Journal
/
/
Deep learning-gebaseerde segmentatie van cryo-elektronentomogrammen
JoVE Journal
Biology
This content is Free Access.
JoVE Journal Biology
Deep Learning-Based Segmentation of Cryo-Electron Tomograms
DOI:

10:25 min

November 11, 2022

, , , , ,

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:45Image Import and Preprocessing
  • 02:45Creating Training Data
  • 05:13Using the Segmentation Wizard for Iterative Training
  • 06:52Apply the Network
  • 07:36Segmentation Manipulation and Cleanup
  • 08:16Results: Analysis of the Tomogram of DIV 5 Hippocampal Rat Neuron
  • 09:40Conclusion

Summary

Automatic Translation

Dit is een methode voor het trainen van een multi-slice U-Net voor multi-class segmentatie van cryo-elektronentomogrammen met behulp van een deel van één tomogram als trainingsinput. We beschrijven hoe we dit netwerk kunnen afleiden naar andere tomogrammen en hoe we segmentaties kunnen extraheren voor verdere analyses, zoals subtomogramgemiddelden en filamenttracering.

Related Videos

Read Article