Неокортекс млекопитающих состоит из большого числа типов клеток, каждый с картин выражения определенного гена, электрофизиологических и биохимических свойств, синаптических связей, и в естественных условиях функции^{1,2 ,3,4,5,6,7}. Ли эти типы клеток организованы неоднократные структуры был неясным. Корковых столбцы, включая столбцы визуальные ориентации и соматосенсорные бочки, повторили структур, но их клеточной Организации остается неясным^8,9. Они присутствуют в конкретных областях, коры и не мозг всей системы.

В слое 5 кортикальное значительное большинство нейронов, подразделяются на четыре основных типа. Основной тип возбуждающих нейронов, югу мозгового проекции нейронов, проекты аксоны подкорковых целей, включая Понс, спинного мозга и четверохолмия и, таким образом, представляет основные корковые выходной путь¹⁰. Проекции корковых нейронов, другой основной тип возбуждающих нейронов, иннервируют коры¹⁰. Ингибирующих нейронов также содержит два основных класса: выражая Парвальбумин и соматостатина выражая клетки¹¹.

Недавние анализы показывают, что типы четыре ячейки организованы в неоднократных структуры^12,,1314. Югу мозгового проекции нейронов^12,13,14 и корковые проекции нейронов¹⁴ организовать в конкретных microcolumns тип ячейки диаметром 1 – 2 клетки. Парвальбумин выражая и соматостатина выражая клетки выровнять специально с microcolumns югу мозгового проекции нейронов, но не с microcolumns проекции корковых нейронов¹⁴. Microcolumns, сами периодически выровнять форма шестиугольная решетка массива¹⁴ и присутствуют в нескольких корковых областях, включая визуальные и соматосенсорные мотор районы мыши мозга^12,14 и на языке области человеческого мозга¹³. Нейронов в отдельных microcolumn выставку синхронизированной активности и имеют аналогичные сенсорные ответы¹⁴. Эти наблюдения показывают, что слой 5 типов клеток организовать в структуру решетки microcolumn, представляющий первый известный мозг всей Организации повторения функциональных модулей.

Microcolumns имеют радиус около 10 мкм и пространственной периодичности приблизительно 40 мкм. Кроме того параллельно с их апикальных дендритов и изменения в зависимости от их позиции в коре¹⁴ориентации microcolumns. Таким образом система microcolumn трудно анализировать с помощью обычных корковых ломтики с типичной толщиной в несколько десятков микрометров. Кроме того анализ периодичности требует трехмерных данных от широкий спектр областей мозга и, следовательно, типичный визуализации области конфокальной микроскопии или в естественных условиях 2-фотонных изображений является слишком узким.

Недавно были разработаны методы для очистки толстые ткани^15,16. Здесь мы описываем применение этих методов для получения типов основных клеток мыши кортикальное слоя 5 крупномасштабных, трехмерные изображения, которые составляют систему microcolumn. Subcerebral проекции нейронов помечены путем ретроградного маркировки или выражение расширенной Зеленый флуоресцирующий белок в Панамакс egfp трансгенных мышей¹²и корковые проекции, которые нейронами помечены путем ретроградного маркировки или выражением tdTomato в Tlx3–cre/Ai9 мышей¹⁷. Парвальбумин выражая и соматостатина выражая клетки помечены, иммуногистохимия. Метод (антитела шкалы S) AbScale¹⁸ используется для антитело пятная экспериментов, в то время как для других экспериментов используется метод SeeDB (см. глубокие мозга)¹⁹ . Эти методы преодоления вышеуказанных трудностей обычных методов обработки изображений и выявить точные клеточной организации слой 5¹⁴.