الهضم يختص به نظام الغدد الصماء العصبية،فمع إفراز المخ ومراقبته للهرمونات الهضمية في فترات مختلفة طوال العملية. في المعدة،خلال المرحلة المَعِدِيةّعندما يتم الكشف عن البروتينات،تُفرز الغدد هرمونين،الغاسترين والهستامين،والتي تحفز إنتاج حمض الهيدروكلوريك وزيادة العصارة الهضمية التي تحول الطعام إلى كَيْمُوس. وصول الكيموس إلى الاِثْناعَشَرِيّينتج عنه إفراز العديد من الهرمونات،والتي توقف العملية الهضمية في المعدة وتزيد سرعة حركة الكيموس خلال بقية الجهاز الهضمي.مثلًا،البِبْتيدِالمَعِدِيّالمُثَبّطُواختصاره GIP،يبطئ مخضالمعدة. السِيكْريتين،والكُولِيسِيسْتوكِينين واختصاره CCK يحفز العضلة العاصرة بين المعدة والاثناعشري على الإنغلاق،مما يحد من تدفق الكيموس. السِيكْريتين يمنع أيضًا إنتاج العصارات الهضمية ويحفز إفراز البيكربونات من البنكرياس لتحييد حموضة الكيموس،و الـ CCK يحفز الانزيمات الهضمية من البنكرياس والصفراء من المرارة.وأخيرًا،الببتيد YY هو هرمون يفرز من اللّفائِفِيّنهاية الأمعاء الدقيقة،والقولون. إنه يبطئ حركة الكيموس في القولون بحيث يمكن امتصاص الماء والكهارل بسهولة. الببتيد YY هو أيضًا من يرسل إشارة الشبع والامتلاء إلى المخ لوقف عملية الأكل.