Journal
/
Genetics
/
En Pathway Association Study Tool for GWAS analyser af metaboliske Pathway Information
JoVE Journal
Genetics
This content is Free Access.
JoVE Journal Genetics
A Pathway Association Study Tool for GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information

En Pathway Association Study Tool for GWAS analyser af metaboliske Pathway Information

DOI:
10.3791/61268-v

•

05:01 min

•

July 01, 2020

•

,
1Institute for Genomics, Biocomputing & Biotechnology,Mississippi State University, 2Corn Host Plant Resistance Research Unit,USDA-ARS

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:32Genome-Wide Association Study (GWAS) Data Loading
  • 00:57Load Linkage Disequilibrium (LD) Data Loading
  • 01:26Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Assignment
  • 01:56Significant Pathway Discovery
  • 02:35Rugplot Visualization
  • 03:21Results: Representative GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information
  • 04:21Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Ved at køre Pathway Association Study Tool (PAST), enten gennem Shiny ansøgning eller gennem R-konsollen, kan forskerne få en dybere forståelse af den biologiske betydning af deres genom-dækkende forening undersøgelse (GWAS) resultater ved at undersøge de metaboliske veje involveret.

Tags

Keywords: GWASGenome-wide Association AnalysisMetabolic PathwayPASTPathway Association Study ToolSNPsLinkage DisequilibriumGene AnnotationPathway AnalysisRug PlotsR ConsoleShiny

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/61268?article_type=v

Måling af Differentielt Methyleret<em> INS</em> DNA Arter i humane serumprøver som biomarkør for Islet β Cell Død
check_url/61268?article_type=v

Kvantificering af oplysninger kodet af genet udtryk niveauer under levetid graduering Under bred vifte kosten begrænsning i C. elegans
check_url/61268?article_type=v

Metaboliske mærkning og profilering af overførsel RNA'er ved hjælp af Macroarrays
check_url/61268?article_type=v

Ultralow Input Genome Sequencing bibliotek forberedelse fra en enkelt Tardigrade prøvemateriale
check_url/61268?article_type=v

Metoder til nøjagtig detektering af mitokondrie-DNA methylering
check_url/61268?article_type=v

Høj overførselshastighed identifikation af regulerende gensekvenser ved hjælp af næste generations sekventering af cirkulære kromosom kropsbygning Capture (4C-seq)
check_url/61268?article_type=v

Kromogen in situ hybridisering SS et værktøj til HPV-relateret hoved-og hals kræftdiagnose
check_url/61268?article_type=v

Navigering MARRVEL, et webbaseret værktøj, der integrerer menneskelig Genomics og model organisme genetik information
check_url/61268?article_type=v

Massespektrometri-baseret Proteomics analyser ved hjælp af OpenProt Database til at afsløre nye proteiner oversat fra ikke-kanoniske åbne læserammer
check_url/61268?article_type=v

En metode til at studere de Novo dannelse af kromatin domæner

Read Article