Описан протокол подготовки простой модели экосистемы, воссоздающей метано-кислородный счетчик градиента, обнаруженный в естественной среде обитания аэробных метаноокисляющих бактерий, что позволяет изучать их физиологию в пространственно разрешенном контексте. Также описаны модификации общих биохимических анализов для использования с модельной экосистемой на основе агарозы.