مطلوب التنبؤ استخدام coreceptor HIV-1 من أجل إدارة فئة جديدة من العقاقير المضادة للفيروسات، أي الخصوم coreceptor. لا يمكن أن يؤديها من خلال تحليل تسلسل<em> الحياة الفطرية</em> الجينات وتفسير لاحق من خلال تفسير النظام القائمة على الانترنت (geno2pheno<sub> [coreceptor]</sub>).
Maraviroc (MVC) هو أول من المخدرات المضادة للفيروسات القهقرية المرخصة من فئة مضادات coreceptor. أنه يربط إلى المضيف coreceptor CCR5، والذي يستخدم من قبل غالبية سلالات فيروس نقص المناعة البشرية من أجل تصيب خلايا المناعة البشري (الشكل 1). العزلات الأخرى فيروس نقص المناعة البشرية تستخدم coreceptor مختلفة، CXCR4. مستقبلات التي تستخدم، يتم تحديد في الفيروس عن طريق البروتين بيئية (الشكل 2). اعتمادا على coreceptor المستخدمة، وتصنف الفيروسات وR5 أو X4، على التوالي. MVC يربط لمستقبلات CCR5 منع دخول الفيروسات R5 في الخلية المستهدفة. أثناء المرض، قد الفيروسات X4 تظهر وتتفوق على الفيروسات R5. تحديد الاستخدام coreceptor (وتسمى أيضا tropism) وبالتالي إلزامية قبل إدارة MVC، كما طالب EMA وFDA.
وقد أجريت دراسات لتحفيز كفاءة MVC، MERIT و 1029 مع حرف واحد فقط من الفحص Trofile، سان فرانسيسكو، الولايات المتحدة الأمريكية هذا الفحص عالية الجودة على أساس sophiاختبارات المؤتلف sticated. قبول لهذا الاختبار للالروتين اليومي منخفضة بدلا من خارج الولايات المتحدة الأمريكية، منذ الأوروبية الأطباء يميلون بدلا المختبرات للعمل مع الخبراء اللامركزية، التي توفر أيضا ما يصاحب ذلك اختبار المقاومة. خضعت هذه المختبرات العديد من التقييمات ضمان الجودة، وكان آخرها عرض في 2011 1.
لعدة سنوات الآن، لقد أجرينا قرارات tropism على أساس تحليل تسلسل فيروس نقص المناعة البشرية من المنطقة الجينات الحياة الفطرية-V3 (V3) 2. هذه المنطقة يحمل ما يكفي من المعلومات لإجراء التنبؤ موثوق بها. تحديد النمط الجيني من استخدام coreceptor يقدم مزايا مثل: دوران وقت أقصر (أي ما يعادل اختبار المقاومة)، وتخفيض التكاليف، وإمكانية لتكييف النتائج مع احتياجات المرضى وإمكانية تحليل العينات السريرية مع الحمل الفيروسي منخفضة جدا لا يمكن الكشف عنها أو حتى (VL )، لاسيما وأن عدد العينات التي تم تحليلها مع VL <1000 نسخة / ميكرولترزيادة تقريبا في السنوات الأخيرة (الشكل 3).
أظهرت الخطوات الرئيسية لاختبار tropism (الشكل 4) في هذا الفيديو:
1. جمع عينة الدم
2. عزل RNA فيروس نقص المناعة البشرية من / فيروس نقص المناعة البشرية والبلازما أو DNA من خلايا الدم proviral حيدات النوى
3. التضخيم في المنطقة ENV
4. التضخيم في المنطقة V3
5. رد فعل تسلسل AMPLICON V3
6. تنقية العينات التسلسل
7. تسلسل العينات النقية
8. تسلسل التحرير
9. التسلسل تفسير البيانات والتنبؤ tropism
تسلسل V3 يسمح موثوقة التنبؤ tropism الفيروسية، كما هو مبين في الدراسات السريرية 3-9. في الواقع، يتم التفكير في تحديد النمط الجيني في المبادئ التوجيهية الحالية الأوروبي والألماني النمساوي-10.
مقارنة اختبار المظهري، وليس فقط هي المرة دوران أقصر (أي ما يعادل اختبار المقاومة)، ولكن أيضا هي التكاليف. وبالإضافة إلى ذلك، والميزة الرئيسية لاختبار الوراثي هو أن يتم تصنيف النتائج على النحو FPR، وبالتالي يمكن أن تتكيف مع احتياجات المرضى. النتائج Trofile، من ناحية أخرى، هي ببساطة R5 X4 أو التقارير، والتي لا تعطى الوصول إلى البيانات الخام.
حاليا، فإن المبادئ التوجيهية الأوروبية تشير إلى FPR القطع من 20٪ 10، في حين أن المبادئ التوجيهية النمساوية الألمانية تسمح بتكييف FPR قطع خصيصا لاحتياجات كل مريض 11. في هذا الخط، للمرضى مع مجموعة واسعة من الخيارات العقاقير المضادة للفيروسات، وارتفاع FPR انقطاع (> 20٪) هي موصىانتهى. وعلى العكس، قد يكون استخداما لمرحلة ما قبل المعالجة المرضى الذين يعانون من الخيارات العلاجية محدودة، وانخفاض FPR انقطاع (> 5٪). هذا النوع من العلاج هو التوجيه المستمر حاليا من قبل المقاومة لاختبار NRTIs، NNRTIs، حزب القانون والعدالة، وINIS، حيث يمكن أن تدرج أدوية جزئيا الناشطة في علاج المرضى الذين يعانون من انخفاض الخيارات العلاجية. وبالإضافة إلى ذلك، مع تزايد أعداد التغييرات العلاج genotypically موجهة، وذات الصلة سريريا FPR باستمرار انقطاع يجري تعديل من قبل لجنة من الفيروسات، bioinformaticians والأطباء.
ميزة أخرى هامة من الاختبار الوراثي tropism هو إمكانية تحليل العينات السريرية مع الحمل الفيروسي منخفضة جدا لا يمكن الكشف عنها أو حتى (VL). في هذه الحالات، عندما البلازما RNA ليس amplifiable، يمكن التسلسل الحمض النووي proviral وتستخدم لتنبؤات موثوقة 9،12. من ملاحظة، زاد عدد المرضى الذين يعانون من الحمل الفيروسي منخفضة أو غير قابل للكشف بشكل حاد في السنوات الأخيرة. وحتى الآن، TROFILE مقايسة يسمح فقط تحليل عينات من المرضى الذين يعانون من VL <1000 نسخة / مل. ومع ذلك، فقد أظهرت الدراسات الأولية أن الحمض النووي يمكن proviral adecuate أيضا لفحصها من قبل Trofile 13.
The authors have nothing to disclose.
وتمول الكتاب من كورس، MedSys إدخال خلية، CHAIN والمشاريع راتين.
Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments |
MagNA Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I | Roche Diagnostics | 04 802 993 001 | |
MagNA Pure Compact System | Roche Diagnostics | 03731146001 | |
T3000 Thermocycler | Biometra | 050-723 | |
One Step RT-PCR Kit | Qiagen | 210215 | |
HotStarTaq Master Mix Kit | Qiagen | 203445 | |
QIAquick PCR Purification Kit | Qiagen | 28106 | |
Exonuclease I (Exo I) | Fermentas | EN0582 | |
FastAP Thermosensitive Alkaline Phosphatase | Fermentas | EF0651 | |
BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit | Applied Biosystems | 4337457 | |
Sephadex G-50 Superfine | GE Healthcare | 17-0041-01 | |
ABI Prism 3130 XL capillary sequencer | Applied Biosystems | 3130XL |