Summary

エクソソームおよび人間の血液からの分離を最適化するためにタンパク質の消化が、限外濾過、サイズ排除クロマトグラフィー

Published: April 13, 2018
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Summary

ここでは、プラズマと非 exosomal 血蛋白質の減らされた共同浄化と血清の両方からエクソソームを浄化するためのプロトコルを提案する.最適化されたプロトコルには、限外ろ過には、プロテアーゼ処理, サイズ排除クロマトグラフィーが含まれます。小胞とプロテオーム解析のより正確な定量化を含むエクソソーム利点下流解析の強化された浄化。

Abstract

エクソソーム、nanovesicle すべての細胞型からリリースの種類は、任意の体液から分離できます。などのタンパク質と Rna、エクソソームの内容は、そこから派生し、病の指標として使用することができます細胞に固有です。遠心を含む、いくつかの一般的な濃縮プロトコルは、可溶性蛋白質の汚染物を積んだエクソソームを得られます。具体的には、我々 を発見した血液内の最も豊富な蛋白質はしばしば共同エクソソームの浄化し、下流プロテオーム研究を混同することができます低豊富なバイオ マーカー候補の同定を阻止します。更なる懸念エキソソーム タンパク質定量非 exosomal タンパク質レベルの矛盾した表現のための irreproducibility です。エキソソーム精製プロセスに厳しさを追加するエクソソームと共に共同浄化非 exosomal 蛋白質を削除するここで詳細なプロトコルが開発されました。5 つのメソッドは、ペアの血血しょうおよび 5 つのドナーからの血清を使用して比較しました。トラッキング解析とマイクロ ビシンコニン酸蛋白質の試金ナノ粒子を用いた解析では、限外ろ過とサイズ排除クロマトグラフィーを利用した複合的なプロトコルが最適な小胞の濃縮と可溶性タンパク質を除去をもたらしたことを明らかにしました。西部にしみが付くことは、予想される豊富な血蛋白質、アルブミンやアポ蛋白などが枯渇したことを確認する使用されました。

Introduction

エクソソームは nanovesicles (30 サイズに至るまで 150 nm nm) 細胞間コミュニケーションを促進する1,2を処理する人間の体のほぼすべてのセルが発表しました。興味深いことに、エクソソームの組成は、起源の細胞だけでなく、個々 の3,45の状態に応じて変更します。また、エクソソームから取得できるいくつかの生物学的流体など: 唾液、尿、血2。これらの機能によりエクソソームは病のバイオ マーカーの良い情報源と見なされます。残念ながら、エクソソームの隔離のための標準的な方法はありません。いくつかの研究所では、多段遠心、エキソソーム分離法のゴールド スタンダードとしての密度勾配を使用して 100,000 × g で最後の高速ステップを検討してください。しかし、最近の研究はその遠心水溶性タンパク質とエクソソームとエキソソーム整合性、どちらが下位アプリケーション6,7 を妨げる可能性がありますに影響を与えるだけでなく、他のエクソソームの凝集を誘導する示されています。.エキソソーム分離の他の一般的な方法に限定されない: 商業ポリエチレング リコール (PEG) 沈殿物ベースの試薬、遠心限外濾過法、サイズ排除クロマトグラフィー (SEC)。ポリエチレング リコール (PEG) 高分子を用いた市販の試薬に沈殿し、ペレットを形成させることによりエクソソームを豊か。このポリマーを使用して制限は、残留ペグ ポリマーと最終製品に可溶性の非 exosomal 蛋白質の豊富な汚染です。限外濾過を利用して浄化し、セルロース膜を使用して小胞を集中する遠心分離小さい不純物や他のタンパク質が膜78を通過中、エクソソームはフィルター上保持されます。他の方法と同様遠心限外濾過法非 exosomal 蛋白質、タンパク質凝集体などの高レベルの保持のためエクソソームを浄化するために限られた能力があります。最後に、SEC の浄化は、サイズによって分子を分離するのに多孔質樹脂を使用します。SEC は有望な結果を示している汚染タンパク質の大部分をキャプチャして以来、分離のに基づいて重力または低圧システム7、exosomal の整合性を維持する他の方法で直面している問題のほとんどを克服します。 9。ただし、秒の中に大きいタンパク質凝集体とリポタンパク質10の共同分離最終エキソソーム準備の純度に影響します。エキソソーム浄化のみプラズマ9,11やプラズマ7、細胞培養上清からのいくつかのメソッドがテストされている間血を直接比較するメソッドのパフォーマンスに関する情報がないです。プラズマと同じ個人からの血清。

ここでは、様々 な小胞濃縮技術はプラズマと血清の翻訳可能なかどうかを決定するためのワークフローを比較することによって血中エクソソームの浄化に着目します。ナノ粒子追跡分析および西部のしみは、最終製品におけるエキソソーム濃度、純度、およびタンパク質組成の違いを定量化する使用されました。最後のメソッドは、このプロトコルの詳細は小胞の数の増加し、非 exosomal 蛋白質のレベルを減らします。重要なは、一般的な共同沈降蛋白質アルブミンやアポ蛋白などの大幅な削減が示されています。血と、彼ら共同浄化エクソソームと原因矛盾下流解析の傾斜「浄化」のサンプル周波数でこれら 2 つのタンパク質の高い豊富。このプロトコルを含む市販秒樹脂;樹脂多孔質ビーズ 700 kDa より小さい蛋白質がビーズを入力することができますで構成されます。一度中、蛋白質は octylamine リガンドによって保持されます。溶出液はエクソソームと 700 kDa12よりも大きい分子から成る。また、タンパク質凝集体とビーズのトラップを回避するとアポリポタンパクを減らすために、我々 はワークフローのプロテアーゼ消化手順を含めます。現在がない単一の技術共同浄化非 exosomal 蛋白質を削減しながらエキソソーム収量を最大化することができます。本研究を示しますエキソソーム収量および血清および血漿から純度を高めるため複数の回復そして浄化の方法がプロテアーゼ消化前処理を組み合わせた浄化のプロトコルが使えます。

Protocol

この作品は、すべてひと試料 Bioreclamation IVT biorepository から逆特定したサンプルとして得られた、最初の検討からコロラド州立大学制度検討委員会 (IRB)、人体実験をするのには決定されました。IRB 承認プロトコルの下で収集されました。 1. 粗試料 (血漿または血清) をペレット化大きい小胞および細胞残骸の準備 注:安全性に関する考察: 血…

Representative Results

以下に示すデータは、5 つの健康な血液ドナーから対血しょう及び血清サンプルを使用して得られました。各処理ステップの効果を決定する提案するプロトコルの 5 つのバリエーションを行ったとエキソソームの回復と非エキソソーム タンパク質を除去.含まれているメソッドの試験的: 1) 秒 700 kDa + 限外ろ過 3 kDa;2) 限外ろ過 100 kDa;3) プロティナーゼ K + 限外ろ過 100 kDa…

Discussion

純度と血液からエクソソームの収量を高めるために最適化されたメソッドがいくつかの疾患のための biomarkers の源として細胞小胞を正確に私に能力を増加します。標準的な方法、エクソソームを具体的には、分離する現在使用されている遠心とエキソソーム集計の可溶性タンパク質7,17、ペレットなどいくつかの欠点を持っている沈殿物メソッ?…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

この研究は、内部資金 (KMD) に CSU、ATCC 契約 #2016-0550-0002 (NIAID HHSN272201600013C の下請け)、ビルおよびメリンダ ・ ゲイツ財団 (OPP1039688) から (KMD/NKG) によって支えられました。追加のサポートのコロラド州立大学で大学生 (REU) 夏プログラムの NSF の研究経験に感謝いたします。

Materials

Nanosight Malvern NS300
Benchtop microcentrifuge  Thermo Legend Mico21
Benchtop centrifuge  Beckman Coulter Allegra 6R
Waterbath  Benchmark B2000-4
Microplate reader BIOTEK Epoch
Pierce BCA Protein Assay Kit THERMO 23227
Micro BCA Protein Assay Kit THERMO 23235
Phosphate buffered saline Corning 21-040-CV
96 well plate Corning 15705-066
Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit with Ultracel-100 membrane EMD-Millipore UFC510096
Amicon Ultra-4 Centrifugal Filter Units EMD-Millipore UFC800324
Capto Core 700 GE Healthcare 17548103
Poly-Prep Chromatography Columns BIORAD 7311550
NuPAGE 4-12% Bis-Tris Protein Gels THERMO NP0323BOX
Nitrocellulose Membrane, Roll, 0.2 µm BIORAD 1620112
Proteinase K, Tritirachium album EMD-Millipore 539480
SimplyBlue SafeStain THERMO LC6065
SIGMAFAST BCIP/NBT Millipore-SIGMA B5655
4-Chloro-1-naphthol Millipore-SIGMA C6788
Anti-CD63 Antibody (rabbit anti-human) with goat anti-rabbit HRP secondary antibody SYSTEM BIOSCIENCES EXOAB-CD63A-1 Primary and secondary antibodies
ALB Antibody (F-10) SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY, INC. sc-271605 Primary antibody
apoB Antibody (C1.4) SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY, INC. sc-13538 Primary antibody
apoA-I Antibody (B-10) SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY, INC. sc-376818 Primary antibody

Referenzen

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Diaz, G., Bridges, C., Lucas, M., Cheng, Y., Schorey, J. S., Dobos, K. M., Kruh-Garcia, N. A. Protein Digestion, Ultrafiltration, and Size Exclusion Chromatography to Optimize the Isolation of Exosomes from Human Blood Plasma and Serum. J. Vis. Exp. (134), e57467, doi:10.3791/57467 (2018).

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