Protokollen gir en detaljert metode for nevronal avbildning i hjerneskive ved hjelp av en vevsryddingsmetode, ScaleSF. Protokollen inkluderer hjernevevsforberedelse, vevsavklaring, håndtering av ryddede skiver og konfikal laserskanning av mikroskopisk avbildning av nevronstrukturer fra mesoskopisk til mikroskopisk nivå.