Um protocolo é descrito para a preparação de um ecossistema modelo simples que recria o contragradiente metano-oxigênio encontrado no habitat natural de bactérias oxidantes aeróbicas de metano, permitindo o estudo de sua fisiologia em um contexto espacialmente resolvido. Modificações em ensaios bioquímicos comuns para uso com o ecossistema modelo baseado em agarose também são descritas.
