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非正規の開いたリーディング ・ フレームから翻訳された蛋白質を発表する OpenProt データベースを利用した質量分析を用いたプロテオミクス解析
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JoVE 신문 유전학
Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames
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非正規の開いたリーディング ・ フレームから翻訳された蛋白質を発表する OpenProt データベースを利用した質量分析を用いたプロテオミクス解析

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07:38 min

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April 11, 2019

DOI:

10.3791/59589-v

DOI:
10.3791/59589-v

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07:38 min
April 11, 2019

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1Department of Biochemistry,Université de Sherbrooke, 2PROTEO,Quebec Network for Research on Protein Function, Structure, and Engineering

Summary

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OpenProt は、真核生物ゲノムのコードするモデルを適用自由にアクセス可能なデータベースです。ここで、質量データセットを問い合わせるときの OpenProt データベースを使用するためのプロトコルを紹介します。プロテオーム解析のためのデータベース OpenProt を使用して小説や以前検出できないタンパク質の探索できます。

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Brunet, M. A., Roucou, X. Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames. J. Vis. Exp. (146), e59589, doi:10.3791/59589 (2019).

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