Подробный протокол описан для разделения, идентификации и характеризации proteoforms в образцы протеина, с использованием капиллярной зоны электрофореза электроспрей ионизации тандем масс-спектрометрия (CZE-ЭСИ-МС/МС). Протокол может использоваться для высокого разрешения характеристика proteoforms в образцах простых белков и крупномасштабных идентификации proteoforms в образцах сложных протеома.