Спектрометрия подвижности ионов (IMS) является интересным дополнением к масс-спектрометрии для характеристики биомолекул, особенно потому, что она чувствительна к изомерии. Этот протокол описывает тандемный эксперимент IMS (IMS/IMS), который позволяет выделить молекулу и генерировать профили подвижности ее фрагментов.