Journal
/
Biochemistry
/
Sondering av RNA-struktur med dimetylsulfatmutasjonsprofilering med sekvensering in vitro og i celler
JoVE Journal
Biochemistry
This content is Free Access.
JoVE Journal Biochemistry
Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

Sondering av RNA-struktur med dimetylsulfatmutasjonsprofilering med sekvensering in vitro og i celler

DOI:
10.3791/64820-v

•

10:34 min

•

December 09, 2022

•

,
1Department of Microbiology,Harvard Medical School

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:36Gene‐Specific In Vitro DMS Modification
  • 02:49Gene‐Specific RT‐PCR of Modified RNA
  • 04:19Whole‐Genome DMS‐MaP Using Virus‐Infected Cells
  • 07:17Analysis of the Sequencing Data
  • 08:12Results: Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling and Sequencing
  • 10:00Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Protokollen gir instruksjon for modifisering av RNA med dimetylsulfat for mutasjonsprofileringseksperimenter. Det inkluderer in vitro og in vivo sondering med to alternative biblioteksforberedelsesmetoder.

Tags

RNA StructureDMS-MaPSequencingIn VitroIn CellsRNA Structure EnsembleBiological ResearchRefolding BufferDimethyl SulfateBeta-mercaptoethanolSpectrophotometerTGIRTComplementary DNAPCR

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Time-løst elektrospray-ionisering Hydrogen-deuterium Veksling massespektrometri for å studere Protein struktur og dynamikk

Undersøkelse av protein-sekvens-struktur-dynamikk Relasjoner med Bio3D-web

Polysome profilering i Leishmania, menneskelige celler og mus testikkel

Karakteristikk av glykoproteiner med immunglobulin Fold av Røntgenkrystallografi og Biofysiske teknikker

Verifiserer strukturen og dynamikken i Nucleosomes med Atomic Force mikroskopi Imaging

Nettstedet-rettet mutagenese for In Vitro og Vivo eksperimenter eksemplifisert med RNA samhandling i Escherichia Coli

Interaksjoner med og membran Permeabilization av Brain mitokondrier av amyloid fibrils

Ekstremt rask og spesifikk metabolsk merking av RNA in vivo med 4-Thiouracil (Ers4tU)

Rask og kostnadseffektiv RNA-ekstraksjon av rottepanasittvev

Fosfoproteomisk strategi for profilering av osmotisk stresssignalering i Arabidopsis

Read Article