Summary

Detecção altamente sensível e quantitativa de proteínas e suas isoformas pelo método isoeléctrica capilar

Published: September 19, 2018
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Summary

Isoeléctrica capilar é uma técnica baseada em anticorpos, ultra-sensível, alta taxa de transferência, permitindo a caracterização detalhada de proteínas e suas isoformas das amostras biológicas extremamente pequenas. A seguir descreve um protocolo para a detecção e quantificação de proteínas específicas e suas isoformas de forma automatizada e robotizada.

Abstract

Immunoblotting tornou-se uma técnica de rotina em muitos laboratórios para caracterização de proteínas de amostras biológicas. O protocolo seguinte fornece uma estratégia alternativa, capilar isoeléctrico de focagem (cIEF), com muitas vantagens em relação ao convencional immunoblotting. Este é um método baseado em anticorpos, automatizado, rápido e quantitativo, em que um procedimento completo de mancha ocidental ocorre dentro de um capilar ultrafino. Esta técnica não exigem um gel para transferir a uma membrana, remoção de manchas, ou filmes, que são geralmente necessários para immunoblotting convencional de raios-x. Aqui, as proteínas são separadas de acordo com sua carga (ponto isoelétrico; pI), usando menos do que um microlitro (400 nL) de lisado de proteína total. Após a electroforese, proteínas são imobilizadas nas paredes capilares por tratamento com luz ultravioleta, seguido pelo primário e secundário (peroxidase de rábano (HRP) conjugado) reforçada de incubação do anticorpo, cuja ligação é detectada através de quimioluminescência (ECL), gerando um sinal luminoso que pode ser capturado e gravado por uma câmera do dispositivo de carga acoplada (CCD). A imagem digital pode ser analisada e quantificado (área do pico) utilizando o software. Este procedimento de alta taxa de transferência pode manipular 96 amostras de cada vez; é altamente sensível, com deteção de proteína na faixa de picograma; e produz resultados altamente reprodutível devido à automação. Todos estes aspectos são extremamente valiosos, quando a quantidade de amostras (por exemplo, amostras de tecidos e biópsias) é um fator limitante. A técnica tem aplicações mais amplas, incluindo rastreio de drogas ou anticorpos, descoberta de biomarker e fins de diagnóstico.

Introduction

Focalização isoelétrica capilar (cIEF) é um imunoensaio automatizado, baseado em capilar que resolve as proteínas com base em sua carga1,2,3. É altamente reprodutível e capaz de resolver proteínas e suas isoformas post-translationally modificadas rapidamente e quantitativamente. Apresenta uma alternativa aos métodos convencionais, como mancha ocidental. Enquanto mancha ocidental é muito bom para confirmar a presença de proteínas abundantes nas amostras prontamente acessíveis; variabilidade, consumo de tempo e quantificação exacta todos os presentes desafios, nomeadamente aquando da análise de amostras de tecidos biológicos. De fato, a variabilidade é um problema inerente na mancha ocidental, pois há várias etapas envolvidas, tais como carregamento e execução de geles de SDS-PAGE, transferência de proteínas na membrana, incubação com vários reagentes (EG., primário e secundário anticorpos, ECL) e desenvolvimento para filme de raio-x4. Atualmente, a técnica de mancha ocidental está melhorando com a implementação de gravação digital de sinais quimioluminescente (Western digital). Recentemente, um sistema automatizado de mancha ocidental foi desenvolvido, nomeadamente o capilar ocidental, que é um sistema mais mãos-livres e sem gel. O ensaio inteiro é automático após o carregamento de um prato de amostras (amostras com todos os reagentes necessários) para o sistema de3,4. O instrumento irá executar todas as etapas, tais como a separação de proteínas, imobilização de proteínas na parede capilar, a incubação do anticorpo, lava entre diferentes etapas e desenvolvimento e quantificação dos sinais de quimioluminescência. Assim, o procedimento de cIEF aqui apresentado fornece maior resolução e sensibilidade.

Este método é sensível, como os sinais podem ser gerados e quantificados de picogramas de proteínas1. A elevada sensibilidade com excelente reprodutibilidade torna esta tecnologia muito útil para a análise de amostras clínicas. Ele pode detectar bem como distinguir post translacional modificação (por exemplo, proteína fosforilada diferentes isoformas) de proteínas. Esta tecnologia tem sido usada com sucesso para dissecar diferentes sinalização percursos4,5 em estudos clínicos, com o objetivo de desenvolver novas terapêuticas em câncer3, e tem grande potencial para a descoberta de biomarcadores e drogas de proteína .

Protocol

1. cultura, estimulação e Lysis da pilha Nota: Este método pode ser usado com muitos tipos de células. Para ilustrar o método, é descrito um exemplo usando células endoteliais da veia umbilical humana (HX). Cultura HX na gelatina-revestido, os pratos de Petri de 10 cm em meio basal de células endoteliais com suplementação adequada (consulte Tabela de materiais) e também contendo 5% FCS, fator de crescimento epidérmico (5 ng/mL), fator de crescimento vascu…

Representative Results

Design de um novo ensaio: Um layout de placa de ensaio é mostrado na figura 1A. Màxima, 96 poços podem ser usados na placa de 384 em blocos de 12 poços para cada condição (anticorpo). Cada bloco de 12 poços pode começar na A1-A12 ou A13-A24. Linhas de código de cores permitem distinguir amostras ou reagentes de um para o outro. No modelo de ensaio (figura 1B), as informações pertinentes para que pode s…

Discussion

Sensibilidade e resolução de proteínas são cruciais para a investigação de proteomic em amostras biológicas. Há grande valor em ser capaz de detectar as proteínas que estão presentes em quantidades nas células. cIEF pode oferecer melhorou a sensibilidade e resolução para a detecção de proteínas e suas isoformas4.

Esta tecnologia tem sido usada com sucesso em muitos proteomic pesquisa relatórios5,6</su…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

O autor agradece Prof Lena Claesson-galês, Universidade de Uppsala, na Suécia, o seu apoio para o desenvolvimento deste projeto. Além disso, o autor agradece Ross Smith e Lena Claesson-galês, Universidade de Uppsala por sua leitura crítica e sugestões para melhorar o manuscrito.

Materials

NanoPro 1000 ProteinSimple
Premix G2, pH 5–8 (nested) separation gradient, pH 2–4 plug ProteinSimple 040-972 Ampholyte premix
DMSO inhibitor mix ProteinSimple 040-510 Phosphatase inhibitors; for cIEF 1:50 dilution used
Aqueous Inhibitor Mix ProteinSimple 040-482 Protease inhibitor; for cIEF 1:25 dilution used
pI standard ladder 3 ProteinSimple 040-646 For cIEF 1:60 dilution used
Sample diluent ProteinSimple 040-649
Antibody diluent  ProteinSimple 040-309
Wash concentrate ProteinSimple 041-108
Anolyte Refill ProteinSimple 040-337
Catholyte Refill ProteinSimple 040-338
Peroxide XDR ProteinSimple 041-084
Luminol ProteinSimple 040-652
Bicine/CHAPS Lysis Buffer ProteinSimple 040-764
Capillaries-Charge Separation (1 pack) for  ProteinSimple CBS700
Assay Plate/Lid Kit ProteinSimple 040-663
Peroxidase-AffiniPure Donkey Anti-Rabbit IgG (H+L)  Jackson ImmunoResearch  711-035-152 For cIEF used (1: 300)
Peroxidase-AffiniPure Donkey Anti-Mouse IgG (H+L)  Jackson ImmunoResearch  715-035-150 For cIEF used (1: 300)
Phospho-Erk 1/2 Primary Antibody Cell Signaling 9101 For cIEF used (1: 50)
Pan Erk Primary Antibody Cell Signaling 9102 For cIEF used (1: 100)
Compass software ProteinSimple
HUVEC ATCC PCS-100-010
MV2 (EBM-2) PromoCell  C-22221 Endothelia cell basal medium
Endothelial Cell Growth Medium MV2 SupplementPack PromoCell C-39221 Supplementation to MV2 above
VEGFA PeproTech 100-20
Long R3 IGF Sigma-Aldrich 85580C/I1146 Insulin-like growth factor
Bioruptor (Sonicator) Diagenode B01020001
BCA Protein Assay kit  Thermo Fischer Scientific 23225
NuPAGE 4-12% Bis-Tris Protein Gels Thermo Fischer Scientific NP0322BOX
NuPAG MOPS SDS Running Buffer (20X) Thermo Fischer Scientific NP0001
NuPAGE Transfer Buffer (20X) Thermo Fischer Scientific NP0006
Immobilon PVDF membrane Millipore IPVH00010
Microfuge tube vortexer
Centrifuge
Microtiter plate adapter for centrifuge
Pipettors 
Tips
Ice

References

  1. O’Neill, R. A., et al. Isoelectric focusing technology quantifies protein signaling in 25 cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 103 (44), 16153-16158 (2006).
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Cite This Article
Padhan, N. Highly Sensitive and Quantitative Detection of Proteins and Their Isoforms by Capillary Isoelectric Focusing Method. J. Vis. Exp. (139), e56794, doi:10.3791/56794 (2018).

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