Summary

Investigación de reclutamiento de la proteína a las lesiones del ADN usando 405 Nm láser Micro-irradiación

Published: March 20, 2018
doi:

Summary

Estudiar la cinética de reparación de daños de ADN requiere un sistema para inducir lesiones en regiones definidas del nucleares. Se describe un método para crear localizados roturas de doble cadena utilizando un microscopio confocal de escaneo láser equipado con un 405 nm láser y procedimientos automatizados para cuantificar la dinámica de los factores de reparación de estas lesiones.

Abstract

La respuesta de daño de DNA (DDR) utiliza una gran cantidad de proteínas para detectar la señal y reparar las lesiones del ADN. Delineación de esta respuesta es fundamental para entender los mecanismos de mantenimiento del genoma. Puesto que el reclutamiento y el intercambio de proteínas en las lesiones son altamente dinámicos, su estudio requiere la capacidad para generar daños en el ADN de una manera rápida y espacialmente delimitado. Aquí, describimos los procedimientos para inducir localmente el daño de la DNA en células humanas usando un microscopio confocal escaneo láser comúnmente disponible equipado con una línea de láser de 405 nm. Acumulación de mantenimiento genoma factores en rayas de láser pueden evaluarse por inmunofluorescencia (IF) o en tiempo real utilizando proteínas etiquetadas con reporteros fluorescentes. Utilizando fosforiladas histonas H2A. X (γ-H2A.X) y replicación de proteína A (RPA) como marcadores, el método proporciona suficiente resolución para discriminar factores contratados localmente que difunda en cromatina adyacente. Además proporcionamos scripts basados en ImageJ para controlar eficientemente la cinética de la relocalización de la proteína al ADN dañan sitios. Estos refinamientos simplifican enormemente el estudio de la dinámica de la DDR.

Introduction

Las células están constantemente expuestas a las fuentes endógenas y exógenas de daño en el ADN que amenazan su integridad genómica. El DDR es un conjunto de vías que detectan, señalan y reparacion las lesiones del ADN para mantener la estabilidad del genoma de señalización. En roturas de doble hebra de DNA (distritales), lo DDR se produce principalmente en dos plataformas complementarias: γ-H2A.X-labeled cromatina y una región de ADN (ssDNA) monocatenario resecada normalmente recubierta de ssDNA-enlace complejo EPR1,2.

UV-láser micro-irradiación de células sensibilizadas previamente con la timidina analógica 5-bromo-2′ desoxiuridina (BrdU) o el tinte de ADN bisbenzimide etóxido trihydrochloride (BBET, Hoechst 33342) crea una mezcla de lesiones de ADN, como roturas de cadena simple ( SSBs) y distritales que provocan una DDR localizada en la cromatina y el ssDNA plataformas3,4. Trabajos previos demostraron que reclutamiento de factores de mantenimiento del genoma para estas dos plataformas distintas en el OSD puede ser discriminado con láseres de alta energía UV-A (335-365 nm) combinados con IF2,5. Microscopios equipados con estos láseres son costosos ya que requieren un láser de alta energía y dedicados objetivos de transmisión UV-A haciéndolos mucho menos frecuente en contextos académicos y farmacéuticos que microscopios confocales de escaneo láser con láser de 405 nm líneas. El estudio de reclutamiento de la proteína y el intercambio en los sitios de micro-irradiado también queda excluido por el análisis de imagen manual laborioso requerido para describir el comportamiento dinámico de los factores de mantenimiento del genoma.

Aquí, mostramos que la sensibilización previa de las células con tinción de ácido nucleico BrdU o BBET seguida de irradiación de micro usando una 405 nm láser a un microscopio confocal común permite el monitoreo de la dinámica de factor de mantenimiento de genoma en las lesiones del ADN. Γ-H2A.X o subunidades complejo de RPA como marcadores de la plataforma junto con z de apilamiento para mayor profundidad de campo y deconvolución resolución permite al experimentador discriminar los factores que son reclutados localmente a distritales a las que se extendió a Dominios de cromatina grande que rodea la lesión inicial. Esta sub-clasificación según distintos compartimentos intra nucleares ayuda a perfeccionar los roles potenciales de desacostumbrada proteínas reclutadas a sitios irradiados de micro. Además, ofrecemos protocolos convenientes y optimizado tuberías para analizar rápidamente la dinámica de los factores de mantenimiento del genoma usando el software de código abierto Fiji (una distribución de ImageJ)6,7,8. Estos refinamientos a los métodos de micro-irradiación actuales hacen el estudio de la DDR posible en prácticamente cualquier entorno de laboratorio.

Protocol

1. la sensibilización de las células 24 h antes del experimento de micro-irradiación de semillas 40.000 U2OS células por pocillo en 1 x DMEM que contiene 10% FBS en cultivo 8-bien diapositivas con fondos de 170 μm de espesor como cubreobjetos de vidrio y polímeros para transmitancia máxima de 405 nm de luz láser y la proyección de imagen excelente con un escaneo láser confocal microscopio invertido. Si usa un 8 bien microslide, use 500 μl de medios o soluciones por pozo para todos los tratamientos po…

Representative Results

Tras micro-irradiación, las células pueden recuperar para un período específico de tiempo dependiendo de la naturaleza del genoma mantenimiento proteínas1,12. Distritales se procesarán por nucleasas, más extensivamente durante las fases S y G2 del ciclo celular, para crear una región limitada de ssDNA que rápidamente es cubierto por RPA y otros de factores de mantenimiento de genoma9. Esta región …

Discussion

Utilizando los métodos mencionados anteriormente, 405 nm láser micro-irradiación de células sensibilizadas previamente con BBET o BrdU permite la generación localizada de las lesiones del ADN incluyendo distritales dentro de los núcleos de las células humanas adherentes. Cinética de DDR en estos distritales son similares a los generados con otros métodos en las células eucariotas9,18,19. Resección de DSB en sitios irr…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Este trabajo fue apoyado por las ciencias naturales y Consejo de investigación de ingeniería de Canadá [descubrimiento subsidio 5026 h] y por una nueva generación de científicos de la sociedad de investigación del cáncer [21531 a A.M]. Agradecemos a Jean-François Lucier para proporcionar control de calidad excelente de los scripts de Python de Fiji y asesoramiento en análisis estadístico. Damos las gracias por la receta de solución de fijación IF Dr. Stephanie A. Yazinski. Agradecemos a Paul Ludovic Karsenti ayuda con medidas de potencia láser.

Materials

Olympus FLUOVIEW FV3000 resonant laser scanning confocal microscope Olympus
FluoView FV3000 software (version 2.1) Olympus
405 nm laser Coherent Radiation source
Microscope incubator AIO-UNO-OLYUS-1 Okolab OKO-UNO-1
60X /1.4 Objective Olympus Oil immersion objective
8-well culture slides on coverglass (X-well) Sarstedt 94.6190.802
U2OS osteosarcoma human cell line ATCC HTB-96 Stable cell lines 
4’,6-Diamidino-2-Phenylindole (DAPI) ThermoFisher D1306 Caution toxic
5-bromo-2′-deoxyuridine (BrdU)  Sigma-Aldrich 59-14-3
Paraformaldehyde Sigma-Aldrich 30525-89-4 Caution toxic
Bisbenzimide H 33342 (Hoechst 33342) ThermoFisher 62249
Bovine serum albumin (BSA) ThermoFisher BP1600-100
Trypsin EDTA 0.1%  ThermoFisher 15400-054
Triton X-100  BioShop TRX777.100
Tween-20  ThermoFisher BP337-500
Sucrose  BioShop SUC507
JetPRIME transfection reagent  Polyplus 114-07
ProLong Diamond Antifade mountant with DAPI  ThermoFisher P36962
DMEM 1X, + phenol red Wisent  319-005-CL
DMEM 1X, – phenol red Wisent 319-051-CL
Fetal bovine serum (FBS) Wisent  080-150
Mouse anti-RPA32 antibody Abcam ab2175 1:500 for IF
Rabbit anti-γ-H2A.X antibody Cell Signaling  9718S 1:500 for IF
Rabbit Anti-53BP1 antibody Cell Signaling  4937S 1:500 for IF
Rabbit Anti-PRP19 antibody Abcam ab27692 1:500 for IF
Goat anti-rabbit IgG Alexa Fluor 647 Cell Signaling  4414S 1:250 for IF
Goat anti-mouse  IgG Alexa Fluor 488  Cell Signaling  4408S 1:250 for IF
Fiji image analysis open-source software  https://fiji.sc
1918-K Power meter  with a 918D-SL-0D3 sensor Newport

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Gaudreau-Lapierre, A., Garneau, D., Djerir, B., Coulombe, F., Morin, T., Marechal, A. Investigation of Protein Recruitment to DNA Lesions Using 405 Nm Laser Micro-irradiation. J. Vis. Exp. (133), e57410, doi:10.3791/57410 (2018).

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