微生物生物膜在相间形成复杂的结构,并发展成高度依赖于尺度的空间模式。在这里,我们介绍了一个实验系统(硬和软件),用于自动采集3D光学相干断层扫描(OCT)数据集。此工具集允许在空间和时间中对生物膜形态发生进行非侵入性和多尺度表征。