Summary

Digestión de proteínas, ultrafiltración y cromatografía por exclusión de tamaño para optimizar el aislamiento de exosomas de suero y Plasma de sangre humana

Published: April 13, 2018
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Summary

Aquí, presentamos un protocolo para purificar exosomas de plasma y suero con menor Co purificación de proteínas de la sangre no exosomal. El protocolo optimizado incluye tratamiento con proteasas y ultrafiltración y cromatografía por exclusión de tamaño. Mayor purificación de exosomas beneficios aguas abajo los análisis, incluyendo la cuantificación más exacta de las vesículas y caracterización proteómica.

Abstract

Exosomas, un tipo de nanovesicle liberado de todos los tipos de célula, pueden ser aislado de cualquier líquido corporal. El contenido de exosomas, incluyendo proteínas y ARN, es único a las células que se derivan y pueden ser utilizados como indicadores de enfermedad. Varios protocolos de enriquecimiento común, como la ultracentrifugación, producen exosomas cargado de contaminantes de la proteína soluble. Específicamente, hemos encontrado que las proteínas más abundantes en la sangre a menudo Co purifican con exosomas y pueden confundir los estudios proteómicos aguas abajo, frustrando la identificación de candidatos de biomarcadores de baja abundancia. De preocupación adicional es irreproducible de exosomas cuantificación de proteína debido a representación incompatible de niveles de proteína no-exosomal. El protocolo detallado aquí fue desarrollado para eliminar las proteínas no exosomal que co purifican junto con exosomas, adición de rigor en el proceso de purificación de exosomas. Cinco métodos se compararon mediante pares plasma de sangre y suero de cinco donantes. Análisis usando nanopartículas de seguimiento análisis y ensayo de proteína ácido bicinchoninic micro reveló que un protocolo combinado utilizando cromatografía por exclusión de tamaño y ultrafiltración dio como resultado el enriquecimiento óptima de la vesícula y la eliminación de la proteína soluble. Western Blot se utilizó para verificar que las proteínas de la sangre abundante esperados, incluyendo albúmina y Apolipoproteínas, estaban agotadas.

Introduction

Exosomas son Nanovesículas (que varían en tamaño desde 30 nm y 150 nm) facilitar la comunicación de célula a célula por casi todas las células en el cuerpo humano procesa1,2. Curiosamente, la composición de los exosomas cambia dependiendo de las células de origen, así como el estado de salud del individuo3,4,5. Además, exosomas pueden ser obtenido de varios fluidos biológicos tales como: saliva, orina y sangre2. Debido a estas características, exosomas se consideran una buena fuente de biomarcadores de la enfermedad. Desafortunadamente, no existe ningún método estándar para el aislamiento de exosomas. Algunos laboratorios consideran varios pasos centrifugación, con un paso de alta velocidad final a 100.000 x g utilizando gradientes de densidad como el método estándar de oro para el aislamiento de exosomas. Sin embargo, estudios recientes han demostrado que ultracentrifugación induce la agregación de los exosomas con proteínas solubles y otras exosomas, además afectando la integridad de exosomas, que pueden obstaculizar las aplicaciones de bajada6,7 . Otros métodos de aislamiento de exosomas comunes incluyen, pero no se limitan a: precipitación por comercial polietilenglicol (PEG) basado en reactivos, centrífuga ultrafiltración y cromatografía por exclusión de tamaño (SEC). Los reactivos comerciales usando polímeros de polietilenglicol (PEG) enriquecen exosomas por haciéndolos precipitar y formar una pelotilla. Limitaciones de uso de este polímero son la contaminación con residuales polímeros de PEG y la abundancia de proteínas solubles no exosomal en el producto final. Ultrafiltración utiliza centrifugación para purificar y concentrar las vesículas con membrana de celulosa; exosomas se mantienen por encima del filtro, mientras que las impurezas más pequeñas y otras proteínas atraviesan la membrana7,8. Al igual que otros métodos de ultrafiltración centrífuga tiene una capacidad limitada para purificar exosomas debido a la retención de altos niveles de proteínas no exosomal, incluyendo agregados y complejos de la proteína. Por último, purificación seg utiliza resina porosa para separar moléculas por tamaño. SEC ha demostrado resultados prometedores, superar la mayoría de los problemas experimentados con otros métodos de captura de la mayoría de las proteínas contaminantes y preservar la integridad de la exosomal, puesto que el aislamiento se basa en la gravedad o sistemas de baja presión7, 9. Sin embargo, el aislamiento Co de mayor proteína agregados y lipoproteínas10 durante SEC afecta la pureza de la preparación final de exosomas. Mientras que algunos métodos han sido probados para la purificación de exosomas de sobrenadantes de cultivo de células y plasma7o9,de plasma solamente11, no hay información sobre el desempeño de métodos comparando directamente la sangre plasma y el suero del individuo mismo.

Aquí, nos centramos en la purificación de la sangre exosomas comparando una variedad de flujos de trabajo para determinar si las técnicas de enriquecimiento vesícula son traducibles entre plasma y suero. Nanopartículas de seguimiento análisis y western blot fueron utilizados para cuantificar las diferencias en la composición de proteína, concentración y pureza de exosomas en los productos finales. El método final, detallado en el presente Protocolo, aumenta el número de vesículas y reduce los niveles de proteína no-exosomal. Lo importante, se demostró una reducción drástica de común Co precipitando proteínas como albúmina y Apolipoproteínas. La gran abundancia de estas dos proteínas en sangre y la frecuencia en que co purifican con exosomas causas inconsistencias entre las muestras “purificadas”, sesgando el análisis descendentes. Este protocolo incluye el uso de una resina de s disponible en el mercado; la resina se compone de granos porosos en que las proteínas menores de 700 kDa pueden introducir los granos. Una vez dentro, las proteínas son retenidas por un ligando Octilamina. El eluido se compone de exosomas y moléculas más grandes que 700 kDa12. Además, con el fin de reducir los agregados de proteínas y Apolipoproteínas que evaden captura de grano, se incluye un paso de digestión de proteasa en el flujo de trabajo. Actualmente, no es capaz de maximizar el rendimiento de exosomas reduciendo el co purificación proteínas no exosomal solo técnica. Este estudio muestra que un protocolo de purificación que combina un tratamiento previo de digestión de proteasa con varios métodos de recuperación y purificación puede usarse para aumentar el rendimiento de exosomas y pureza del suero sanguíneo y plasma.

Protocol

Este trabajo se determinó no investigación de sujeto humano sobre la revisión inicial de Colorado State University institucional revisar Board (IRB), todas las muestras humanas fueron obtenidas como muestras anónima del biorepositorio de IVT Bioreclamation y recogido bajo protocolos IRB aprobado. 1. preparación de crudo muestra (Plasma o suero) por vesículas de mayor granulación y detritos celulares Nota: Consideración de seguridad: plasma, su…

Representative Results

Los datos presentados a continuación fueron obtenidos usando las muestras pareadas de suero y plasma de donantes de sangre sanos de cinco. Para determinar los efectos de cada paso de proceso, se realizaron cinco variaciones del protocolo presentado, y se compararon los exosomas no exosomas y recuperación extracción de proteína. Los métodos probados incluyen: 1) seg 700 kDa + ultrafiltración 3 kDa; 2) ultrafiltración 100 kDa; 3) proteinasa K + ultrafiltración 100 kDa; 4) SEC 700 kD…

Discussion

Un método optimizado para aumentar la pureza y rendimiento de exosomas de sangre aumentará la capacidad de mina con precisión las vesículas extracelulares como fuente de biomarcadores para varias enfermedades. Los métodos estándar actualmente utilizados para aislar exosomas, específicamente, ultracentrifugación y métodos de precipitación, tienen varias desventajas incluyendo agregación de exosomas y granulación de proteínas solubles7,17,

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Esta investigación fue apoyada por fondos internos del CSU (a KMD), ATCC contrato #2016-0550-0002 (un subcontrato de NIAID HHSN272201600013C) y la Fundación Bill y Melinda Gates (OPP1039688) (a KMD/recuperación). Agradecemos a la experiencia de investigación NSF para programa de verano de estudiantes universitarios (REU) en la Universidad Estatal de Colorado para soporte adicional.

Materials

Nanosight Malvern NS300
Benchtop microcentrifuge  Thermo Legend Mico21
Benchtop centrifuge  Beckman Coulter Allegra 6R
Waterbath  Benchmark B2000-4
Microplate reader BIOTEK Epoch
Pierce BCA Protein Assay Kit THERMO 23227
Micro BCA Protein Assay Kit THERMO 23235
Phosphate buffered saline Corning 21-040-CV
96 well plate Corning 15705-066
Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit with Ultracel-100 membrane EMD-Millipore UFC510096
Amicon Ultra-4 Centrifugal Filter Units EMD-Millipore UFC800324
Capto Core 700 GE Healthcare 17548103
Poly-Prep Chromatography Columns BIORAD 7311550
NuPAGE 4-12% Bis-Tris Protein Gels THERMO NP0323BOX
Nitrocellulose Membrane, Roll, 0.2 µm BIORAD 1620112
Proteinase K, Tritirachium album EMD-Millipore 539480
SimplyBlue SafeStain THERMO LC6065
SIGMAFAST BCIP/NBT Millipore-SIGMA B5655
4-Chloro-1-naphthol Millipore-SIGMA C6788
Anti-CD63 Antibody (rabbit anti-human) with goat anti-rabbit HRP secondary antibody SYSTEM BIOSCIENCES EXOAB-CD63A-1 Primary and secondary antibodies
ALB Antibody (F-10) SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY, INC. sc-271605 Primary antibody
apoB Antibody (C1.4) SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY, INC. sc-13538 Primary antibody
apoA-I Antibody (B-10) SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY, INC. sc-376818 Primary antibody

Referenzen

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Diaz, G., Bridges, C., Lucas, M., Cheng, Y., Schorey, J. S., Dobos, K. M., Kruh-Garcia, N. A. Protein Digestion, Ultrafiltration, and Size Exclusion Chromatography to Optimize the Isolation of Exosomes from Human Blood Plasma and Serum. J. Vis. Exp. (134), e57467, doi:10.3791/57467 (2018).

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