Det strukturelle ensemblet av monomer alfa-synuclein påvirker dets fysiologiske funksjon og fysisk-kjemiske egenskaper. Denne protokollen beskriver hvordan man utfører millisekund hydrogen / deuterium-utveksling massespektrometri og påfølgende dataanalyser for å bestemme konformasjonsinformasjon om monomeren til dette iboende uordnede proteinet under fysiologiske forhold.