Protokollet ger en detaljerad metod för neuronal avbildning i hjärnskiva med hjälp av en vävnadsrensningsmetod, ScaleSF. Protokollet inkluderar beredning av hjärnvävnad, vävnadsförtydligande, hantering av rensade skivor och konfokal laserskanningsmikroskopiavbildning av neuronala strukturer från mesoskopiska till mikroskopiska nivåer.