico host in un processo in due fasi temporalmente e spazialmente regolamentato. Innanzitutto, l'IN elabora estremità 3 'della vDNA nel citoplasma e, dall'altro, dopo il PIC traffici al nucleo, essa media integrazione del vDNA trasformata nel DNA cromosomico. I PIC isolatida cellule bersaglio con infezione acuta da HIV-1 sono funzionali in vitro, in quanto sono competenti per integrare il vDNA associato in un DNA bersaglio eterologo esogena aggiunto. Tale PIC-based nei test di integrazione in vitro hanno contribuito in modo significativo a delineare i dettagli meccanicistici di integrazione retrovirale e alla scoperta IN inibitori. In questo rapporto, elaboriamo su un test HIV-1 PIC aggiornato che si avvale di un annidato in tempo reale Polymerase Chain Reaction quantitativa (qPCR) strategia basata su per misurare l'attività in vitro integrazione di isolati PIC nativi.

Introduction

Replicazione dell'HIV-1 nella cella di destinazione prevede più passaggi, in linea di massima raggruppati in due fasi: eventi precoci e tardive. Gli eventi precoci iniziano quando HIV-1 in sequenza si lega alla superficie del recettore cellula bersaglio CD4 e una delle due co-recettori (CCR5 o CXCR4) 1. Di conseguenza, le membrane fusibile virus-cellula, e il capside virale (CA) nucleo viene rilasciato nel citoplasma 2. Il nucleo CA contiene il genomico RNA virale a singolo filamento (ssRNA) e diverse proteine, sia virali e cellulare in origine. Le proteine ​​virali CA-associati includono trascrittasi inversa (RT) e integrasi (IN), due enzimi che mediano passaggi critici durante eventi precoci nella replicazione virale. La RT ed in funzione nel contesto di complessi nucleoproteina, cioè la trascrizione inversa Complex (RTC) e il complesso di pre-integrazione (PIC), rispettivamente 3, 4, 5 <sup>, 6. Le estremità del virale ssRNA genoma porto terminale di ripetizione (R) elementi adiacenti alla unica sequenze U5 (al 5 ') e U3 (al 3'). Il RTC converte il genoma virale ssRNA in un (ds) copia di DNA a doppia elica (vDNA). Questo processo di trascrizione inversa provoca anche la duplicazione delle U5 e U3 sequenze, generando così ripetizioni terminali lunghe (LTR) ad entrambe le estremità del vDNA 7, 8. Successivamente, il IN PIC-associata catalizza due reazioni biochimiche sequenziali che consentono l'integrazione del vDNA nel cromosoma ospite 9, 10, 11. Innanzitutto, nel citoplasma, IN multimeri coinvolgere sia LTR 12 e fendere un dinucleotide da ciascuna delle estremità 3'-terminali. Questa elaborazione 3'-end genera un gruppo ossidrilico ad ogni 3'-end (CA OH) del vDNA.Avanti, PIC traffici al nucleo, in cui IN utilizza il vDNA CA OH come nucleofilo per tagliare entrambi i filamenti di DNA cromosomico in modo sfalsato. Contemporaneamente, IN giunzioni coordinatamente due estremità del vDNA ai legami fosfodiestere risultanti sui filamenti opposti del DNA cromosomico. A seguito di questa fase di trasferimento filone, il macchinario cellula ospite rimuove i due nucleotidi spaiati alle estremità 5 'del vDNA e riparazioni le conseguenti lacune singolo filamento allo svincolo del sito di integrazione. I primi eventi culminano quindi con la creazione di una copia di DNA integrato (provirus) del virus HIV-1 genoma. Il provirus fornisce un ambiente adatto per l'espressione genica virale efficiente, che avvia eventi successivi, compreso l'espressione delle proteine ​​virali codificate; assemblaggio del virus immaturo; e in erba, il rilascio e la maturazione in virioni infettivi 13.

Purificata ricombinante retrovirale IN è competente aeffettuare, in vitro, sia attività di trasformazione e di trasferimento filo 3'-end in modo esogeno forniti LTR-come il DNA substrato. Studi biochimici utilizzando tali ricombinante purificata hanno rivelato aspetti critici vDNA integrazione 14, 15, 16, 17. Tuttavia, a differenza di infezione naturale, questa reazione biochimica in vitro non supporta l'integrazione concertata di entrambe le estremità del DNA substrato nel DNA bersaglio. Al contrario, i PIC retrovirali isolate da cellule con infezione acuta concertata integrano entrambe le estremità della vDNA endogena nel DNA bersaglio eterologo. Ciò ha portato alla diffusa adozione e le successive raffinatezze di saggi in vitro Integration (IVI) I n usando isolati PIC nativi.

Nel primo saggio riportato retrovirale IVI, estratti citoplasmatici di cellule infettate con un murino ricombinanteLeukemia Virus (MLV) ospitare il gene E. coli supF nella sua LTR servito come fonte di attività IN, e il DNA di fago lambda mutante difettoso in crescita litico fu esogenamente forniti come il DNA bersaglio. Successful integrazione del ricombinante MLV DNA copia nel DNA fagico e l'espressione conseguente supF portato al ripristino della capacità di formazione di placca dei fagi ricombinanti. Tuttavia, questa strategia sperimentale è laboriosa e misure di integrazione in maniera indiretta. Per far fronte a tali avvertimenti, un test indiretto end-etichettatura Southern Blot-based, che quantifica l'attività IVI PIC-associata come misura della vDNA endogena integrato in esogeni batteriofago linearizzato phiX174 DNA, è stato sviluppato 6, 7, 18. Anche se questo metodo fornisce una misura diretta di eventi di integrazione, sono necessarie quantità relativamente elevate di preparazione PIC, che rimane tecnicamente difficilesforzo. Per aggirare questo, sono stati sviluppati test basati sulla PCR nested che richiedono solo modeste quantità di PIC 4, 5, 19.

In questo rapporto, descriviamo una versione aggiornata di un nested PCR-based metodo in vitro ideato per ricapitolare l'attività di integrazione di HIV-1 PIC-mediata che si verificano durante l'infezione naturale. Questo metodo utilizza gli estratti citoplasmatici delle cellule bersaglio HIV-1-infetti come fonte di attività PIC endogena, che viene misurata con un tempo reale Polymerase Chain Reaction quantitativa (qPCR). Le procedure per isolare PIC e misurare le loro attività di integrazione sono adattati, con modificazioni, dalla protocolli pubblicati dal laboratorio Engelman 20. In questo metodo, l'attività di integrazione PIC-associato viene avviato fornendo un target DNA esogeno lineari 21, ed i prodotti di DNA risultanti dallaquesta reazione integrazione sono purificate e utilizzato come materiale di partenza per la quantificazione successiva basata sulla PCR. Nel primo turno convenzionale PCR, le giunzioni del DNA virale bersaglio sono amplificati utilizzando primer appropriati. Nel secondo turno qPCR, primer LTR-specifici vengono utilizzati per arricchire specificamente la popolazione vDNA dal primo turno di PCR prodotti. Vedere la sezione protocollo per una descrizione dettagliata di questo metodo.

Studi in vitro con PIC retrovirali hanno portato a significativi progressi nella nostra comprensione del meccanismo di integrazione del DNA retrovirale e nello sviluppo di inibitori IN. Sulla base della recente maggiore attenzione alla mappatura di HIV-1 siti di integrazione, determinare il ruolo dei fattori virali e dell'ospite in HIV-1 integrazione e lo sviluppo di nuovi farmaci antivirali alla lotta contro la resistenza ai farmaci, prevediamo un crescente interesse e l'uso diffuso di IVI saggi , come quello descritto in questa relazione. Questo, a sua volta, porterà afuturi perfezionamenti nel metodo, diversificando in tal modo la portata delle sue applicazioni.

Protocol

1. Virus Produzione NOTA: Per generare alti titoli di contagioso dell'HIV-1, trasfezione la linea cellulare embrionale umano Rene (HEK) 293T con un contagioso dell'HIV-1 clone molecolare utilizzazione di un reagente di trasfezione dendrimeri basati attivato. È stato osservato che il metodo del calcio fosfato trasfezione produce risultati comparabili. In un laboratorio di biosicurezza di livello 2 (BSL2), semi di 3 x 10 6 293T cellule per 10 centimetri piatto di…

Representative Results

L'isolamento del virus HIV-1 PIC Uno schema del protocollo usato per l'isolamento del virus HIV-1 PIC da cellule SUP-T1 infezione acuta è illustrato in Figura 1. Questo protocollo è derivato dai metodi descritti da Engelman et al. 19, 20. HIV-1 PIC sono complessi nucleoproteici che vengono assemblati nelle cellule in…

Discussion

analisi biochimiche di PIC retrovirali hanno fornito spunti critici nel meccanismo di integrazione del DNA retrovirale. Misurazione dell'attività integrazione dei PIC retrovirali può essere ottenuto mediante saggio di placca formazione, analisi Southern blot, e nested qPCR. La strategia sperimentale del saggio di placca è laboriosa e utilizza un metodo indiretto per misurare integrazione 6, 7, 18. Southern integrazione t…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Questo lavoro è in parte sostenuto da sovvenzioni DA024558, DA30896, DA033892, e DA021471 dal NIDA / NIH su CD. Riconosciamo inoltre la concessione G12MD007586 RCMI, la Vanderbilt CTSA concedere UL1RR024975, il Meharry Translational Research Center (MeTRC) CTSA concessione U54 RR026140 dal NCRR / NIH, l'U54 concessione MD007593 dal NIMHD / NIH, e il Tennessee CFAR concessione P30 AI110527.

Materials

Fetal bovine serum (FBS)

GIBCO/Invitrogen

10437-028

Heat-inactivated Fetal bovine serum (Hi-FBS)

GIBCO/Invitrogen

10438-026

Dulbecco’s modified Eagle’s medium (DMEM)

GIBCO/Invitrogen

11995-065

Roswell Park Memorial Institute (RPMI) 1640 medium

GIBCO/Invitrogen

11875-093

Phosphate buffered saline (PBS) (1X)

GIBCO/Invitrogen

20012-027

Trypsin-EDTA (0.25%)

GIBCO/Invitrogen

25200-056

Penicillin-Streptomycin solution (100x)

Cellgro/Mediatech

30-002-CI

HEK293T cells (293T)

American Type Culture Collection (ATCC)

CRL-3216

HIV-1 proviral molecular clone pNL4-3

NIH AIDS Research and Reference Reagent Program

114

PolyFect transfection reagent

Qiagen

301107

DNase

Calbiochem/Merckmillipore

260913

Immulon 2HB 96-well plates

Thermo Scientific

3455

Triton X-100

Sigma-Aldrich

T9284

ELISA coating antibody: anti-CA-183-H12-5C monoclonal antibody

NIH AIDS Research and Reference Reagent Program

1513

ELISA wash solution (0.2% Tween-20 in PBS)

Donor bovine serum

 Gibco/Invitrogen

16030074

Blocking Buffer (5% donor bovine serum in PBS) – Prepare fresh before use.

Sample diluent (SD) buffer (10% donor bovine serum and 0.5% Triton X-100 in PBS) – Sterilize using 0.22 micron pore-size syringe filter and store aliquots at 4°C.

Recombinant p24 protein

(Full-length CA protein was expressed from pET21a-CA plasmid in E. coli BL21-DE3 and purified as described in Ref # —-)

Dr. Wesley Sundquist

HIV IgG

NIH AIDS Research and Reference Reagent Program

3957

Goat anti-human IgG (H+L) cross-adsorbed secondary antibody, HRP conjugate

Pierce/ThermoFisher

31412

TMB Microwell Peroxidase substrate system

KPL, Inc.

50-76-00

SupT1 cells

American Type Culture Collection (ATCC)

CRL-1942

HEPES pH 7.2-7.5

(ready-to-use solution)

GIBCO/Invitrogen

15630-080

Potassium chloride (KCl) solution

Sigma-Aldrich

60142

Magnesium chloride (MgCl2) solution

Sigma-Aldrich

M1028

Dithiothreitol (DTT)

Sigma-Aldrich

43815

Aprotinin

Sigma-Aldrich

A6106

Digitonin

Sigma-Aldrich

D141

RNase A

Invitrogen

12091-021

Sucrose

Sigma-Aldrich

S0389

phiX174 Replicative Form 1 DNA

Promega

D1531

PhiX174-F primer:

5’-CGCTTCCATGACGCAGAAGTT-3’

PhiX174-R primer:

5’-CACTGACCCTCAGCAATCTTA-3’

Invitrogen and/or IDT-DNA

dNTP mix

Promega

U1515

Go Taq DNA Polymerase

Promega

M3005

Qiaquick gel extraction kit

Qiagen

28706

Ultrapure distilled water

Invitrogen

10977-015

Tris-EDTA (TE) buffer (100X)

Sigma-Aldrich

T9285

Sodium dodecyl sulphate (SDS)

Sigma-Aldrich

L3771

Ethylenediamine tetraacetic acid, disodium salt (EDTA) solution, 0.5 M, pH 8.0

Sigma-Aldrich

E7889

Proteinase K (20 mg/ml ready-to-use solution)

Qiagen

19131

Phenol (equilibrated with 10 mM Tris HCl, pH 8.0 and 1 mM EDTA)

Sigma-Aldrich

P4557

Chloroform

Sigma-Aldrich

288306

Glycogen (5 mg/ml solution)

Ambion/Invitrogen

AM9510

Sodium acetate (3M, pH 5.2)

Sigma-Aldrich

57899

Ethanol

Sigma-Aldrich

E7023

First round LTR primer:

5’-GTGCGCGCTTCAGCAAG-3’)

First round phiX174 primer:

5’-CACTGACCCTCAGCAATCTTA-3’

Invitrogen and/or IDT-DNA

Second round LTR-R primer:

5’-TCTGGCTAACTAGGGAACCCA-3’

Second round LTR-U primer:

5’-CTGACTAAAAGGGTCTGAGG-3’;

Second round Taqman probe:

 5’-56– FAM/TTAAGCCTCAATAAAGCTTGC

CTTGAGTGC/36-TAMRA/-3’

Invitrogen and/or IDT-DNA

iQ Supermix

Bio-Rad

170-8862

References

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Balasubramaniam, M., Davids, B., Addai, A. B., Pandhare, J., Dash, C. Measurement of In Vitro Integration Activity of HIV-1 Preintegration Complexes. J. Vis. Exp. (120), e54581, doi:10.3791/54581 (2017).

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