Denne protokollen beskriver høyoppløselig kryo-elektrontomografi ekstern datainnsamling ved hjelp av Tomo5 og påfølgende databehandling og subtomografi gjennomsnitt ved hjelp av emClarity. Apoferritin brukes som et eksempel for å illustrere detaljerte trinnvise prosesser for å oppnå en kryo-ET-struktur ved 2,86 Å oppløsning.