该协议的目的是描述如何使用激光 microirradiation 诱导不同类型的 dna 损伤, 包括相对简单的断链和复杂的损害, 研究 dna 损伤信号和修复因子在损伤部位的组装在体内.
DNA 损伤诱导细胞的特定信号和修复反应, 这对保护基因组完整性至关重要。激光 microirradiation 成了研究 DNA 损伤反应 (DDR)体内的有价值的实验工具。它允许实时高分辨率的单细胞分析大分子动力学, 以响应激光诱导的损伤局限于微米区域的细胞核。然而, 不同的激光条件已被使用, 不了解不同类型的损害引起的差异。因此, 损害的性质往往没有很好的特征或受到控制, 造成征聘或修改资料中明显的不一致。我们证明, 不同的辐照条件 (即, 不同的波长, 以及不同的输入功率 (度) 的飞秒 (fs) 近红外激光) 诱导不同的 DDR 和修复蛋白组件。这反映出 DNA 损伤的类型。该协议描述了如何滴定激光输入功率, 使不同数量和复杂的 DNA 损伤, 可以很容易地监测通过检测基地和交联损害, 差异聚 (ADP-核糖) (PAR) 信号,损伤部位的通路特定修复因子组件。一旦确定了损伤条件, 就有可能研究不同损伤复杂度和差异损伤信号的影响以及上游因素对任何感兴趣因素的损耗。
在体内DNA 损伤信号不太清楚
在体内, DNA 与组蛋白和其他因素复合形成染色质纤维。染色质结构的调节对 DNA 代谢至关重要。例如, 组蛋白变体 H2AX 是由共济失调-扩张突变 (ATM) 和其他激酶后的双链断裂 (争端) 诱导磷酸化, 是重要的争端处理的损害信号放大, 以及提供一个对接地点的其他因素.损伤信号的传播和修复途径的选择似乎受到局部染色质结构的严重影响1。一些染色质重塑因子, 组蛋白的陪护, 和组蛋白修饰酶确实被招募到破坏地点, 是重要的有效的 DNA 修复, 突出了染色质调节的意义在 DDR 和修复2,3,4. 此外, 在酵母和果蝇5,6,7,8中观察到的损伤站点聚类或重新定位, 让人联想到孵育的基因座与基因调控相关的层次室9,10。最近在老鼠和人类细胞中的研究也显示了对争端修复点的动员, 这影响了维修保真度和路径选择11,12。这就增加了 DDR/修复也可能与核结构、高阶染色质组织和细胞核内的染色体动力学紧密相连的可能性。因此, 必须发展高分辨率的方法, 以研究在活细胞内核环境的背景下的 DDR 和修复过程, 以便了解 DNA 损伤的短期和长期后果。
PAR 聚合酶 (PARP) 在测量损伤部位的损伤程度和类型以及调节蛋白质组装方面的关键作用
PARP1 是 dna 尼克传感器迅速激活 dna 损伤, 在 dna 修复13中扮演关键角色。PARP1 最初被认为与 X 射线修复交叉配合 1 (XRCC1), 以促进基础切除修复 (BER), 但最近的研究显示它的作用在其他 DNA 修复途径, 包括争端修复14。活化 PARP1 使用烟酰胺腺嘌呤核苷酸 (和+) 作为基板, 以 ADP-ribosylate 多靶蛋白, 包括本身。近年来, 这种酶和其他家族成员引起了人们的广泛关注, 因为 PARP 抑制剂已经成为一种有前途的癌症治疗药物。虽然 PARP 抑制剂最初被发现是有效的乳腺癌基因 (BRCA)-突变乳腺癌细胞, 现在有大量的证据, 他们的影响, 在单一和联合治疗与 DNA 损伤的代理人/辐照广泛的癌症的突变不限于 BRCA15,16,17,1819。
在分子水平, PARP 活化被证明在组织地方染色质结构在损伤站点扮演重要角色。依赖于标准的染色质修饰酶的招募促进了争端修复, 并决定了修复路径的选择, 这表明了在损伤部位进行 par 修饰的重要脚手架作用。 13 ,21,22,,24,25,26,2728,2930,31我们最近演示了将 p53-binding 蛋白 1 (53BP1) 从损坏点排除在 PAR 32之外, 为非同源 endjoining 的53BP1 依赖 hyperactivation 提供了另一种解释 (NHEJ) 通过 PARP 抑制剂和突出 PARP 的意义在争端修复路径选择33,34。PARP1 也直接 PARylates 并影响多种 DNA 修复因子的活性14。
使用激光 Microirradiation 作为一种工具来研究 DDR/修复在体内
在 1969年35中首次描述了激光 microirradiation 在单个染色体上产生亚微米的变化, 并在1981年的36中进行了详细的回顾。几十年后, 激光 microirradiation 被证明是诱导 dna 损伤在一个明确的微米区域的细胞核, 并被证明是一个有价值的技术, 研究招募或修改各种因素的 dna 损害在体内13,37,38,39,40,41. 此方法允许检测未形成明显辐射诱发病灶 (IRIF) 在损伤部位的那些因素39,42。也可以在损伤部位和细胞核的其余部分研究染色质结构变化的时空动力学。我们仔细比较了不同激光系统诱导的 ddr 和输入功率, 以评估 DNA 损伤类型与 microirradiation 条件之间的关系32,43,44, 45。在先前的激光损伤研究中观察到了53BP1 和端重复约束因子 2 (TRF2) 的异常招聘模式, 这为激光损伤的 “非生理性” 特性的反复关注提供了依据46 ,47,48,49。我们发现, 这些明显的差异现在可以解释的差异 PARP 信号, 测量的数量和复杂的诱导损害32。我们证实: 1) 激光 microirradiated 细胞 (即使在高输入功率辐照后) 在界面中以损伤检查点控制的方式被逮捕, 并且保持可行 (至少 48 h)32,50;和 2) 修复因子的招募/修改忠实地重述那些观察与常规 DNA 损伤药物和争端处理酶32,39,42, 44、50、51、52。这些结果强烈支持研究激光损伤诱导的细胞反应的生理相关性。
使用激光 microirradiation 进行 DDR 研究的优点是:
1. 从简单的链断裂到复杂的 dna 损伤, 可以诱导不同类型和数量的 dna 损伤, 并通过调整激光辐照参数来检测 dna 损伤部位的不同修复因子。也可以在相同的细胞核中多次造成损伤, 以评估反式效果 (如图 3所示)。
2. 重要的是, 在受损地点发生的事件和发生在原子核其他地方的次要事?…
The authors have nothing to disclose.
我们感谢 Dr. 野在东北大学, 日本 GFP-NTH1 表达质粒, 和 Dr. 爱神 Lazzerini Denchi 在斯研究所, la, 加利福尼亚为 TRF2-YFP 和 EGFP-53BP11220-1711表达的粒。这项工作得到了空军科研办公室 (FA9550-04-1-0101) 和贝克曼激光研究所 Inc. 基金会 (m.w. B)、美国国家科学院福特基金会奖学金 (美国)、NSF MCB-1615701 和中国CRR-17-426665 (阿莫亚科)。
Ti:Sapphire NIR pulsed femtosecond laser Mira-900 | Coherent Inc. | Mira 900 | |
Inverted microscope | Carl Zeiss | Axiovert 200M | |
63X/1.4 NA objective | Zeiss | APOCHROMAT Ph3 | |
Compact Rotation Stage | Newport Corp | PR50PP | |
Temperature Controller | Warner | TC-344B | |
Heating System | Ibidi | 10918 | |
Gas Incubation System | Ibidi | 11920 | |
Laser Power and Energy Meter (RoHS) | Coherent | FieldMaxII-TOP | |
ORCA-R2 Digital CCD Camera | Hamamatsu | C10600 | |
LSM 510 META Laser Scanning Microscopes | Carl Zeiss | ||
100X/1.3 NA Zeiss Plan APO | Carl Zeiss | ||
35mm Gridded Dishes | MatTek | P35G-1.5-14-CGRD-D | |
PtK2 kidney epithelial cells | ATCC | CCL 56 | |
HeLa cells | ATCC | CCL-2 | |
DMEM | Life Technologies | 11885-092 | |
CO2-Independent Medium | Life Technologies | 18045-088 | |
Advanced MEM | Life Technologies | 12492-013 | supplemented with L-Glutamine, 4% FBS |
penicillin/streptomycin | Fisher Scientific | 15140122 | |
L-Glutamine | Fisher Scientific | 25030081 | |
FBS | Omega Scientific | FB-02 | |
Thymidine | SIGMA | T9250 | |
serum free media (Opti-MEM I Reduced Serum Media) | Fisher Scientific | 11058021 | |
Anti-Cycolbutance pyrimidine dimer (CPD) (mouse) | Kamiya Biomedical Company | MC-062 | |
Anti-XRCC1 (mouse ) | Gene Tex Inc | GTX72311 | |
Anti-53BP1 (rabbit) | Santa Cruz Biotech | sc-22760 | |
Anti-CtIP (rabbit) | Abcam | ab70163 | |
Anti-PAR polymers (mouse) | Enzo Life Sciences | BML-SA216-0100 | |
Anti-PAR (rabbit) | Trevigen | 4336-BPC-100 | |
Anti-TRF2 (mouse) | Novus Biological | NB100-56506 | |
Anti 6-4PP (mouse) | Kamiya Biomedical | ||
Anti-Rad21 (Rabbit) (for cohesin detection) | generated in Yokomori (KY) lab | ||
Anti-Rad51 (Rabbit) | Santa Cruz Biotechnology | SC-8349 | |
Anti-Ku70 (mouse) | Novus Biologicals | NB100-102 | |
8-oxiguanine | Trevigen, Inc. | ||
Anti-PARP1 (Rabbit) | generated in KY lab | ref 43 | |
Anti-hCAPG (Rabbit) (for condensin detection) | generated in KY lab | ref 42 | |
Cy3 AffiniPure Donkey Anti-Rabbit IgG | Jackson ImmunoResearch Inc | 711-165-152 | |
Donkey Anti-Mouse Alexa Fluor 488 IgG | Thermo Fisher Scientific | A-21202 | |
HiPerFect siRNA Transfection Reagent | Qiagen | 301705 | |
Lipofectamine 2000 Transfection Reagent | Thermo Fisher Scientific | 11668019 | |
GFP-SMC1 stable cell line | generated in KY lab | ref 49 | |
GFP-NEIL2 stable cell line | generated in KY lab | ref 54 | |
GFP-NTH1 stable cell line | generated in KY lab | ref 32 | |
GFP-SMC1 plasmid | generated in KY lab | ||
GFP-Ku plasmid | generated in KY lab | ||
Anti-MDC1 (rabbit) | Novus Biologicals | NB100–395 | |
Anti-gH2AX (rabbit) | Millipore | 07–164 | |
EGFP-53BP1(1220-1711) PtK2 stable cell line | generated in Berns lab | ref 32 | |
TRF2-YFP PtK2 stable cell line | generated in Berns lab | ref 32 | |
DMSO | Sigma | D2650-100ML | |
PARG inhibitor | Trevigen | 4680-096-03 | |
DNA–PKcs inhibitor NU7026 | Sigma | N1537 | |
ATM inhibitor KU55933 | Calbiochem | 118500 | |
Olaparib | Apexbio Technology | A4154 | |
Paraformaldehyde | ELECTRON MICROSCOPY SCIENC MS | 100503-916 (EA) | |
Quantity One 1-D Analysis Software Version 4.6.9 | Bio-Rad | SOFT-LIT-70-9600-Q1-469PC | image analysis program |
Excel | microsoft | spreadsheet program | |
Triton X100 | Fisher Scientific | BP151-500 | detergent |
Dulbecco's phosphate-buffered saline (DPBS) 10X without calcium and magnesium | Fisher Scientific | 14200166 | dilute to 1X |