Summary

Indagine di assunzione di proteine per lesioni del DNA utilizzando 405 Nm Laser Micro-irradiazione

Published: March 20, 2018
doi:

Summary

Studiare la cinetica di riparazione danni del DNA richiede un sistema di indurre lesioni alle regioni definite sub-nucleare. Descriviamo un metodo per creare interruzioni di double-stranded localizzate utilizzando un microscopio confocale a scansione laser, dotato di un laser di 405 nm e forniscono procedure automatizzate per quantificare la dinamica di fattori di riparazione a queste lesioni.

Abstract

La risposta di danno del DNA (DDR) utilizza una pletora di proteine per rilevare, segnalare e riparare le lesioni del DNA. Delineazione di questa risposta è fondamentale per capire i meccanismi di manutenzione del genoma. Dal momento che il reclutamento e lo scambio di proteine alle lesioni sono altamente dinamici, il loro studio richiede la capacità di generare danni al DNA in maniera rapida e spazialmente delimitato. Qui, descriviamo le procedure per indurre localmente il danno del DNA in cellule umane utilizzando un microscopio confocale laser-scanner comunemente disponibile dotato di una linea di laser 405 nm. Accumulo di manutenzione genoma fattori alle strisce di laser possono essere valutati mediante immunofluorescenza (IF) o in tempo reale utilizzando proteine etichettati come reporter fluorescenti. Utilizzando fosforilato istone H2A. X (γ-H2A.X) e Replication Protein A (RPA) come marcatori, il metodo fornisce una risoluzione sufficiente per discriminare fattori reclutati da coloro che si sono diffuse sulla cromatina adiacente. Forniamo ulteriori script basati su ImageJ per monitorare in modo efficiente la cinetica di rilocalizzazione della proteina al DNA danni siti. Questi perfezionamenti semplificano notevolmente lo studio della dinamica della DDR.

Introduction

Le cellule sono costantemente esposti a fonti endogene ed esogene di danno del DNA che minacciano l’integrità genomica. Il DDR è un insieme di vie che rilevare, segnalare e ripristino le lesioni del DNA per sostenere la stabilità del genoma di segnalazione. Alle rotture del doppio filamento del DNA (DSBs), la DDR si verifica principalmente su due piattaforme complementari: γ-H2A.X-labeled cromatina e una regione di DNA (ssDNA) single-stranded resecata in genere rivestito con il ssDNA-associazione complessa RPA1,2.

Micro-irradiazione UV-laser delle cellule pre-sensibilizzate con la timidina analogica 5-bromo-2′ deoxyuridine (BrdU) o la tintura di DNA bisbenzimide etossido triidrocloruro (Giordano, Hoechst 33342) crea una miscela di lesioni del DNA tra cui rotture del singolo filamento ( SSB) e DSBs che suscitare un DDR localizzato sulla cromatina sia ssDNA piattaforme3,4. Lavori precedenti hanno mostrato che il reclutamento di fattori di mantenimento del genoma per queste due piattaforme distinte al DSB può essere discriminata utilizzando laser a raggi UV-A ad alta energia (335-365 nm) combinato con se2,5. Microscopi dotati di tali laser sono costosi, in quanto richiedono un laser ad alta energia e obiettivi trasmettenti dedicati di UV-A che li rende molto meno prevalente in contesti accademici e farmaceutici che microscopi confocale a scansione laser con laser 405 nm linee. Lo studio di assunzione di proteine e di scambio in siti di micro-irradiati è interdetto anche dall’analisi manuale laborioso dell’immagine necessario per descrivere il comportamento dinamico di fattori di mantenimento del genoma.

Qui, indichiamo che il pre-sensibilizzazione delle cellule con BrdU o Giordano acido nucleico macchia seguita da micro-irradiazione con un laser di 405 nm su un comune microscopio confocale permette il monitoraggio delle dinamiche di fattore di manutenzione genoma a lesioni del DNA. L’utilizzo di γ-H2A.X o subunità complessa RPA come marcatori di piattaforma insieme a z-stacking per una maggiore profondità di campo e deconvoluzione per una migliore risoluzione consente lo sperimentatore di discriminare i fattori che sono reclutati localmente a DSBs da quelle che si diffondono a domini di cromatina grande che circonda la lesione iniziale. Questa sub-classificazione secondo distinti compartimenti intra-nucleare aiuta a perfezionare i potenziali ruoli delle proteine atipici reclutati ai siti di micro-irradiati. Inoltre, forniamo conveniente protocolli e ottimizzato condutture per analizzare rapidamente la dinamica dei fattori di mantenimento del genoma utilizzando il software open-source Fiji (una distribuzione ImageJ)6,7,8. Questi perfezionamenti per gli attuali metodi di micro-irradiazione rendono lo studio della DDR possibile in praticamente qualsiasi ambiente di laboratorio.

Protocol

1. pre-sensibilizzazione delle cellule 24 h prima dell’esperimento di micro-irradiazione, 40.000 U2OS cellule per pozzetto in 1 x DMEM contenente 10% FBS a 8 pozzetti cultura diapositive con fondelli 170 µm di spessore lamella-come vetro/polimeri per garantire massima trasmittanza di 405 nm luce laser e un’eccellente immagine del seme con una scansione laser confocale microscopio invertito. Se si utilizza un 8 pozzetti 2mpx, utilizzare 500 µ l di media o soluzioni per pozzetto per tutti i trattamenti successi…

Representative Results

A seguito di micro-irradiamento, le cellule sono autorizzate a recuperare per un determinato periodo di tempo a seconda della natura del genoma manutenzione proteine1,12. DSBs saranno trattati dall’azione delle nucleasi, più estesamente durante le fasi S e G2 del ciclo cellulare, per creare una regione limitata di ssDNA che rapidamente è rivestita da RPA e altri fattori di mantenimento del genoma9. Questa…

Discussion

Utilizzando i metodi descritti sopra, 405 nm laser micro-irradiazione delle cellule pre-sensibilizzate con Giordano o BrdU consente la generazione localizzata delle lesioni del DNA compreso DSBs all’interno dei nuclei delle cellule umane aderenti. Cinetica della DDR a questi DSBs sono simili a quelli generati con altri metodi in cellule eucariotiche9,18,19. Resezione di DSB presso siti di micro-irradiati conduce a ssDNA-generazi…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Questo lavoro è stato supportato da scienze naturali e ingegneria Research Council of Canada [Discovery sovvenzione 5026 Agresta] e da una nuova generazione di scienziati di borsa di studio dalla società di ricerca cancro [21531 per Agresta]. Ringraziamo Jean-François Lucier per fornire il controllo di qualità eccellente degli script Python Fiji e consulenza sull’analisi statistica. Ringraziamo il Dr. Stephanie A. Yazinski per la ricetta di soluzione di fissazione se. Ringraziamo Paul-Ludovic Karsenti per aiuto con le misurazioni di potenza laser.

Materials

Olympus FLUOVIEW FV3000 resonant laser scanning confocal microscope Olympus
FluoView FV3000 software (version 2.1) Olympus
405 nm laser Coherent Radiation source
Microscope incubator AIO-UNO-OLYUS-1 Okolab OKO-UNO-1
60X /1.4 Objective Olympus Oil immersion objective
8-well culture slides on coverglass (X-well) Sarstedt 94.6190.802
U2OS osteosarcoma human cell line ATCC HTB-96 Stable cell lines 
4’,6-Diamidino-2-Phenylindole (DAPI) ThermoFisher D1306 Caution toxic
5-bromo-2′-deoxyuridine (BrdU)  Sigma-Aldrich 59-14-3
Paraformaldehyde Sigma-Aldrich 30525-89-4 Caution toxic
Bisbenzimide H 33342 (Hoechst 33342) ThermoFisher 62249
Bovine serum albumin (BSA) ThermoFisher BP1600-100
Trypsin EDTA 0.1%  ThermoFisher 15400-054
Triton X-100  BioShop TRX777.100
Tween-20  ThermoFisher BP337-500
Sucrose  BioShop SUC507
JetPRIME transfection reagent  Polyplus 114-07
ProLong Diamond Antifade mountant with DAPI  ThermoFisher P36962
DMEM 1X, + phenol red Wisent  319-005-CL
DMEM 1X, – phenol red Wisent 319-051-CL
Fetal bovine serum (FBS) Wisent  080-150
Mouse anti-RPA32 antibody Abcam ab2175 1:500 for IF
Rabbit anti-γ-H2A.X antibody Cell Signaling  9718S 1:500 for IF
Rabbit Anti-53BP1 antibody Cell Signaling  4937S 1:500 for IF
Rabbit Anti-PRP19 antibody Abcam ab27692 1:500 for IF
Goat anti-rabbit IgG Alexa Fluor 647 Cell Signaling  4414S 1:250 for IF
Goat anti-mouse  IgG Alexa Fluor 488  Cell Signaling  4408S 1:250 for IF
Fiji image analysis open-source software  https://fiji.sc
1918-K Power meter  with a 918D-SL-0D3 sensor Newport

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Gaudreau-Lapierre, A., Garneau, D., Djerir, B., Coulombe, F., Morin, T., Marechal, A. Investigation of Protein Recruitment to DNA Lesions Using 405 Nm Laser Micro-irradiation. J. Vis. Exp. (133), e57410, doi:10.3791/57410 (2018).

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