Protokollen giver en detaljeret metode til neuronal billeddannelse i hjerneskive ved hjælp af en vævsrensningsmetode, ScaleSF. Protokollen omfatter hjernevævsforberedelse, vævsafklaring, håndtering af ryddede skiver og konfokal laserscanning mikroskopi billeddannelse af neuronale strukturer fra mesoskopiske til mikroskopiske niveauer.