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Inferência genotípica do HIV-1 Tropismo Usando de base populacional de Seqüenciamento V3
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JoVE Journal Immunology and Infection
Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

Inferência genotípica do HIV-1 Tropismo Usando de base populacional de Seqüenciamento V3

DOI:
10.3791/2531-v

•

11:10 min

•

December 27, 2010

•

, ,
1Laboratory Program,BC Centre for Excellence in HIV/AIDS

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:25Amplification of HIV cDNA from Blood Plasma
  • 03:37Gel Electrophoresis
  • 04:29Sequencing
  • 07:18Data Analysis with Base Calling Software
  • 08:18The Geno2pheno Co-receptor Algorithm
  • 09:37Interpreting the Geno2pheno FPR
  • 10:37Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Tropismo do HIV pode ser inferida a partir da região V3 do envelope viral. V3 é PCR amplificados em triplicata utilizando nested RT-PCR, sequenciado, e interpretados usando software de bioinformática. Amostras com a seqüência de um ou mais (s) com pontuações baixas são G2P classificados como não-R5 vírus.

Tags

HIV-1 TropismGenotypic InferencePopulation-based SequencingV3 RegionCCR5-antagonistViral PopulationCoreceptorTropism TestingViral RNAReverse Transcriptase-PCRSoftware AnalysisRE CallBioinformatic AlgorithmGeno2phenoFalse Positive Rate

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