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JoVE Journal Immunology and Infection

宿主と病原体の相互作用を調するためのハイスループットトランスクリプトーム解析

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宿主と病原体の相互作用を調するためのハイスループットトランスクリプトーム解析

Article DOI: 10.3791/62324-v • 14:58 min • March 5th, 2022

March 5th, 2022 •

André Nicolau Aquime Gonçalves^1,2, Vanessa Escolano Maso³, Ícaro Maia Santos de Castro^2,3, Amanda Pereira Vasconcelos³, Rodrigo Luiz Tomio Ogava^2,3, Helder I Nakaya^2,3,4

¹Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School, University of São Paulo, ²Scientific Platform Pasteur USP, ³Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences, University of São Paulo, ⁴Hospital Israelita Albert Einstein

챕터

요약
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ここで示すプロトコルは、高度な統計分析アプローチへの品質管理と前処理のステップを含む、生の読み取りから機能分析までのRNAシーケンシングトランスクリプトームデータを分析するための完全なパイプラインを説明しています。

Tags

免疫学と感染症、問題181、ハイスループットシーケンシング、RNA-seq、宿主病原体相互作用、微分発現遺伝子、共発現遺伝子、機能解析、サンプルの分子摂動度

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