تقييم ميزات التعليم العالي ذات الصلة مناعيا الديناميكية الهيكلية للHIV - 1 حلقة V3 تسلسل R2 بواسطة ولي العهد منذ البداية للطي
Summary
ويمكن للمنطقة التاج من مختلف متواليات V3 حلقة من السطح المغلف بروتين سكري (gp120) من HIV – 1 هيكليا يتسم في كثير من الحالات قابلة للطي في السيليكو المواقف 10-22 من الحلقة باستخدام دولة من بين الفن<em> منذ البداية</em> خوارزمية قابلة للطي. نحن هنا لشرح للطي والتقييم لهذه المنطقة من الحلقة V3 من سلالة من فيروس نقص المناعة البشرية R2 – 1 ، سلالة تحييد فريد الحساسة مع الخصائص الفنية المحيرة.
Abstract
وقد تنوع مستضدي من HIV – 1 طويلة عقبة لتصميم لقاح ، وهذا التباين واضحا بشكل خاص في حلقة V3 من الفيروس بروتين سكري السطح المغلف. اقترحنا في وقت سابق ان يتم تقييد تاج الحلقة V3 ، على الرغم من أن المتغير الديناميكي وتسلسل ، وبين جميع فئات السكان من فيروسات HIV – 1 إلى بنية β – القاسي ذات الصلة مناعيا العالي. الأهم من ذلك ، هناك الآلاف من مختلف متواليات V3 تاج حلقة في تعميم HIV – 1 الفيروسات ، مما يجعل من توصيف الهيكلية 3D الاتجاهات عبر تنوع الفيروسات التي من الصعب أو المستحيل البلورات أو الرنين المغناطيسي النووي. تستخدم دراساتنا السابقة الناجحة مع للطي للتاج V3 1 ، 2 الخوارزمية أساسه 3 في متناول ICM النمذجة الجزيئية برو حزمة برامج (Molsoft ذ م م ، لاجولا ، كاليفورنيا) ، واقترحت أن تاج الحلقة V3 ، وتحديدا من مواقف 10-22 ، والفوائد بما يكفي من المرونة وطول السيقان والخمسين المرافقة تتصرف الى درجة كبيرة كما لو كانت غير مقيدة للطي الببتيد بحرية في الحل. كما وسريع مثل للطي من أساسه جزء فقط من هذه الحلقة V3 أي سلالة الفردية لل60000 + يمكن تعميم HIV – 1 سلالات يكون غنيا بالمعلومات. هنا ، نحن مطوية حلقة V3 من سلالة R2 للحصول على نظرة ثاقبة على أساس الهيكلية للخصائص فريدة من نوعها. R2 يحمل حلقة V3 تسلسل النادرة التي يعتقد أنها مسؤولة عن الحساسية رائعة من هذه السلالة لتحييد بواسطة الأمصال المريض والاجسام المضادة 4 ، 5. ويتوسط CD4 سلالة مستقلة العدوى وظهور الأجسام المضادة لانتزاع تحييد على نطاق واسع. نحن لشرح كيفية تقييم نتائج يمكن أن تكون قابلة للطي معلوماتية لربط الهياكل التي لوحظت في للطي مع أنشطة مناعية لوحظ R2.
Protocol
Discussion
أساسها منذ البداية للطي يكشف الخصائص الهيكلية الثالثية ، والآثار التي قد لا يكون واضحا من دراسة الأحماض الأمينية الفردية بالتسلسل. وكشفت العديد من الخصائص الهيكلية غامضة سابقا من تاج R2 حلقة V3 من محاكاة للطي. وقد لاحظ هذه التفضيلات الهيكلية ترتبط الخصائص الفنية …
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
وأيد العمل من المنح المقدمة من مؤسسة بيل وميليندا غيتس (# 38631) ، والمعاهد الوطنية للصحة ، بما في ذلك OD004631 DP2 وAI084119 R01.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| ICM-Pro | Molsoft LLC |
References
- Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &. a. m. p. ;. a. m. p., Cardozo, T. Dynamic characterization of the V3 loop crown. Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).
- Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1’s V3 loop. AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).
- Abagyan, R., Totrov, M. Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins. J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).
- Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response. AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).
- Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response. J Virol. 76, 644-655 (2002).
