Здесь мы описываем в situ гибридизация assay который позволяет чувствительной и конкретных обнаружения последовательностей как короче 50 нуклеотидов с единого нуклеотидом резолюции на уровне одной ячейки. Анализа, который может выполняться автоматически или вручную, можно включить визуализация сращивания варианты, коротких последовательностей и мутации в контексте ткани.