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November 03, 2011
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Richtlinien für die computergestützte strukturelle und funktionelle Charakterisierung von Proteinen unter Verwendung der I-Tasser Pipeline beschrieben. Ab Abfrage Proteinsequenz sind 3D-Modelle generiert mit mehreren Threading Ausrichtungen und iterative strukturellen Aufbau-Simulationen. Funktionelle Konsequenzen werden anschließend auf der Grundlage Übereinstimmungen mit Proteinen mit bekannter Struktur und Funktionen gezeichnet.
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ProtocolComputer-basedProtein StructureFunction PredictionGenome Sequencing ProjectsProtein SequenceStructure And Function KnowledgeExperimental MethodsComputational ModelingI-TASSER ServerSecondary Structure PredictionSolvent Accessibility PredictionHomologous Template ProteinsStructure AlignmentsTertiary Structural ModelsStructure-based Functional AnnotationsConfidence ScoreEnd UsersUser-specified Inter-residue DistanceContact MapsI-TASSER ModelingTemplate ProteinsStructure Assembly Simulations
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Roy, A., Xu, D., Poisson, J., Zhang, Y. A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction. J. Vis. Exp. (57), e3259, doi:10.3791/3259 (2011).
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