Her beskriver protokollen hvordan man utfører dobbeltmerking av immunfluorescens ved hjelp av primære antistoffer oppdratt i samme art for å studere vertspatogeninteraksjoner. Det kan også inkludere det tredje antistoffet fra en annen vert i denne protokollen. Denne tilnærmingen kan gjøres i hvilken som helst celletype og patogener.