Ici, nous présentons un protocole optimisé de digestion sur filtre avec des informations détaillées sur les éléments suivants : digestion des protéines, purification du peptide et analyse d’acquisition indépendante des données. Cette stratégie est appliquée à l’analyse des échantillons de sécrétions prostatiques exprimées-urine et permet une couverture protéome élevée et un profilage sans étiquette de faible valeur manquante du protéome urinaire.
Prestagiacomo, L. E., Gabriele, C., Morelli, P., Rota, M. A., Alba, S., Cuda, G., Damiano, R., Gaspari, M. Proteomic Profile of EPS-Urine through FASP Digestion and Data-Independent Analysis. J. Vis. Exp. (171), e62512, doi:10.3791/62512 (2021).