Özet

Visualizando a dinâmica conformacional de receptores de membrana usando FRET de molécula única

Published: August 17, 2022
doi:

Özet

Este estudo apresenta um procedimento detalhado para realizar experimentos de transferência de energia de ressonância de fluorescência de molécula única (smFRET) em receptores acoplados à proteína G (GPCRs) usando marcação site-specific via incorporação de aminoácidos não naturais (UAA). O protocolo fornece um guia passo a passo para a preparação de amostras smFET, experimentos e análise de dados.

Abstract

A capacidade das células de responder a sinais externos é essencial para o desenvolvimento, crescimento e sobrevivência celular. Para responder a um sinal do ambiente, uma célula deve ser capaz de reconhecê-lo e processá-lo. Esta tarefa baseia-se principalmente na função dos receptores de membrana, cujo papel é converter sinais na linguagem bioquímica da célula. Os receptores acoplados à proteína G (GPCRs) constituem a maior família de proteínas receptoras de membrana em humanos. Entre os GPCRs, os receptores metabotrópicos de glutamato (mGluRs) são uma subclasse única que funcionam como dímeros obrigatórios e possuem um grande domínio extracelular que contém o sítio de ligação do ligante. Avanços recentes em estudos estruturais de mGluRs melhoraram a compreensão de seu processo de ativação. No entanto, a propagação de alterações conformacionais em larga escala através de mGluRs durante a ativação e modulação é pouco compreendida. A transferência de energia de ressonância de fluorescência de molécula única (smFRET) é uma técnica poderosa para visualizar e quantificar a dinâmica estrutural de biomoléculas no nível de proteína única. Para visualizar o processo dinâmico de ativação do mGluR2, foram desenvolvidos sensores conformacionais fluorescentes baseados na incorporação de aminoácidos não naturais (UAA) que permitiram a marcação de proteínas site-specific sem perturbação da estrutura nativa dos receptores. O protocolo descrito aqui explica como realizar esses experimentos, incluindo a nova abordagem de rotulagem de UAA, preparação de amostras e aquisição e análise de dados smFET. Essas estratégias são generalizáveis e podem ser estendidas para investigar a dinâmica conformacional de uma variedade de proteínas de membrana.

Introduction

A transferência de informações através da membrana plasmática é fortemente dependente da função dos receptores de membrana1. A ligação do ligante a um receptor leva a uma alteração conformacional e à ativação do receptor. Este processo é muitas vezes alostérico na natureza2. Com mais de 800 membros, os receptores acoplados à proteína G (GPCRs) são a maior família de receptores de membrana em humanos3. Devido ao seu papel em quase todos os processos celulares, os GPCRs tornaram-se alvos importantes para o desenvolvimento terapêutico. No modelo canônico de sinalização GPCR, a ativação do agonista resulta em alterações conformacionais do receptor que subsequentemente ativam o complexo proteico G heterotrimérico via troca de PIB por GTP na bolsa de ligação de nucleotídeos de Gα. As subunidades G α-GTP e Gβγ ativadas controlam a atividade das proteínas efetoras a jusante e propagam a cascata de sinalização 4,5. Este processo de sinalização depende essencialmente da capacidade dos ligantes de alterar a forma tridimensional do receptor. Uma compreensão mecanicista de como os ligantes conseguem isso é fundamental para o desenvolvimento de novas terapêuticas e o design de receptores e sensores sintéticos.

Os receptores metabotrópicos de glutamato (mGluRs) são membros da família GPCR classe C e são importantes para os efeitos neuromoduladores lentos do glutamato e para a excitabilidade neuronal de sintonia 6,7. Entre todos os GPCRs, os GPCRs de classe C são estruturalmente únicos, pois funcionam como dímeros obrigatórios. Os mGluRs contêm três domínios estruturais: o domínio da armadilha de Vênus (VFT), o domínio rico em cisteína (CRD) e o domínio transmembrana (TMD)8. As mudanças conformacionais durante o processo de ativação são complexas e envolvem acoplamento conformacional local e global que se propagam a uma distância de 12 nm, bem como a cooperatividade do dímero. As conformações intermediárias, a ordenação temporal dos estados e a taxa de transição entre os estados são desconhecidas. Seguindo a conformação de receptores individuais em tempo real, é possível identificar os estados intermediários transitórios e a sequência de alterações conformacionais durante a ativação. Isso pode ser conseguido por meio da aplicação de transferência de energia de ressonância de fluorescência de molécula única 9,10 (smFRET), como foi recentemente aplicado para visualizar a propagação de alterações conformacionais durante a ativação do mGluR2 11. Um passo fundamental nos experimentos FRET é a geração de sensores FRET pela inserção site-specific dos fluoróforos doador e aceitador na proteína de interesse. Uma estratégia de incorporação de aminoácidos não naturais (AIA) foi adotada 12,13,14,15 para superar as limitações das tecnologias típicas de marcação fluorescente site-specific que exigem a criação de mutantes sem cisteína ou a inserção de uma grande etiqueta geneticamente codificada. Isso permitiu observar o rearranjo conformacional do essencial ligador alostérico compacto, que uniu os domínios de ligação e sinalização do ligante do mGluR2. Neste protocolo, um guia passo-a-passo para a realização de experimentos smFRET em mGluR2 é apresentado, incluindo a abordagem para marcação site-specific de mGluR2 com UAA para anexar fluoróforos usando a reação de ciclização azida catalisada por cobre. Além disso, este protocolo descreve a metodologia para a captura direta de proteínas de membrana e análise de dados. O protocolo descrito aqui também é aplicável ao estudo da dinâmica conformacional de outras proteínas de membrana.

Protocol

O fluxo de trabalho geral do protocolo é descrito na Figura 1. 1. Preparação da câmara de amostra Limpeza de deslizamento e tampaNOTA: Estas etapas visam limpar as superfícies das lâminas, bem como as coberturas e prepará-las para a aminossilanização. Um requisito crítico para a realização de experimentos de fluorescência de molécula única em moléculas ligadas à superfície é uma superfície passivada. A técnica de passivação…

Representative Results

Expressão e marcação fluorescente do sensor FRET baseado em EAUAqui, são discutidos resultados exemplares da inserção e marcação fluorescente de uma AIU (AZP) dentro da DRC de mGluR2 (548UAA)11. Como mencionado anteriormente, para inserir o AZP no mGluR2, é necessária a co-expressão do maquinário translacional projetado, que inclui uma tRNA sintetase modificada e um tRNA complementar (pIRE4-Azi) e mGluR2 contendo um códon âmbar na posição 548, criado usando mut…

Discussion

GPCRs são proteínas que operam na membrana celular para iniciar a transdução de sinal. Muitos GPCRs consistem em vários domínios, com a sinalização sendo dependente da interação cooperativa entre os domínios. Para modular as propriedades desses receptores de membrana, é essencial entender o comportamento dinâmico dos múltiplos domínios. A transferência de energia por ressonância de fluorescência de molécula única (smFRET) é uma técnica de fluorescência que permite a medição da conformação e din…

Açıklamalar

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos aos membros do laboratório Reza Vafabakhsh pelas discussões. Este trabalho foi apoiado pelo subsídio R01GM140272 dos Institutos Nacionais de Saúde (para R.V.), pelo Searle Leadership Fund for the Life Sciences da Northwestern University e pelo Chicago Biomedical Consortium com o apoio dos Searle Funds no The Chicago Community Trust (para R.V.). B.W.L. foi apoiado pelo National Institute of General Medical Sciences (NIGMS) Training Grant T32GM-008061.

Materials

(+)-Sodium L-Ascorbate Sigma Aldrich Cat # 11140-250G
4-azido-L-phenylalanine Chem-Impex International Cat # 06162
548UAA Liauw et al. 2021 Transfected construct
Acetic Acid Fisher Chemical 64-19-7
Acetone Fisher Chemical 67-64-1
Adobe Illustrator (2022) https://www.adobe.com/ RRID:SCR_010279 Software, algorithm
Aminoguanidine (hydrochloride) Cayman Chemical 81530
Aminosilane Aldrich 919-30-2
Bath Sonicator 2.8 L Fisher Scientific Ultrasonic Bath 2.8 L
Biotin-PEG Laysan Bio Inc Item# Biotin-PEG-SVA-5000-100mg
BTTES Click Chemistry Tools 1237-500
Copper (II) sulfate Sigma Aldrich Cat # 451657-10G
Cover slip VWR 16004-306 Sample chamber
Cy3 Alkyne Click Chemistry Tools TA117-5
Cy5 Alkyne Click Chemistry Tools TA116-5
DDM Anatrace Part# D310 1 GM Detergent
DDM-CHS (10:1) Anatrace Part# D310-CH210 1 ML Detergent with cholecterol
Defined Fetal Bovine Serum Thermo Fisher Scientific SH30070.03
Di01-R405/488/561/635 Semrock Notch filter
DMEM Corning 10-013-CV
EMCCD Andor DU-897U Camera
ET542lp Chroma Long pass emission filter
FF640-FDi01 Semrock Emission dichroic filter
FLAG-tag antibody Genscript A01429
Fluorescent bead Invitrogen T7279 TetraSpeck microspheres Spherical bead
Glass slides Fisherfinest 12-544-4 sample chamber
Glutamate Sigma Aldrich Cat # 6106-04-3
HEK 293T Sigma Aldrich Cat # 12022001 Cell line
HEPES FisherBioReagents 7365-45-9
Image splitter OptoSplit II
KOH Fluka 1310-58-3
Laser Oxxius 4-line laser combiner
Lipofectamine 3000 Transfection Reagent Thermo Fisher Scientific L3000015 Transfection Reagent
Methanol Fisher Chemical 67-56-1
Microscope Olympus Olympus IX83
Milli-Q water Barnstead Water Deionizer
m-PEG Laysan Bio Inc Item# MPEG-SIL-5000-1g
NF03-405/488/532/635 Semrock Dichroic mirror
OptiMEM Thermo Fisher Scientific 51985091 Reduced Serum Medium
OptiMEM/Reduced serum medium Thermo Fisher Scientific
OriginPro (2020b) https://www.originlab.com/ RRID:SCR_014212 Data analysis and graphing software
Penicillin-Streptomycin Gibco 15140-122
pIRE4-Azi Addgene Plasmid # 105829 Transfected construct
Poly-L-lysine hydrobromide Sigma Aldrich Cat # P2636
Protocatechuic acid (PCA) HWI group 99-50-3
smCamera (Version 1.0) http://ha.med.jhmi.edu/resources/ Camera software
Sodium bicarbonate FisherBioReagents 144-55-8
Sodium hydroxide (NaOH) Sigma 1310-73-2
Syringe filter Whatman UNIFLO Cat#9914-2502 Liquid filtration
Trolox Sigma 53188-07

Referanslar

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Bu Makaleden Alıntı Yapın
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