Оценка Иммунологически Соответствующие Динамическая третичный Структурные особенности ВИЧ-1 петли V3 Последовательность R2 короны на Неэмпирических Складные
Summary
Корона области различных петли V3 последовательности гликопротеина поверхности оболочки (gp120) ВИЧ-1 может быть структурно характеризуется во многих случаях в кремнии складывания позиции 10 по 22 цикле, используя состоянии современных<em> Неэмпирических</em> Складной алгоритма. Здесь мы показываем, складные и оценки этой области петли V3 от R2 штамма ВИЧ-1, однозначно нейтрализации чувствительного штамма с загадочным функциональными свойствами.
Abstract
Антигенного разнообразия ВИЧ-1 уже давно препятствием для вакцины дизайн, и эта изменчивость особенно проявляется в цикле V3 поверхностных гликопротеинов конверт вируса. Ранее мы предложили корону петля V3, хотя динамичной и последовательность переменной, ограничивается для всего населения ВИЧ-1, вирусов на иммунологически соответствующих β-шпильки третичной структуры. Важно отметить, что Существуют тысячи различных последовательностей петля V3 корону в циркулирующих ВИЧ-1, вирусов, что делает 3D-структурные характеристики тенденции в разнообразие вирусов трудно или невозможно по кристаллографии или ЯМР. Наши предыдущие успешные исследования с переносом V3 корона 1, 2, используемый алгоритм неэмпирических 3 доступны в ICM-Pro молекулярной пакет программного обеспечения для моделирования (Molsoft LLC, Ла-Хойя, Калифорния) и предложил корону петли V3, в частности, от должности от 10 до 22, льгот достаточно от гибкости и длина его стеблей фланговые вести себя в значительной степени, как если бы это было неограниченным пептид свободно складывающиеся в растворе. Таким образом, быстрое неэмпирического складывания только эта часть петли V3 любого человека штамм 60000 + циркулирующих ВИЧ-1 штаммы могут быть информативными. Здесь мы сложенном петли V3 R2 напрягаться, чтобы вникнуть в структурную основу его уникальные свойства. R2 медведи редкими последовательность петля V3 считается ответственным за изысканной чувствительности этого штамма к нейтрализации сывороток пациентов и моноклональных антител, 4, 5. Напряжение посредником CD4-независимых инфекции и, похоже, вызывают широко нейтрализующих антител. Мы показываем, как оценка результатов складывания может быть информативным для связывания наблюдаемые структуры в складной с иммунологическими деятельности наблюдается R2.
Protocol
Discussion
НЕЭМПИРИЧЕСКОЕ складной показывает третичного структурные свойства, последствия которых не может быть видно из изучения отдельных аминокислот последовательно. Несколько ранее неясных структурные свойства R2 петли V3 корону выявлены путем складывания моделирования. Эти наблюдаю…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Работа выполнена при поддержке грантов от Фонда Билла и Мелинды Гейтс (# 38631) и NIH, в том числе DP2 OD004631 и R01 AI084119.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| ICM-Pro | Molsoft LLC |
References
- Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &. a. m. p. ;. a. m. p., Cardozo, T. Dynamic characterization of the V3 loop crown. Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).
- Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1’s V3 loop. AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).
- Abagyan, R., Totrov, M. Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins. J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).
- Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response. AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).
- Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response. J Virol. 76, 644-655 (2002).
