Summary

単一分子トラッキング顕微鏡 - 細胞細胞分子の拡散状態を決定するツール

Published: September 05, 2019
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Summary

3D単分子局在顕微鏡は、生きた細菌細胞における蛍光標識タンパク質の空間位置および運動軌道をプローブするために利用される。本明細書に記載される実験およびデータ分析プロトコルは、プールされた単一分子軌道に基づいてサイトソリックタンパク質の一般的な拡散挙動を決定する。

Abstract

単一分子局在顕微鏡は、数十ナノメートルの空間的およびミリ秒の時間分解能を有する生細胞における個々の分子の位置と動きを調べた。これらの機能により、単分子局在顕微鏡は、生理学的に関連する環境での分子レベルの生物学的機能の研究に最適です。ここでは、単一分子トラッキングデータの取得と処理/分析の両方のための統合プロトコルを示し、目的のタンパク質が示す可能性のある異なる拡散状態を抽出する。この情報は、生細胞における分子複合体形成を定量化するために使用することができる。カメラベースの3D単一分子ローカリゼーション実験の詳細な説明と、個々の分子の軌跡を生み出すその後のデータ処理ステップについて説明します。これらの軌道は、数値解析フレームワークを使用して分析され、蛍光標識分子の一般的な拡散状態とこれらの状態の相対的な豊富さを抽出します。解析フレームワークは、任意のセル ジオメトリによって空間的に限定される細胞内ブラウン拡散軌道の確率シミュレーションに基づいています。シミュレートされた軌道に基づいて、生の単一分子画像が実験画像と同じように生成され、解析されます。このように、実験的に校正するのが難しい実験精度と精度の制限が、解析ワークフローに明示的に組み込まれます。一般的な拡散状態の拡散係数と相対母率は、シミュレートされた分布の線形組み合わせを使用して実験値の分布を適合することによって決定されます。我々は、細菌病原体のサイトソールにホモとヘテロオリゴマー複合体を形成する際に異なる拡散状態を示すタンパク質の拡散状態を解明することにより、我々のプロトコルの有用性を実証する。

Introduction

生体分子の拡散的な挙動を調べることは、その生物学的機能に関する洞察を提供する。蛍光顕微鏡ベースの技術は、生体分子をネイティブの細胞環境で観察するための貴重なツールとなっています。光漂白後の蛍光回収(FRAP)および蛍光相関分光法(FCS)1は、アンサンブル平均拡散行動を提供する。逆に、単一分子局在化顕微鏡は、高い空間および時間分解能2、3、4を有する個々の蛍光タグ付き分子の観察を可能にする。目的のタンパク質が異なる拡散状態に存在する可能性があるため、個々の分子を観察することは有利です。例えば、大腸菌のCueRのような転写レギュレータがサイトゾルで自由に拡散したり、DNA配列に結合したりすると、2つの容易に区別可能な拡散状態が生じ、測定5のタイムスケールで固定化される5.単一分子トラッキングは、これらの異なる状態を直接観察するためのツールを提供し、それらを解決するために高度な分析は必要ありません。ただし、拡散率が類似している場合は、複数の拡散状態とその母集団の割合を解決することがより困難になります。例えば、拡散係数の大きさ依存性のために、タンパク質の異なるオリゴマー化状態は、異なる拡散状態6、7、8、9として現れる,10.このような場合は、データの取得、処理、分析の面で統合されたアプローチが必要です。

サイトソリック分子の拡散率に影響を与える重要な因子は、細胞境界による閉じ込めの影響である。細菌細胞境界によって分子運動に対する制限により、細胞細胞分子の測定拡散速度は、同じ運動が閉じ込められていない空間で発生した場合よりも遅く見える。非常にゆっくりと拡散する分子の場合、細胞閉じ込めの効果は、境界との衝突の欠如のためにごくわずかです。このような場合、ブラウン運動の方程式に基づく解析モデルを使用して、分子変位、r、または明らかな拡散係数D*の分布を合わせることによって、拡散状態を正確に解決することができるかもしれません(ランダム拡散)11,12,13.しかし、細胞細胞分子の拡散が速い場合、実験分布は、細胞境界との拡散分子の衝突による非限定ブラウン運動のために得られたものに似なくなりました。蛍光標識分子の非限定拡散係数を正確に決定するためには、閉じ込め効果を考慮する必要があります。いくつかのアプローチは、最近、(半)解析的に5、14、15、16、またはモンテカルロシミュレーションを通じて、閉じ込め効果を説明するために開発されました。 ブラウン拡散 6,10,16,17,18,19.

ここでは、単一分子追跡に特に焦点を当てた単一分子局在顕微鏡データを収集および分析するための統合プロトコルを提供する。このプロトコルの最終目標は、内部の蛍光標識細胞質タンパク質の拡散状態を解決する(この場合は、棒状の細菌細胞)。我々の研究は、単一分子追跡のための以前のプロトコルに基づいて構築され、DNAポリメラーゼPolIは、拡散分析20によってDNA結合および非結合状態に存在することが示された。ここでは、単分子トラッキング解析を3D測定に拡張し、よりリアルな計算シミュレーションを実行して、細胞内に同時に存在する複数の拡散状態を解決・定量化します。このデータは、二重らせん点広がり関数(DHPSF)21,22を用いて撮像することにより蛍光発光器の3D位置を決定することができる自家製の3D超解像蛍光顕微鏡を用いて取得される。生の単一分子画像は、カスタム書き込みソフトウェアを使用して3D単分子ローカリゼーションを抽出して処理され、単一分子軌道に結合されます。何千もの軌道がプールされ、明らかな拡散係数の分布が生成されます。最後のステップでは、実験分布は、限られた体積でブラウン運動のモンテカルロシミュレーションを介して得られた数値生成分布に適合します。このプロトコルを適用して、生きているエルシニア・エンテロコリチカにおけるタイプ3分泌系タンパク質YscQの拡散状態を解決する。そのモジュラー性質のために、私達のプロトコルは、一般的に任意の細胞形状の単一分子または単一粒子追跡実験の任意のタイプに適用可能です。

Protocol

1. 二重らせんポイントスプレッド関数キャリブレーション 注:本および以下のセクションで説明する画像は、Rocha et al.23に記載されているように、カスタム構築された反転蛍光顕微鏡を使用して取得される。同じ手順は、単一分子局在化および追跡顕微鏡検査2、3、4用に設計された異なる顕微鏡実装に<su…

Representative Results

ここで説明する実験条件(20,000フレーム、軌道長最小4局在)および蛍光標識融合タンパク質の発現レベルに応じて、約200〜3,000の局在化が10〜150を生み出す軌道は、セルごとに生成することができます (図 2a, b)。見かけの拡散係数の十分にサンプリングされた分布を生成するには、多数の軌道が必要です。ここで収集されるFOVのサイズ?…

Discussion

提示されたプロトコルの正常な適用のための重要な要因は、単一分子信号が互いに十分に分離されていることを確認することです(すなわち、それらは空間と時間内にまばらである必要があります(補足Mov. 1)。細胞内に複数の蛍光分子が同時に存在する場合、局在化が別の分子の軌道に誤って割り当てられる可能性があります。これをリンク問題30と呼ぶ。タンパ…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

私たちは、アレシア・アチモビッチとティン・ヤンに原稿を批判的に読んでくれたことに感謝します。バージニア大学の先端研究コンピューティングサービスグループのシニアスタッフサイエンティストであるエド・ホール氏に、この研究で使用される最適化ルーチンの設定を支援してくださったことに感謝します。この研究のための資金は、バージニア大学によって提供されました.

Materials

2,6-diaminopimelic acid Chem Impex International 5411 Necessary for growth of Y. enterocolitica cells used.
4f lenses Thorlabs AC508-080-A f = 80mm, 2"
514 nm laser Coherent Genesis MX514 MTM Use for fluorescence excitation
agarose Inivtrogen 16520100 Used to make gel pads to mount liquid bacterial sample on microscope.
ammonium chloride Sigma Aldrich A9434 M2G ingredient.
bandpass filter Chroma ET510/bp Excitation pathway.
Brain Heart Infusion Sigma Aldrich 53286 Growth media for Y. enterocolitica.
calcium chloride Sigma Aldrich 223506 M2G ingredient.
camera Imaging Source DMK 23UP031 Camera for phase contrast imaging.
dielectric phase mask Double Helix, LLC N/A Produces DHPSF signal.
disodium phosphate Sigma Aldrich 795410 M2G ingredient.
ethylenediaminetetraacetic acid Fisher Scientific S311-100 Chelates Ca2+. Induces secretion in the T3SS.
flip mirror Newport 8892-K Allows for switching between fluorescence and phase contrast pathways.
fluospheres Invitrogen F8792 Fluorescent beads. 540/560 exication and emission wavelengths. 40 nm diameter.
glass cover slip VWR 16004-302 #1.5, 22mmx22mm
glucose Chem Impex International 811 M2G ingredient.
immersion oil Olympus Z-81025 Placed on objective lens.
iron(II) sulfate Sigma Aldrich F0518 M2G ingredient.
long pass filter Semrock LP02-514RU-25 Emission pathway.
magnesium sulfate Fisher Scientific S25414A M2G ingredient.
microscope platform Mad City Labs custom Platform for inverted microscope.
nalidixic acid Sigma Aldrich N4382 Y. enterocolitica cells used are resistant to nalidixic acid.
objective lens Olympus 1-U2B991 60X, 1.4 NA
Ozone cleaner Novascan PSD-UV4 Used to eliminate background fluorescence on glass cover slips.
potassium phosphate Sigma Aldrich 795488 M2G ingredient.
Red LED Thorlabs M625L3 Illuminates sample for phase contrast imaging. 625nm.
sCMOS camera Hamamatsu ORCA-Flash 4.0 V2 Camera for fluorescence imaging.
short pass filter Chroma ET700SP-2P8 Emission pathway.
Tube lens Thorlabs AC508-180-A f=180 mm, 2"
Yersinia enterocolitica dHOPEMTasd N/A N/A Strain AD4442, eYFP-YscQ
zero-order quarter-wave plate Thorlabs WPQ05M-514 Excitation pathway.

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Cite This Article
Rocha, J. M., Gahlmann, A. Single-Molecule Tracking Microscopy – A Tool for Determining the Diffusive States of Cytosolic Molecules. J. Vis. Exp. (151), e59387, doi:10.3791/59387 (2019).

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