Summary

1分子研究のためのデュアル光ピンセットとマイクロ流体工学の使用

Published: November 18, 2022
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Summary

マイクロ流体チャンバーを介して研究される視覚的な単一分子生化学は、ガラスバレル、気密シリンジ、チューブとフローセルへのチューブの安定した接続、およびシリンジとチューブの間に切り替えバルブを配置することによる気泡の除去を使用して大幅に促進されます。このプロトコルは、DNAトランザクションと分子間相互作用の視覚化を可能にするデュアルオプティカルトラップを記述します。

Abstract

視覚生化学は、バルク相研究で行われる平均化では不明瞭な単一酵素または酵素複合体の確率的特性を観察するための強力な手法です。視覚化を実現するために、一方のトラップが固定され、もう一方のトラップが可動であるデュアル光学ピンセットが、倒立蛍光顕微鏡のステージ上に配置されたマルチストリームマイクロ流体チャンバーの1つのチャネルに焦点を合わせられます。光ピンセットは、蛍光標識されたDNAの単一分子をトラップし、チャンバー内を流れてトラップされたビーズを通過し、DNAをB型(最小の力、つまり0 pN)に伸ばし、核酸は黒い背景に対して白いひもとして観察されます。DNA分子は、段階を流れに垂直に変換して、制御された方法で反応を開始できるようにすることで、ある流れから次の流れに移動します。成功を達成するために、光学的に透明なチャネルを備えたマイクロ流体デバイスは、シリンジポンプの所定の位置に保持されたガラスシリンジと嵌合されます。最適な結果を得るには、フローセルに恒久的に接着されたコネクタ、機械的に剛性があり耐薬品性があり、層流を妨げる気泡を除去するスイッチングバルブに接続されたチューブを使用します。

Introduction

タンパク質とDNAの相互作用を1分子レベルかつリアルタイムで可視化できることは、ゲノムの安定性に関する重要な洞察を提供しました1,2。DNAの単一分子を一度に1つずつ扱うことに加えて、近くの個々の分子間のトランザクションを表示する機能は、追加の洞察を提供します3,4,5。追加のDNA分子の操作には、追加の光学トラップと、高品質のマルチチャネルマイクロ流体フローセルの両方が必要です6

複数の光トラップを生成するには、いくつかの方法があります。これらには、検流計走査ミラー、音響光学変調器、および回折光学系が含まれ、ホログラフィック光ピンセット4789を生成します。多くの場合、走査ミラーと音響光学変調器は、タイムシェアするトラップを生成します。ここで説明するセットアップでは、単一のNd:YAGレーザーのビームが偏光で分割され、ガルバノメーターレーザースキャニングミラーがモバイルトラップと呼ばれる位置を制御します(図1)4。トラップビームを顕微鏡対物レンズの背面開口部に向けるためのミラーとフィルターの位置決めを容易にするために、HeNeレーザーが使用されます。これにより、HeNeビームは肉眼で見えるのに対し、赤外線ビームは見えないため、全体的な位置合わせが容易になります。HeNeビームは、ミラーやその他のコンポーネントの位置決めのストレスを軽減するためにもより安全です。最初は、このレーザーのビームパスは1064 nmビームから分離されていますが、同じビームパスに導入され、次に顕微鏡対物レンズに導入されます。物理的な位置合わせが達成されると、HeNeビームの上に1064nmビームを配置し、赤外線ビューアとさまざまなビームイメージングツールを使用してビームの位置と品質を視覚化することで、これが容易になります。次に、ビームエキスパンダーが導入され、結果として生じる拡張された赤外線ビームが対物レンズの背面開口部に位置合わせされます。最後に、対物レンズを取り除き、各偏光ビームのパワーを測定し、λ/2波長板を使用して等しくなるように調整します(図1C)。電力測定は、目標が返されると実行され、通常、53%の電力損失が発生します。ただし、焦点面に安定した固定および移動する光学トラップを形成するのに十分な電力があります(図1D)。

DNAトランザクションを画像化するために、マイクロ流体フローセルは、高い空間分解能と時間分解能で単一分子レベルでの制御された測定を可能にするため、重要な役割を果たします(図2)。マイクロ流体という用語は、5〜500μm10,11の範囲の寸法を有する1つ以上のチャネル内の流体を操作する能力を指す。ストリームという用語は、チャネル内の実際の流体を指し、チャネルは、流体ストリームが移動する物理チャネルを指します。シングルチャンネルフローセル設計には、反応が観察される共通の物理チャネルがあり、通常は流体の流れが1つだけ存在します。したがって、これらの設計はシングルストリームフローセルとして知られています。対照的に、マルチストリームフローセルは、2つ以上の入口チャネルが単一の共通の物理チャネルに収束するマイクロ流体デバイスとして定義されます(図2A)。共通チャネル内では、個々のチャネルから発生する流体の流れは互いに平行に流れ、拡散によって発生するそれらの間の混合を最小限に抑えて分離されたままになります(図2B)。ほとんどの実験セットアップでは、1つのポンプが同じ速度で流体を各チャネルに押し込みます。対照的に、バウンダリーステアリングを使用する場合、3つ以上の独立して制御されたポンプが流体をチャネルに押し込みます。ただし、各ポンプは異なる速度で動作しますが、共通チャネルの正味流量は一定12です。これにより、ポンプ速度を変更するだけで、メインチャネルコンポーネントの迅速な交換が可能になります。

層流に加えて、別の重要な要素は、層流内の放物線速度プロファイルです。最も高い流速は流れの中央で発生し、最も遅い流速はサーフェスの隣で発生します(図2C)13。このプロファイルは、蛍光DNAの正確な可視化と正確な単一分子分析のために、ストリームに保持されたビーズに付着したDNA分子を完全に引き伸ばすために考慮する必要があります。ここでは、DNAはB型に伸張され、0pNの力で所定の位置に保持されます。これを実現するには、光学トラップ位置の焦点を底部カバースリップ面から10〜20μmの位置に配置する必要があります(図2D)。DNA分子がB型を超えて引き伸ばされないように注意する必要があります これは酵素反応を阻害する可能性があるためです。一般的なバッファー条件下では、1 μm = 3,000 bp の DNA14 です。さらに、カバーガラスから10〜20μmをトラップすることにより、DNA複合体は表面から遠くに配置され、それによって表面相互作用が最小限に抑えられます。

マイクロ流体デバイスチャネルを作成するために多くの方法が使用されており、これらは実験室で行うことができ、またはフローセルは市販の供給源から購入することができる6151617フローセルの構築に使用される最適な材料は、機械的に剛性があり、光学的に透明で蛍光が低く、有機溶媒を通さないものでなければなりません6。多くの場合、ホウケイ酸フロートガラスまたは溶融シリカは、光学トラップ、視覚化、および力検出に適した安定した流動環境を長時間提供するために使用されます。これらの材料はまた、表面の濡れと気泡の除去を簡素化するための非水溶媒(例えば、分光光度グレードのメタノール)、およびフローセルを洗浄するための変性剤(例えば、6M塩酸グアニジニウム)または洗剤の使用を可能にする。最後に、フローセルに流体を導入するために使用される方法は、複雑な真空ポンプシステムからシングルシリンジポンプ14、181920、21、22、23、24252627までさまざまです。ここで説明するアプローチでは、最大10本のシリンジを収容できるシリンジポンプが使用されます(図3A)。これにより、単一チャネルのフローセルまたは複数の入口チャネルを持つフローセルを柔軟に使用できます。ここでは、3チャンネルフローセルを使用し、ポリエーテルエーテルケトン(PEEK)チューブを使用してシリンジポンプの所定の位置に保持されたシリンジに嵌合します(図3A-C)。流体の流れは4方向切換弁によって制御されるため、フローセルへの気泡の導入を最小限に抑えるのに役立ちます(図3A、D)。さらに、硬いガラス壁とポリテトラフルオロエチレン(PTFE)コーティングされたプランジャーを備えたハミルトンの気密シリンジは、スムーズな流れを得るために不可欠な非常に滑らかなプランジャーの動きを提供するため、推奨されます14,27

記載された実験系では、2〜5個の入口チャネルを有するフローセルが使用されてきた。入口チャネルの数は、実行されている実験によって決まります。RecBCDとHop2-Mnd1の研究では、2つのストリームチャネルで十分でした14,28。ヘリカーゼの場合、酵素はDNAの自由末端に結合し、マグネシウムとATPを含むストリームに翻訳されて、転座と巻き戻しを開始しました。Hop2-Mnd1の場合、光学的にトラップされたDNAは、タンパク質および緩衝液±二価金属イオンを含む隣接する流体流に翻訳されました。3チャンネルフローセルを使用すると、ストリーム1にDNAをトラップし、DNAをストリーム2に翻訳してタンパク質結合を起こし、次にATPが存在するストリーム3に移動して、たとえば反応を開始することができます。上記のバリエーションは、チャネル2で蛍光タグ付きタンパク質を使用することであり、その結果、流体の流れは完全に白色になり、DNAの視覚化が妨げられます。この分子がストリーム3に翻訳されると、反応が開始されたときにタンパク質とDNAの両方が見えるようになります。

流体の流れを制御するための4方向スイッチングバルブの使用は、フローセル内の気泡を除去するためのシステムの重要なコンポーネントです。気泡は予測できない方法で収縮および膨張し、流速の急激な変化と乱流の導入をもたらすため、安定した流体の流れに悪影響を及ぼします。シリンジとインレットチューブの間にバルブを配置すると、シリンジ交換時にバルブ位置を切り替えることで流路が切断されます。新しいシリンジが設置されたら、プランジャーを手動で押し下げて、>6μL(バルブのデッドボリューム)を排出し、気泡をほぼ完全に除去することができます。

フローセルへのコネクタの取り付けは、フローセルの使用における律速ステップであることがよくあります。圧入と呼ばれる取り外し可能なコネクタと恒久的なもの(ナノポートアセンブリ)の2種類のコネクタの使用について説明します。取り外し可能なコネクタはフローセルに簡単に接着でき、推奨されるPTFEに加えて、さまざまなタイプのフレキシブルチューブをこれらのコネクタでテストできます。これは、より高価なガラスフローセルを犠牲にすることなく、チューブとコネクタをテストするための迅速かつ費用効果の高い方法です。対照的に、ナノポートアセンブリは恒久的に取り付けられ、最大1,000psiの圧力に耐え、私たちの手では、それらの使用は異なる直径のPEEKチューブに制限されています。これは、PEEKチューブが好ましく使用されるため、不利ではありません。恒久的なアセンブリが取り付けられた単一のガラスフローセルは、慎重に使用することで1年以上再利用できます。

Protocol

1.ポリスチレンビーズによるレーザートラップの位置合わせとテスト メモ: セットアップについては、 図1A、Bを参照してください。 注意: 実験者は、レーザービームの位置合わせ中に適切な保護眼鏡またはレーザー安全メガネを着用する必要があります。本明細書で説明する光ピンセットシステムはHeNe?…

Representative Results

トラップの位置合わせと強度の初期テストは、1 μmの非蛍光ポリスチレンビーズで行われます。実験室で行われる研究のほとんどは蛍光を使用しているため、1μmのドラゴングリーンポリスチレンビーズを使用してトラップ強度をさらにテストします(図1D、E)。その後、DNAをビスインターカレート色素YOYO-1で染色するDNAビーズ複合体の光学トラップに変わりま…

Discussion

フローシステムの慎重な組み立ては、実験4,6の成功結果にとって重要です。プロトコルの最も困難な側面の1つは、ガラス表面へのコネクタの取り付けです。このために、圧入チューブコネクタとナノポートアセンブリの2つのアプローチを使用します。圧入コネクタはガラスに容易に接着し、鉗子を使用してPTFEチューブを事前に形成された穴に押?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

ビアンコ研究所での研究は、NIHがGM100156およびGM144414をPRBに付与することによってサポートされています。

Materials

100x objective Leica 506318 or 506038 Oil immersion lenses; Imaging and optical trapping only; Plan APO objectives optimized for fluorescence imaging
10X Objective Leica 506263 Used to locate laser beams spots during alignment; to find focus and X-Y position in flow cell
1 mm fluorescent beads Bangs Labs FSDG004 Used for tap performance, focal position determination
1 mm polystyrene beads Bangs Labs CPO1004 Used for trap performance evaluation and binding to biotinylated molecules
63x objective Leica 506081 Used to locate laser beams spots during alignment and to find focus and X-y position in flow cell; can be used for optical trapping as it has an identical back aperture diameter to the 100X; oil immersion lens
Alignment laser Lumentum 1100 series 10mW HeNe laser that is visible to the naked eye that is used to position optics
Beam alignment camera Amscope MU303 A simple, inexpensive and software controlled camera for imaging of the beam position
Camera control and Image capture software Hamamatsu HCImage Coordinates activities of the Lambda DG4 with the camera to facilitate rapid wavelength switching
Camera; Orca flash 4 Hamamatsu c13440-20cu CCD camera for imaging of single-molecule experiments
C-mount for the beam alignment camera Spot imaging solutions DE50CMT Provides optimal positioning of the camera for imaging of laser beams during alignment
C-mount for the Orca Flash 4 camera Has a retainer ring to hold an IR blocking filter in place. This eliminates reflected IR beam from the optical traps and facilitates clearer imaging of trapped objects.
Cy5  fluorescence filter cube Semrock cy5-404a-lsc-zero Used in conjunction with Lambda DG4 to image Cy5 only
Fitc-Txred  fluorescence filter cube Semrock fitc/txred-2x-b-000 Used in conjunction with Lambda DG4 to image FITC and TXRed
Fluidics tubing Grace Bio 46004 PTFE tubing as an alternate to PEEK; works well on some flow cells. Can be used with PDMS flow cells or glass flow cells when Grace Bio fit tubing connectors are used
GFP fluorescence filter cube Semrock gfp-3035b-lsc-zero Used in conjunction with Lambda DG4 to image GFP only
Glass flow cells Translume Custom Clear flow channels for imaging (Fig. 2E)
Glass glue Loctite 233841 Securely and easily bonds Nanoport assemblies to glass flow cells
Glass/PDMS sandwich flow cells CIDRA Precision services Custom design Flow cells built according to your specifications; imaging channels are clear (Fig. 2C)
Hamilton Cleaning solution Hamilton 18311 Gentle but efficient cleaning solution for glass flow cells; does not bubble when used carefully
Illumination system Sutter Instrument Lamda DG4 Discontinued so recommend Lambda 721
Illumination system Sutter Instrument Lamda DG4 Discontinued so recommend Lambda 721
Image analysis software Media cybernetics Image Pro Premiere Analysis of images and single molecule tracking
Image analysis software Fiji/NIH Image/Image J Shareware Analysis of images and single molecule tracking
Image display card Melles Griot 06 DLA 001 Alternate product from Thorlabs: VRC5
Immersion oil Zeiss 444960 Immersol 518 F fluorescence free
Laser beam alignment tools Thor labs FMP05/M; dgo5-1500-h1; BHM1  Used to ensure beams are horizontal and at the correct height
Laser beam viewer Canadian Photonics labs IR 3150 Used to image IR beam spots on mirrors and  targets
Laser power meter Thor labs Measurement of laser output as well as trap strength
Laser safety glasses (HeNe) Thor labs LG7 or 8 Blocks >3 OD units of light of wavelengths >600 nm
Laser safety glasses (IR) Thor labs LG11 Blocks >7 OD units of light of wavelengths ³1000 nm
Mcherry  fluorescence filter cube Semrock mcherry-a-lsc-zero Used in conjunction with Lambda DG4 to image mcherry only
Microscope Leica DMIRE2 DIC port removed to accommodate Dichroic trapping/alignment mirror
Microscope control software  UCSF/shareware uManager Controls the microscope, permits focal alignment of objectives as well as stage control
Nanoport assembly IDEX N333 Connectors that are bonded to flow cells
Optical table support Thor Labs PA52502 Active isolation table support
Optics and lenses Solar TII Various Interference mirrors, telescopes and lenses custom designed for the system
PDMS flow cells ufluidix Custom Flow cells built according to your specifications; imaging channels are clear (Figs. 2B and D)
PEEK tubing IDEX 1532 Provides excellent connection to flow cells and switching valves
Pinkel fluorescence filter cube Semrock lf488/543/635-3x-a-000 Used in conjunction with Lambda DG4 to image multiple fluorophores rapidly
Press fit tubing connectors GraceBio 46003 Clear silicone connector with adhesive that binds well to glass
Scanning mirrors GSI Lumonics VM500 Used to provide control of the second optical trap. GSI Lumonics no longer exists. Similar mirrors can be purchased from Cambridge Scientific
Stage Leica
Stage micrometer Electron Microscopy Sciences 68042-08 Provides on screen ruler for positioning of the beam and system calibration
Switching valves IDEX V-101T Control direction of fluid flow and eliminate introduction of bubbles into flow cells
Syringe and valve manifold Machine shop None Custom built
Syringe pump Harvard Apparatus PHD 2000 Controls fluid flow through flow cells
Syringe pump software Harvard Apparatus 70-6000 Flow control provides seamless, programmable control of fluid flow
Syringes Hamilton 81320 Gas-tight, PTFE Luer Lock, glass barrels with Teflon-coated plungers
Table top Thor Labs T36H Optical table top or breadboard
Trapping laser Newport/Spectra Physics J-series; BL106C Nd:YAG laser; 1064 nm; 5W laser

References

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Cite This Article
Bianco, P. R. Use of Dual Optical Tweezers and Microfluidics for Single-Molecule Studies. J. Vis. Exp. (189), e64023, doi:10.3791/64023 (2022).

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